Genсемлек / Хайваннар Де Ново Геном эзлеклелеге
Хезмәтнең өстенлекләре
Эзләү платформаларын һәм биоинформатиканы үстерүde novoгеном җыю
(Amarasinghe SL һ.б.,Геном биологиясе, 2020)
ØРоман геномнарын төзү һәм кызыксыну төрләре өчен булган белешмә геномны яхшырту.
ØAssemblyыюда югары төгәллек, өзлексезлек һәм тулылык
ØПолиморфизм, QTL эзлеклелеге, ген редакцияләү, үрчетү һ.б. тикшеренүләре өчен төп ресурслар төзү.
ØӨченче буын эзләү платформаларының тулы спектры белән җиһазландырылган: бер тәрәзәле геном җыю чишелеше
ØТөрле үзенчәлекләр белән төрле геномнарны үтәүче сыгылучан эзләү һәм җыю стратегиясе
ØКатлаулы геном җыюларда зур тәҗрибә туплаган югары квалификацияле биоинформатик команда, шул исәптән полиплоидлар, гигант геномнар һ.б.
Ø900-дән артык тупланган басма эффект факторы белән 100-дән артык уңышлы очрак
ØХромосома дәрәҗәсендәге геном җыю өчен 3 ай тизлек белән әйләнү.
ØЭксперименталь яктан да, биоинформатикада да патентлар һәм программа авторлык хокуклары белән каты техник ярдәм.
Хезмәт күрсәтү үзенчәлекләре
| Эзләү режимы | Китапханә | Тәкъдим ителгән тирәнлек | Фаразланган әйләнү вакыты | Ассамблея |
| PacBio HiFi | 15-30 кб | Гади геном ≥ 30 X. Катлаулы геном ≥ 60 X. | Assemblyыю һәм геном аннотациясе өчен 3 -6 ай (төрләргә карап) | Контиг N50 ≥ 2 Мб (төрләргә карап) |
| PacBio CLR | 20 кб, 30 кб | Гади геном ≥ 100 X. Катлаулы геном ≥ 150 X. | ||
| Нанопор | 20-50 кб |
Биоинформатика анализы
üгеном реквизенциясе
üТөп шалтырату
üСыйфат контроле һәм хаталарны төзәтү
üЯңа җыелыш
üАссамблеяны чистарту
üГен фаразлау
üГеном аннотациясе
üАгымдагы анализлар
Requрнәк таләпләр һәм тапшыру
Requirрнәк таләпләр:
| Төрләр | Тукыма | PacBio өчен | Нанопор өчен |
| Хайваннар | Висфераль органнар (бавыр, флот һ.б.) | ≥ 1,0 г. | ≥ 3,5 г. |
| Мускул | ≥ 1,5 г. | ≥ 5.0 г. | |
| Имезүчеләрнең каны | ≥ 1,5 мл | ≥ 5.0 мл | |
| Балык яки кошлар каны | ≥ 0,2 мл | ≥ 0,5 мл | |
| Tsсемлекләр | Яңа яфраклар | ≥ 1,5 г. | ≥ 5.0 г. |
| Гөлчәчәк яки сабак | ≥ 3,5 г. | .0 10.0 г. | |
| Тамыр яки орлык | ≥ 7.0 г. | ≥ 20.0 г. | |
| Күзәнәкләр | Күзәнәк культурасы | ≥ 3 × 107 | ≥ 1 × 108 |
Тәкъдим ителгән үрнәк китерү
Контейнер: 2 мл центрифуга трубасы (Калай фольгасы тәкъдим ителми)
Күпчелек үрнәкләр өчен без этанолда сакламаска киңәш итәбез.
Ampleрнәк маркировкасы: үрнәкләр ачык маркировкаланырга һәм тапшырылган үрнәк мәгълүмат формасына охшаш булырга тиеш.
Тапшыру: Коры боз: plesрнәкләрне башта капчыкларга тутырырга һәм коры бозга күмергә кирәк.
Хезмәт эше
Эксперимент дизайны
Ampleрнәк китерү
ДНК чыгару
Китапханә төзелеше
Эзләү
Мәгълүмат анализы
Сатудан соң хезмәтләр
* Монда күрсәтелгән демо нәтиҗәләре барысы да Biomarker Technologies белән бастырылган геномнардан
1. Хромосома дәрәҗәсендәге геном җыю циркларыG. rotundifoliumNanopore эзләү платформасы тарафыннан
Ван М һ.б.,Молекуляр биология һәм эволюция, 2021
2. Арыш геномын җыю һәм аннотацияләү статистикасы
Li G et al.,Табигать генетикасы, 2021
3.Ген фаразлауSechium eduleөч фаразлау ысулыннан алынган геном:Яңафаразлау, Гомологиягә нигезләнгән фаразлау һәм RNA-Seq мәгълүматлары нигезендә фаразлау
Фу А һ.б.,Бакчачылыкны тикшерү, 2021
4. Өч пахта геномында кабатланмаган озын терминалны кабатлау
Ван М һ.б.,Молекуляр биология һәм эволюция, 2021
5.Hi-C җылылык картасыC. акуминатагеномның үзара бәйләнешен күрсәтүче геном.Hi-C үзара бәйләнешнең интенсивлыгы контиглар арасындагы сызыклы дистанциягә пропорциональ.Бу җылылык картасында чиста туры сызык хромосомалардагы контигларның бик төгәл якорын күрсәтә.(Контиг якорь коэффициенты: 96.03%)
Канг М һ.б.,Табигать элемтәләре,2021
BMK Case
Aгары сыйфатлы геном җыю арышның геномик үзенчәлекләрен һәм агрономик яктан мөһим геннарны күрсәтә
Басылган: Табигать генетикасы, 2021
Эзләү стратегиясе:
Геном җыю: 20 кб китапханә белән PacBio CLR режимы (497 Гб, якынча 63 ×)
Эзләү коррекциясе: Illumina платформасында 270 ат көчендәге ДНК китапханәсе булган NGS (430 Гб, якынча 54 ×).
Контиглар якорь: Иллумина платформасында Hi-C китапханәсе (560 Гб, якынча 71 ×)
Оптик карта: (779.55 Гб, якынча 99 ×) Бионано Ириста
Төп нәтиҗәләр
1. Вайнинг арыш геномының җыелмасы гомуми геном күләме 7,74 Гб булган (агым цитометриясе буенча фаразланган геномның 98,74%).Бу җыюның скафолд N50 1,04 Гбга иреште.Контигларның 93,67% 7 псевдо-хромосомага уңышлы бәйләнгән.Бу ассамблея бәйләнеш картасы, LAI һәм BUSCO белән бәяләнде, нәтиҗәдә барлык бәяләүләрдә югары баллар китерелде.
2. Чагыштырма геномика, генетик бәйләнеш картасы, транскриптомика тикшеренүләре бу геном нигезендә үткәрелде.Геном киңлеге белән бәйле геномик үзенчәлекләр сериясен ачтылар, алар арасында геном киңлегендәге ген кабатланулары һәм аларның крахмал биосинтезы геннарына тәэсире.Катлаулы проламин локиясен физик оештыру, генның экспрессия үзенчәлекләре, баш рубриканың төп хромосомаль өлкәләре һәм арыштагы локи.
 Вайнинг арыш геномының геномик үзенчәлекләре буенча цирк схемасы |  Арыш геномының эволюцион һәм хромосома синтениясе анализы |
Ли, Г., Ван, Л., Янг, Дж.һ.б.Aгары сыйфатлы геном җыю арышның геномик үзенчәлекләрен һәм агрономик яктан мөһим геннарны күрсәтә.Нат Генет 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
