Тулы озынлыктагы mRNA эзлеклелеге-Нанопор
Хезмәтнең өстенлекләре
ØТүбән эзлеклелек
ØТулы озынлыктагы CDNA молекулаларын ачу
ØШул ук сандагы транскрипцияләрне каплау өчен аз мәгълүмат кирәк
ØБер генга берничә изоформаны ачыклау
ØИзоформ дәрәҗәсендә белдерү күләме
Хезмәт күрсәтү үзенчәлекләре
| Китапханә | Платформа | Тәкъдим ителгән мәгълүматлар (Gb) | Сыйфат белән идарә итү |
| cDNA-PCR (Поли-А баетылган) | Nanopore PromethION P48 | 4 Гб / үрнәк (төрләргә карап) | Тулы озынлык коэффициенты ＞ 70% Сыйфатның уртача баллы: Q10
|
Биоинформатика анализы
ü Чимал эшкәртү
üТранскрипция идентификациясе
üАльтернатив бүленү
üГен дәрәҗәсендә һәм изоформ дәрәҗәсендә күрсәтү күләме
üДифференциаль белдерү анализы
üФункция аннотациясе һәм баету (DEGs һәм DETs)
Requрнәк таләпләр һәм тапшыру
Requirрнәк таләпләр:
Нуклеотидлар:
| Чисталык | Сафлык | Күләм |
| OD260 / 280≥1.8 ； OD260 / 230≥1.0 26 260 nm-та чиста чокыр чикләнгән, гелдә протеин яки ДНК пычрануы юк. | Plantsсемлекләр өчен: RIN≥7.5; хайваннар өчен: RIN≥8; 28S / 18S≥1.0; чикләнгән яки төп биеклек юк; | Конц.≥40 ng / μl; Барлыгы ≥ 1 μг |
Кисем: Авырлык (коры): ≥1 г.
* 5 мг-дан кечерәк тукымалар өчен без флэш туңдырылган (сыек азотта) тукымалар үрнәген җибәрергә киңәш итәбез.
Күзәнәкне туктату: Күзәнәкләр саны = 3 × 106- 1 × 107
* Без туңдырылган күзәнәк лизатын җибәрергә киңәш итәбез.Бу күзәнәк 5 × 10 дан кечерәк саналган очракта5, сыек азотта туңдырылган флэш тәкъдим ителә, бу микро чыгару өчен өстен.
Кан үрнәкләре: Том күләме 1 мл
Тәкъдим ителгән үрнәк китерү
Контейнер: 2 мл центрифуга трубасы (Калай фольгасы тәкъдим ителми)
Labрнәк маркировкасы: Төркем + кабатлау, мәсәлән, A1, A2, A3;В1, В2, В3 ... ...
Тапшыру: 1. Коры боз: plesрнәкләрне капчыкларга тутырырга һәм коры бозга күмергә кирәк.
- РНК тотрыклы трубалар: РНК үрнәкләре РНКны тотрыклыландыру трубасында киптерелергә мөмкин (мәсәлән, RNAstable®) һәм бүлмә температурасында җибәрелергә мөмкин.
Хезмәт эше
Ampleрнәк китерү
Китапханә төзелеше
Эзләү
Мәгълүмат анализы
Сатудан соң хезмәтләр
Хезмәт эше
Эксперимент дизайны
Ampleрнәк китерү
РНК чыгару
Китапханә төзелеше
Эзләү
Мәгълүмат анализы
Сатудан соң хезмәтләр
1.Дифференциаль экспресс-анализ - Волкано сюжеты
Дифференциаль экспресс-анализны дифференциаль рәвештә күрсәтелгән геннарны (DEG) һәм дифференциаль тану өчен изоформ дәрәҗәсендә ген дәрәҗәсендә дә эшкәртеп була.
белдерелгән транскрипцияләр (DET)
2.Иерархик кластерлау җылылык картасы
3.Алтернатив бүленүне ачыклау һәм классификацияләү
Асталависта тарафыннан биш төрле альтернатив бүленү вакыйгаларын алдан әйтеп була.
4.Альтернатив поли-адениляция (АПА) вакыйгаларны идентификацияләү һәм поли-А агымының 50 ат көчендә Motif
BMK Case
Нанопорның тулы озынлыктагы транскриптом эзлеклелеге буенча альтернатив бүленеш идентификациясе һәм изоформ дәрәҗәсе
Басылган:Табигать элемтәләре, 2020
Эзләү стратегиясе:
Төркемләү: 1. CLL-SF3B1 (WT);2. CLL-SF3B1 (K700E мутациясе);3. Нормаль В-күзәнәкләре
Эзләү стратегиясе: MinION 2D китапханә эзлеклелеге, PromethION 1D китапханә эзлеклелеге;шул ук үрнәкләрдән кыска укылган мәгълүматлар
Эзләү платформасы: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;
Төп нәтиҗәләр
1.Исоформ дәрәҗәсендәге альтернатив бүлү идентификациясе
Озын укылган эзлеклелек SF3B1 мутанты идентификациясен көчәйтәK700E- изоформ дәрәҗәсендә бүленгән сайтлар.35 альтернатив 3′SS һәм 10 альтернатив 5′SS SF3B1 арасында дифференциаль бүленгәннәр.K700Eһәм SF3B1WT.35 үзгәрешнең 33е күптән укылган эзлеклелектә яңа ачылды.
2.Исоформ дәрәҗәсендә альтернатив бүленү күләме
SF3B1 эчендә интрон тотуны (IR) изоформаларны күрсәтүK700Eһәм SF3B1WTSF3B1'да IR изоформаларының глобаль түбән көйләнешен ачып, нанопор эзлеклелеге нигезендә санлаштыларK700E.
Сылтама
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV һ.б.Хроник лимфоцик лейкозда SF3B1 мутациясенең тулы озынлыктагы транскрипция характеристикасы сакланган интроннарның регрегуляциясен күрсәтә [J].Табигать элемтәләре.
