Китай ДНК / РНК эзлеклелеге -PacBio Sequencer заводы һәм җитештерүчеләре |БМК

ДНК / РНК эзлеклелеге -PacBio Sequencer

DNA/RNA sequencing -PacBio Sequencer Featured Image

PacBio эзләү платформасы - озын укылган эзлекле платформа, ул шулай ук өченче буын эзләү (TGS) технологияләренең берсе буларак та билгеле.Төп технология, бер молекулалы реаль вакыт (SMRT), дистәләгән кило-база озынлыгы белән уку буынына көч бирә."Эзләү-синтез" нигезендә, бер нуклеотид резолюциясе нуль режимындагы дулкынландыргыч (ZMW) ярдәмендә ирешелә, анда аскы өлештә чикләнгән күләм (молекулалар синтезы урыны) яктыртыла.Моннан тыш, SMRT эзлеклелеге NGS системасында эзлеклелектән аерылып тора, чөнки PCR көчәйтү адымнарының күбесе китапханә төзелеше процессында таләп ителми.

Безнең белән элемтәгә чыгу

Хезмәт турында мәгълүмат

Демо нәтиҗәләре

Үзенчәлекләр

PacBio эзлеклелегендә ике эзлекле режим: Даими Озын Уку (CLR) һәм Түгәрәк Консенсус Уку (CCS)

Эзләү режимы	Китапханә күләме	Теоретик мәгълүматларIeldитештерү (бер күзәнәккә)	Бер базаТөгәллек	Кушымталар
CLR	20Кб, 30Кб һ.б.	80 Гбдан 130 Гбга кадәр	Якынча.85%	Яңа, SV чакыру һ.б.
CCS	15-20 Кб	14-40 Гб / күзәнәк (CCS)	Якынча.99%	Яңа, SNP / Indel / SV шалтыраты, Iso-Seq,

Хезмәтнең өстенлекләре

ØPacBio эзлекле платформасында 7 елдан артык төрле төрдәге меңләгән ябык проектлар белән тәҗрибә.

ØСоңгы PacBio Sequencing платформалары белән тулы җиһазландырылган, Sequel II җитәрлек эзләнүне тәэмин итү өчен

ØТизрәк әйләнү вакыты, югары мәгълүмат бирү һәм төгәл мәгълүмат.

ØPacBio нигезендәге йөзләгән югары басмаларда үз өлешен керттеләр

Requirрнәк таләпләр

Ampleрнәк төре	Күләм	Концентрация （Qubit®）	Том	Чисталык	Башкалар
Геном ДНК	Мәгълүмат таләпләренә бәйле	≥20 ng / μl	≥15μl	OD260 / 280 = 1,6-2.3; OD260 / 230 = 1.5-2.5 ； 260 нм at иң югары ноктаны чистартупычратулар юк	Концентрацияне Кубит һәм Кубит / Нанопор = 0.8-2.0 белән үлчәргә кирәк
Гомуми РНК	.51.5μg	≥40 ng / μl	≥15μl	OD260 / 280 = 1,7-2.5; OD260 / 230 = 0.5-2.5 ；пычратулар юк	RIN бәясе ≥7.5

Хезмәт процессы

Ampleрнәк әзерләү

Китапханә төзелеше

Эзләү

Мәгълүмат анализы

Проектны тапшыру

Алдагы: Күпчелек сегрегант анализ

Чираттагы: Чагыштырма геномика

1. Өйдә мәгълүмат бирү

63 CCS күзәнәкләреннән алынган мәгълүматлар (26 төрдән)

Data-Pacbio-CCS-15 Кб	Уртача	Макс	Мин	Урта
Ieldитештерү - Gread)	421.12	544.27	221.38	426.58
Йилед - CCS (Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Полимераз N50	145,651	175,430	118,118	144,689
N50	17,509	23,924	12,485	17,584
CCS N50	14,490	19,034	9,876	14,747
Урта озынлык - Полимераз	67,995	89,379	49,664	66,433
Уртача озынлык	15,866	21,036	11,657	16,012
Уртача озынлык-CCS	14,489	19,074	8,575	14,655

16 CLR күзәнәкләреннән алынган мәгълүматлар (76 төрдән)

DATA-Pacbio-CLR-30Kb	Уртача	Макс	Мин	Урта
Ieldитештерү - Gread)	142.20	291.40	50.55	142.49
Полимераз N50	39,456	121,191	15,389	35,231
N50	28,490	41,012	14,430	29,063
Урта озынлык - Полимераз	22,063	48,886	8,747	21,555
Уртача озынлык	17,720	27,225	8,293	17,779

2.Data QC - ДемоМәгълүмат бирү статистикасы

Ampleрнәк	ccs Санны укый	Гомуми cc базалары (bp)	ccs N50 укый (bp)	ccs уртача озынлык (bp)	ccs Иң озын уку (bp)	нигез асты базалары (бп)	ccs ставкасы (%)
PB_BMKxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36,110	863,326,330,465	6.27