تولۇق ئۇزۇنلۇقتىكى mRNA تەرتىپى- Nanopore
مۇلازىمەت ئەۋزەللىكى
Øتۆۋەن تەرتىپلىك بىر تەرەپلىمە قاراش
Øپۈتۈن ئۇزۇنلۇقتىكى cDNA مولېكۇلاسىنى ئاشكارىلاش
Øئوخشاش ساندىكى خاتىرىلەرنى ئۆز ئىچىگە ئالىدىغان سانلىق مەلۇماتلار ئاز
Øھەر بىر گېننىڭ كۆپ خىل ئىزفورمىنى پەرقلەندۈرۈش
Øئىفورم سەۋىيىسىدىكى ئىپادىلەش مىقدارى
مۇلازىمەت ئۆلچىمى
| كۈتۈپخانا | سۇپا | تەۋسىيە قىلىنغان سانلىق مەلۇمات (Gb) | سۈپەت كونترول |
| cDNA-PCR (Poly-A موللاشتۇرۇلغان) | Nanopore PromethION P48 | 4 Gb / ئەۋرىشكە (تۈرلەرگە ئاساسەن) | پۈتۈن ئۇزۇنلۇق نىسبىتى ＞ 70% ئوتتۇرىچە سۈپەت نومۇرى: Q10
|
Bioinformatics analyses
ü خام ماتېرىيال بىر تەرەپ قىلىش
üترانسكرىپسىيە كىملىكى
üAlternative splicing
üگېن سەۋىيىسى ۋە ئىفورم سەۋىيىسىدىكى ئىپادىلەش مىقدارى
üپەرقلىق ئىپادىلەش ئانالىزى
üئىقتىدار ئىزاھاتى ۋە بېيىتىش (DEGs ۋە DETs)
ئۈلگە تەلەپ ۋە يەتكۈزۈش
ئەۋرىشكە تەلەپلىرى:
Nucleotides:
| ساپلىق | سەمىمىيەت | سومما |
| OD260 / 280≥1.8 ； OD260 / 230≥1.0 peak ئەڭ يۇقىرى چوققا قىممەت 260 nm. | ئۆسۈملۈكلەرگە: RIN≥7.5 animals ھايۋانلارغا: RIN≥8; 28S / 18S≥1.0; | Conc.≥40 ng / μl; ئومۇمىي ≥ 1 μg |
توقۇلما: ئېغىرلىقى (قۇرۇق): ≥1 g
* 5 مىللىگىرامدىن كىچىك توقۇلمىلارغا چاقماق توڭلىتىلغان (سۇيۇق ئازوتتا) توقۇلما ئەۋرىشكىسىنى ئەۋەتىشنى تەۋسىيە قىلىمىز.
كاتەكچە ئاسما: ھۈجەيرە سانى = 3 × 106- 1 × 107
* توڭلىتىلغان ھۈجەيرە لەيلىسىنى ئەۋەتىشنى تەۋسىيە قىلىمىز.بۇ كاتەكچىنىڭ سانى 5 × 10 دىن كىچىك بولسا5، سۇيۇق ئازوتتا توڭلىتىلغان چاقماق لامپا تەۋسىيە قىلىنىدۇ ، بۇ مىكرو چىقىرىشقا ئەۋزەل.
قان ئەۋرىشكىسى: ھەجىمى 1 مىللىمېتىر
تەۋسىيە قىلىنغان ئەۋرىشكە يەتكۈزۈش
كونتېينېر: 2 مىللىمېتىر مەركەزدىن قاچۇرۇش نەيچىسى (قەلەي ياپقۇچ تەۋسىيە قىلىنمايدۇ)
ئۈلگە بەلگە: گۇرۇپپا + كۆپەيتىش مەسىلەن A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
توشۇش: 1. قۇرۇق مۇز: ئەۋرىشكەلەرنى خالتىغا قاچىلاپ ، قۇرۇق مۇزغا كۆمۈش كېرەك.
- RNA تۇراقلىق تۇرۇبا: RNA ئەۋرىشكىسىنى RNA تۇراقلاشتۇرۇش تۇرۇبىسىدا قۇرۇتقىلى بولىدۇ (مەسىلەن RNAstable®) ھەمدە ئۆي تېمپېراتۇرىسىدا توشۇشقا بولىدۇ.
مۇلازىمەت خىزمىتى ئېقىمى
ئۈلگە يەتكۈزۈش
كۈتۈپخانا قۇرۇلۇشى
تەرتىپلەش
سانلىق مەلۇمات ئانالىزى
سېتىشتىن كېيىنكى مۇلازىمەتلەر
مۇلازىمەت خىزمىتى ئېقىمى
تەجرىبە لايىھىسى
ئۈلگە يەتكۈزۈش
RNA ئېلىش
كۈتۈپخانا قۇرۇلۇشى
تەرتىپلەش
سانلىق مەلۇمات ئانالىزى
سېتىشتىن كېيىنكى مۇلازىمەتلەر
1.پەرقلىق ئىپادىلەش ئانالىزى - يانار تاغ پىلانى
پەرقلىق ئىپادىلەش ئانالىزىنى ھەر ئىككى گېن سەۋىيىسىدە بىر تەرەپ قىلىپ ، ئوخشىمىغان ئىپادىلەنگەن گېننى پەرقلەندۈرگىلى بولىدۇ.
ئىپادىلەنگەن خاتىرىلەر (DET)
2.قاتلاملىق توپلاشتۇرۇلغان ئىسسىقلىق خەرىتىسى
3.ئاپتوموبىلنى پەرقلەندۈرۈش ۋە تۈرگە ئايرىش
Astalavista تەرىپىدىن بەش خىل قوشۇمچە تاللاش ھادىسىسىنى ئالدىن پەرەز قىلىشقا بولىدۇ.
4.كۆپ قۇتۇپلۇق ماسلىشىشچانلىقى (APA) ۋەقەلەرنى پەرقلەندۈرۈش ۋە Motif نىڭ 50 bp يۇقىرى ئېقىمىدىكى Motif
BMK دېلوسى
نانوپورنىڭ تولۇق ئۇزۇنلۇقتىكى ترانسكرىپسىيە تەرتىپى ئارقىلىق ئالمىشىشنى تاللاش ۋە ئىزوفورما دەرىجىسىنى مىقدارلاشتۇرۇش
ئېلان قىلىنغان:تەبىئەت ئالاقىسى ، 2020-يىل
تەرتىپلەش ئىستراتېگىيىسى:
گۇرۇپپىلاش: 1. CLL-SF3B1 (WT);2. CLL-SF3B1 (K700E نىڭ ئۆزگىرىشى);3. نورمال B ھۈجەيرىلەر
تەرتىپلەش ئىستراتېگىيىسى: MinION 2D كۈتۈپخانىنىڭ تەرتىپى ، PromethION 1D كۈتۈپخانىنىڭ تەرتىپىئوخشاش ئەۋرىشكىلەردىن قىسقا ئوقۇشلۇق سانلىق مەلۇمات
تەرتىپلەش سۇپىسى: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;
ئاچقۇچلۇق نەتىجىلەر
1.ئىسفورما دەرىجىلىك تاللاشنى پەرقلەندۈرۈش
ئۇزۇن ئوقۇلغان تەرتىپلەر ئۆزگىرىشچان SF3B1 نى پەرقلەندۈرۈشكە ھوقۇق بېرىدۇK700E- isoform سەۋىيىسىدىكى ئۆزگەرتىلگەن بۆلەكلەر.35 تال 3′SS ۋە 10 تال 5′SS لار SF3B1 ئارىسىدا كۆرۈنەرلىك پەرقلىنىدىغانلىقى بايقالدىK700Eand SF3B1WT.35 قېتىملىق ئۆزگەرتىشنىڭ 33 ى ئۇزۇن ئوقۇلغان تەرتىپلەر ئارقىلىق يېڭىدىن بايقالغان.
2.ئىسفورم سەۋىيىسىدىكى ئالمىشىش مىقدارى
SF3B1 دىكى ئىچكى ساقلىغۇچ (IR) ئىزفورملىرىنىڭ ئىپادىلىنىشىK700Eand SF3B1WTنانوپور تەرتىپىگە ئاساسەن مىقدارلاشقان بولۇپ ، SF3B1 دىكى IR ئىزفورملىرىنىڭ يەرشارى مىقياسىدا تۆۋەنلەش تەڭشىلىشىنى ئاشكارىلىدىK700E.
پايدىلانما
تاڭ AD ، Soulette CM ، Baren MJV قاتارلىقلار.سوزۇلما لىمفا ھۈجەيرىلىك ئاق قان كېسەللىكىدىكى SF3B1 ئۆزگىرىشىنىڭ تولۇق ئۇزۇنلۇقتىكى خاتىرىلىنىشى ساقلاپ قېلىنغان ئىچكى ئەزالارنىڭ تەڭشىلىشىنى ئاشكارىلايدۇ.تەبىئەت ئالاقىسى.
