16S / 18S / ITS Amplicon تەرتىپلەش- NGS
مۇلازىمەت ئەۋزەللىكى
Øمۇھىت ئەۋرىشكىسىدىكى مىكروب تەركىبلىرىنى يەكلەش ۋە تېز پەرقلەندۈرۈش
Øمۇھىت ئەۋرىشكىسىدىكى تۆۋەن مول تەركىبلەردە يۇقىرى ئېنىقلىق دەرىجىسى
Øئەڭ يېڭى QIIME2 سانلىق مەلۇمات ئامبىرى ، ئىزاھ ، OTU / ASV قاتارلىق كۆپ خىل ئانالىزلار بىلەن ئېقىشنى ئانالىز قىلىدۇ.
Øيۇقىرى ئۈنۈملۈك ، توغرىلىق دەرىجىسى يۇقىرى
Øكۆپ خىل مىكروبلار تەتقىقاتىغا ماس كېلىدۇ
ØBMK تۇپراق ، سۇ ، گاز ، پاتقاق ، تەرەت ، ئۈچەي ، تېرە ، ئېچىتىش شورپىسى ، ھاشارات ، ئۆسۈملۈك قاتارلىقلارنى ئۆز ئىچىگە ئالغان 100،000 دىن ئارتۇق ئەۋرىشكە بىلەن مول تەجرىبىگە ئىگە.
ØBMKCloud 45 خاسلاشتۇرۇلغان ئانالىز قورالىنى ئۆز ئىچىگە ئالغان سانلىق مەلۇماتنى چۈشەندۈرۈشكە قولايلىق ياراتتى
مۇلازىمەت ئۆلچىمى
| تەرتىپلەشسۇپا | كۈتۈپخانا | تەۋسىيە قىلىنغان سانلىق مەلۇمات | مۆلچەرلەنگەن بۇرۇلۇش ۋاقتى |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K / 100K / 300K خەتكۈچ | 30 كۈن |
Bioinformatics analyses
üخام ماتېرىيال سۈپىتىنى كونترول قىلىش
üOTU توپلاش / شاۋقۇن ئاۋازى (ASV)
üOTU ئىزاھاتى
üئالفا كۆپ خىللىقى
üBeta كۆپ خىللىقى
üگۇرۇپپىلار ئارا تەھلىل
üتەجرىبە ئامىللىرىغا قارشى جەمئىيەت ئانالىزى
üئىقتىدار گېنى ئالدىن پەرەز قىلىش
ئۈلگە تەلەپ ۋە يەتكۈزۈش
ئەۋرىشكە تەلەپلىرى:
ForDNA جەۋھىرى:
| ئۈلگە تىپى | سومما | مەركەزلىشىش | ساپلىق |
| DNA جەۋھىرى | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng / μl | OD260 / 280 = 1.6-2.5 |
مۇھىت ئەۋرىشكىسى ئۈچۈن:
| ئۈلگە تىپى | ئەۋرىشكە ئېلىش تەرتىپىنى تەۋسىيە قىلىمىز |
| تۇپراق | ئەۋرىشكە ئېلىش مىقدارى: تەخمىنەن.5 g;قالدۇق ماددىلارنى يەر يۈزىدىن چىقىرىۋېتىش كېرەك.چوڭ پارچىلارنى ئېزىپ 2 مىللىمېتىر سۈزگۈچتىن ئۆتۈڭزاكاس قىلىش ئۈچۈن ستېرېئولۇق EP-tube ياكى cyrotube دىكى Aliquot ئەۋرىشكىسى. |
| چوڭ تەرەت | ئەۋرىشكە ئېلىش مىقدارى: تەخمىنەن.5 g;زاكاس قىلىش ئۈچۈن ستېرېئولۇق EP- تۇرۇبا ياكى كرىستالدىن ئەۋرىشكە يىغىش ۋە تەقلىد قىلىش. |
| ئۈچەيدىكى مەزمۇنلار | ئەۋرىشكەلەرنى ئاسېپتىك ھالەتتە بىر تەرەپ قىلىش كېرەك.يىغىلغان توقۇلمىلارنى PBS بىلەن يۇيۇش.PBS نى مەركەزلەشتۈرۈپ EP تۇرۇبىسىدىكى چۆكمىلەرنى يىغىڭ. |
| Sludge | ئەۋرىشكە ئېلىش مىقدارى: تەخمىنەن.5 g;زاكاس قىلىش ئۈچۈن ستېرېئولۇق EP- تۇرۇبا ياكى كىرئالغۇدا لاي ئەۋرىشكىسىنى يىغىش ۋە يىغىش |
| Waterbody | تۇرۇبا سۈيى ، قۇدۇق سۈيى قاتارلىق چەكلىك مىقداردا مىكروب بار ئەۋرىشكە ئۈچۈن كەم دېگەندە 1 L سۇ يىغىپ ، 0.22 مىللىمېتىر سۈزگۈچتىن ئۆتۈپ ، پەردىدىكى مىكروبلارنى موللاشتۇرۇڭ.پەردىسىنى تۇراقسىز تۇرۇبىدا ساقلاڭ. |
| تېرە | تېرە يۈزىنى ئېھتىياتسىزلىقتىن پاختا پاختا ياكى ئوپېراتسىيىلىك تىغ بىلەن سۈرتۈپ ، ئۇنى تۇراقسىز تۇرۇبىغا قويۇڭ. |
تەۋسىيە قىلىنغان ئەۋرىشكە يەتكۈزۈش
ئەۋرىشكەلەرنى سۇيۇق ئازوتتىكى 3-4 سائەت توڭلىتىڭ ھەمدە سۇيۇق ئازوت ياكى -80 گرادۇسلۇق ساقلاش كېرەك.قۇرۇق مۇز بىلەن ئەۋرىشكە توشۇش تەلەپ قىلىنىدۇ.
مۇلازىمەت خىزمىتى ئېقىمى
ئۈلگە يەتكۈزۈش
كۈتۈپخانا قۇرۇلۇشى
تەرتىپلەش
سانلىق مەلۇمات ئانالىزى
سېتىشتىن كېيىنكى مۇلازىمەتلەر
1. تۈرلەرنى تەقسىملەش
2. ئىسسىقلىق خەرىتىسى: بايلارنىڭ توپلىنىشى
3. ئاز ئۇچرايدىغان گۇرۇپپا ئەگرى سىزىقى
4.NMDS تەھلىلى
5. تەھلىل قىلىش
BMK دېلوسى
2-تىپلىق دىئابىت كېسىلى بار ۋە يوق سېمىزلەر ئوخشىمىغان ئۈچەيدىكى مىكروبلارنىڭ ئىقتىدار ۋە تەركىبىنى كۆرسىتىدۇ
ئېلان قىلىنغان:Cell Host & Microbe, 2019
تەرتىپلەش ئىستراتېگىيىسى:
دىئابىت كېسىلىگە گىرىپتار بولماسلىق (n = 633);سېمىز بولمىغان دىئابىت كېسىلى (n = 494);سېمىزلىك 2 تىپلىق دىئابىت (n = 153);
نىشان رايونى: 16S rDNA V1-V2
سۇپا: Illumina Miseq (NGS ئاساسىدىكى ئامپلون تەرتىپى)
DNA جەۋھىرىنىڭ بىر قىسمى Illumina Hiseq دا مېتاگېنومىيىلىك تەرتىپكە ئۇچرىغان
ئاچقۇچلۇق نەتىجىلەر
بۇ مېتابولىزىم كېسەللىكلىرىنىڭ مىكروب ئارخىپى مۇۋەپپەقىيەتلىك ھالدا پەرقلەندۈرۈلدى.
16S تەرتىپى ئارقىلىق ھاسىل بولغان مىكروب ئىقتىدارلىرىنى سېلىشتۇرۇش ئارقىلىق ، سېمىزلىكنىڭ مىكروب تەركىبىدىكى ئۆزگىرىشلەر ، يەككە ئالاھىدىلىكلەر ، بولۇپمۇ ئاككېرمانسىيە ، فاكالىباكتېرىيە ، ئوسسىلىباكتېر ، ئالىستېپس قاتارلىقلارنىڭ كۆرۈنەرلىك تۆۋەنلىشى بىلەن مۇناسىۋەتلىك ئىكەنلىكى بايقالدى. .
پايدىلانما
Thingholm, LB, et al.«2-تىپلىق دىئابىت كېسىلىگە گىرىپتار بولغان ۋە يوق سېمىزلەر ئوخشىمىغان ئۈچەيدىكى مىكروبلارنىڭ ئىقتىدار ئىقتىدارى ۋە تەركىبىنى كۆرسىتىدۇ».Cell Host & Microbe26.2 (2019).
