Бөтен транскриптом эзлеклелеге - Иллумина
Хезмәтнең өстенлекләре
ØСанау, белдерү һәм хромосомага нигезләнгән чагыштырма белдерү ягыннан барлык төр РНКларны бәяләү
ØДифференциаль рәвештә күрсәтелгән РНКларны һәм тиешле белдерүне ачыклау
ØГен уртак анализ
ØceRNA челтәр анализы
ØТөп геннар юл анализын үз эченә алган
ØBMKCloud нигезендә нәтиҗәләр китерү: платформада махсуслаштырылган мәгълүмат казу.
ØСатудан соң хезмәтләр проект тәмамланганнан соң 3 ай дәвам итә
Requрнәк таләпләр һәм тапшыру
Requirрнәк таләпләр:
Нуклеотидлар:
| Чисталык | Сафлык | Пычрату | Күләм |
| OD260 / 280≥1.7-2.5 ； OD260 / 230≥0.5-2.5 ； | Plantsсемлекләр өчен: RIN≥6.5;Хайваннар өчен: RIN≥7;28S / 18S≥1.0;чикләнгән яки төп биеклек юк | Гелдә протеин яки ДНК пычрануы чикләнгән яки юк. | Конц.≥100 ng / μl;Том ≥ 10 μл;Барлыгы ≥ 2 μг |
Кисем: Авырлык (коры): ≥1 г.
* 5 мг-дан кечерәк тукымалар өчен без флэш туңдырылган (сыек азотта) тукымалар үрнәген җибәрергә киңәш итәбез.
Күзәнәкне туктату: Күзәнәкләр саны = 3 × 107
* Без туңдырылган күзәнәк лизатын җибәрергә киңәш итәбез.Күзәнәк 5 × 105тән кечерәк булса, сыек азотта туңдырылган флеш тәкъдим ителә.
Кан үрнәкләре:
PA × geneBloodRNATube;
6mLTRIzol һәм 2mL кан (TRIzol: Кан = 3: 1)
Тәкъдим ителгән үрнәк китерү
Контейнер:
2 мл центрифуга трубасы (Калай фольгасы тәкъдим ителми)
Labрнәк маркировкасы: Төркем + кабатлау, мәсәлән, A1, A2, A3;В1, В2, В3 ... ...
Җибәрү:
1. Коры боз: plesрнәкләрне капчыкларга тутырырга һәм коры бозга күмергә кирәк.
2.РНА тотрыклы трубалар: РНК үрнәкләрен РНК стабилизация трубасында киптерергә һәм бүлмә температурасында җибәрергә мөмкин.
Хезмәт эше
Эксперимент дизайны
Ampleрнәк китерү
РНК чыгару
Китапханә төзелеше
Эзләү
Мәгълүмат анализы
Сатудан соң хезмәтләр
Биоинформатика
 |
1. Нисби экспресска нигезләнгән РНКларның барлык төрләренә бәя бирү
РНК экспрессындагы аермаларның мәгънәсе буенча цирклар
2.Интеграль KEGG юл челтәре
Интеграль KEGG юл челтәре
3.ceRNA челтәр анализы
ceRNA челтәр нигезендә DE-circRNA-miRNA-mRNA үзара бәйләнеш
BMK Case
CircRNA экспрессия үрнәге һәм ceRNA һәм miRNA - mRNA челтәрләре Брассика кампестрының CMS сызыгында башка үсештә катнашалар.
Басылган:Халыкара молекуляр фәннәр журналы ，2019
Билгеле вируслы инфекциянең 6-нчы көнендә NONMMUT015812-KP (shRNA-2) күзәнәкләре һәм тискәре контроль (sh-Scr) күзәнәкләре алынган.
Төп нәтиҗәләр
Бу тикшеренү Полима цитоплазмасының ир-ат туфраксызлыгын (CMS) "Bcpol97-05A" сызыгын, һәм "Bcajh97-01B" уңдырышлы сызыгын Брассика кампестрында Л.Чиненсис Макино, син.B. rapa ssp.хиненсис, һәм стериль сызыкның чәчәк бөртекләре белән уңдырышлы сызык арасындагы чагыштыруларны РНК экспрессиясен башкардылар.
1. Барлыгы 31 дифференциаль рәвештә күрсәтелгән (DE) циркРНА, 47 DE miRNA һәм 4779 DE mRNA ачыкланган.
2. Ген онтологиясе (GO) анализы DE геннарының күбесенең полен стенасы үсешендә катнашканын күрсәтте
3. DE mRNA-ларын KEGG юлын баету анализы (уңдырышлы сызык белән чагыштырганда стериль сызыктагы көйләнгән һәм көйләнгән mRNA-ны да кертеп) "крахмал һәм сакросеметаболизм", "фенилпропаноид биосинтезы", һәм "пентоза һәм глюкуронат интерконверсия". "Иң баетылган метаболик юллар.
 Дифференциаль рәвештә күрсәтелгән mRNA-ларга KEGG юлын баету анализы |  Ген онтологиясе (GO) дифференциаль рәвештә күрсәтелгән mRNAларның классификациясе |  DEcircRNA - DEmiRNA - DEmRNA өч челтәрен карау |
Сылтама
Лянг Й, Чжан Й, Сю Л, һ.б.CircRNA экспрессия үрнәге һәм ceRNA һәм miRNA - mRNA челтәрләре Брассика кампестрының CMS сызыгында башка үсештә катнашалар [J].Халыкара молекуляр фәннәр журналы, 2019, 20 (19): 4808-.DOI ： 10.3390 / ijms20194808
