Hi-C نى ئاساس قىلغان گېن گۇرۇپپىسى
مۇلازىمەت ئەۋزەللىكى
Hi-C نىڭ ئومۇمىي ئەھۋالى
(لىبېرمان-ئايدېن قاتارلىقلار. ،Science, 2009)
Øئانتىتېلا لەڭگەرلىرى ئۈچۈن گېن نوپۇسى قۇرۇشنىڭ ھاجىتى يوق
Øتېخىمۇ يۇقىرى بەلگە قويۇقلۇقى 90% تىن يۇقىرى لەڭگەر نىسبىتىنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدۇ.
Øھازىرقى گېن گۇرۇپپىسىنى باھالاش ۋە تۈزىتىشنى قوزغىتىدۇ.
Øگېن توپلاشتا تېخىمۇ يۇقىرى ئېنىقلىق بىلەن بۇرۇلۇش ۋاقتى قىسقا.
Ø500 دىن ئارتۇق تۈر ئۈچۈن ياسالغان 1000 دىن ئارتۇق Hi-C كۈتۈپخانىسى بار مول تەجرىبە.
Ø100 دىن ئارتۇق مۇۋەپپەقىيەت قازانغان توپلانغان تەسىر ئامىلى 760 دىن ئاشىدۇ.
Øكۆپ قۇتۇپلۇق گېننىڭ Hi-C نى ئاساس قىلغان گېن گۇرۇپپىسىنى قۇراشتۇرۇش ئالدىنقى تۈردە% 100 لەڭگەر نىسبىتىگە ئېرىشتى.
ØHi-C تەجرىبىسى ۋە سانلىق مەلۇماتلارنى ئانالىز قىلىش ئۈچۈن ئۆي ئىچىدىكى پاتېنت ۋە يۇمشاق دېتال نەشر ھوقۇقى
Øئۆزى تەتقىق قىلىپ ياسالغان سانلىق مەلۇماتلارنى تەڭشەش يۇمشاق دېتالى قولدا توسۇشنى ھەرىكەتلەندۈرۈش ، كەينىگە قايتۇرۇش ، بىكار قىلىش ۋە قايتا قوزغىتىشقا ياردەم بېرىدۇ.
مۇلازىمەت ئۆلچىمى
| تەرتىپلەشسۇپا | كۈتۈپخانا | تەۋسىيە قىلىنغان چوڭقۇرلۇق | مۆلچەرلەنگەن بۇرۇلۇش ۋاقتى | مەجلىس |
| Illumina | 300-350 bp | ئاددىي گېن ≥ 100 × مۇرەككەپ گېن ≥ 150 × | 3 ئاي (تۈرلەرگە ئاساسەن) | لەڭگەر نىسبىتى ≥ 90% (تۈرلەرگە ئاساسەن) |
Bioinformatics analyses
üخام ماتېرىيال سۈپىتىنى كونترول قىلىش
üHi-C كۈتۈپخانىنىڭ سۈپىتىنى كونترول قىلىش
üHi-C ئاساسىدىكى گېن گۇرۇپپىسى
üقۇراشتۇرۇشتىن كېيىنكى باھالاش
ئۈلگە تەلەپ ۋە يەتكۈزۈش
ئەۋرىشكە تەلەپلىرى:
ھايۋانلار ئۈچۈن:
1. مۇسكۇل (توڭلىتىلغان): ≥ 2 g;
2. پۈتۈن قان (توڭلىمىغان): ml 2 مىللىمېتىر (3 كۈتۈپخانىغا)
ئۆسۈملۈكلەر ئۈچۈن:
1. مايسا (مەسىلەن ئۇرۇقتىن يېتىشتۈرۈلگەن ياش مايسىلار ، توقۇلما مەدەنىيەت ئۇرۇقى قاتارلىقلار): بارلىق يوپۇرماق ۋە ياش غوللارنى يىغىش.
2. پىشقان ئۆسۈملۈك: غول ئۇچى ۋە غول ئۇچىغا يېقىن بىرىنچى ياكى 2 يېڭى يوپۇرماق يىغىڭ.
* ھەر بىر ئەۋرىشكە ئۈچۈن تەۋسىيە قىلىنغان مىقدار ≥ 4 g.(كۇتۇپخانا قۇرۇلۇشىنىڭ نەزەرىيىۋى ئىشلىتىلىشى ھەر كۇتۇپخانىدا 1 g).
تەۋسىيە قىلىنغان ئەۋرىشكە يەتكۈزۈش
كونتېينېر: 2 مىللىمېتىر مەركەزدىن قاچۇرۇش نەيچىسى (قەلەي ياپقۇچ تەۋسىيە قىلىنمايدۇ)
كۆپىنچە ئەۋرىشكەلەرگە ئېتانولدا ساقلىماسلىقنى تەۋسىيە قىلىمىز.
ئەۋرىشكە بەلگىسى: ئەۋرىشكە ئېنىق بەلگە ۋە يوللانغان ئەۋرىشكە ئۇچۇر جەدۋىلىگە ئوخشاش بولۇشى كېرەك.
توشۇش: قۇرۇق مۇز: ئەۋرىشكەلەرنى ئالدى بىلەن سومكىلارغا قاچىلاش ۋە قۇرۇق مۇزغا كۆتۈرۈش كېرەك.
مۇلازىمەت خىزمىتى ئېقىمى
تەجرىبە لايىھىسى
ئۈلگە يەتكۈزۈش
Hi-C تەجرىبىسى
كۈتۈپخانا قۇرۇلۇشى
تەرتىپلەش
سانلىق مەلۇمات ئانالىزى
سېتىشتىن كېيىنكى مۇلازىمەتلەر
*بۇ يەردە كۆرسىتىلگەن Demo نەتىجىلىرىنىڭ ھەممىسى Biomarker Technologies بىلەن ئېلان قىلىنغان گېنلاردىن كەلگەن
1.Hi-C ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغان ئىسسىقلىق خەرىتىسىCamptotheca acuminatagenome.خەرىتە كۆرسىتىلگەندەك ، ئۆز-ئارا تەسىرنىڭ كۈچلۈكلۈكى سىزىقلىق ئارىلىق بىلەن سەلبىي باغلىنىشلىق بولۇپ ، يۇقىرى ئېنىقلىقتىكى خروموسوم سەۋىيىسىدىكى قۇراشتۇرۇشنى كۆرسىتىدۇ.(لەڭگەر نىسبىتى: 96.03%)
Kang M et al.,تەبىئەت ئالاقىسى, 2021
2.Hi-C ئارىسىدىكى تەتۈر ئايلىنىشنى دەلىللەشكە قۇلايلىق يارىتىپ بەردىGossypium hirsutumL. TM-1 A06 andG. arboreumChr06
ياڭ Z قاتارلىقلار.تەبىئەت ئالاقىسى ، 2019
3. كاسسا گېن گۇرۇپپىسىنىڭ SC205 نى قۇراشتۇرۇش ۋە قوش پەرقلەندۈرۈش.Hi-C ئىسسىقلىق خەرىتىسى گومولوگىيىلىك خروموسومدا ئېنىق بۆلۈنگەنلىكىنى كۆرسەتتى.
Hu W et al.,مولېكۇلا ئۆسۈملۈك, 2021
4. Ficus ئىككى خىل گېن گۇرۇپپىسىدىكى Hi-C ئىسسىقلىق خەرىتىسى:F.microcarpa(لەڭگەر نىسبىتى: 99.3%) ۋەF.hispida (لەڭگەر نىسبىتى:% 99.7)
جاڭ X قاتارلىقلار.Cell, 2020
BMK دېلوسى
بانان دەرىخى ۋە چاڭلاشتۇرغۇچنىڭ گېنى ئەنجۈر دەرىخىنىڭ تەڭ مەۋجۇت بولۇپ تۇرۇشى ھەققىدە چۈشەنچە بېرىدۇ
ئېلان قىلىنغان: Cell, 2020
تەرتىپلەش ئىستراتېگىيىسى:
F. microcarpaگېن: تەخمىنەن.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidaگېن: تەخمىنەن.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillataگېن: تەخمىنەن.170 X PacBio RSII (65 Gb)
ئاچقۇچلۇق نەتىجىلەر
1. PacBio تەرتىپى ، Hi-C ۋە ئۇلىنىش خەرىتىسىدىن پايدىلىنىپ ئىككى تۈپ دەرەخ گېنى ۋە بىر چاڭلاشتۇرغۇچى wasp گېنى قۇرۇلدى.
(1)F. microcarpaگېن گۇرۇپپىسى: 426 Mb (مۆلچەردىكى گېننىڭ% 97.7) يىغىلىشى 908 Kb لىق N50 ، BUSCO نومۇرى% 95.6 بولغان.جەمئىي 423 Mb رەت تەرتىپى Hi-C تەرىپىدىن 13 خروموسومغا چاپلانغان.گېن ئىزاھاتىدا 29416 ئاقسىل كودلاش گېنى ھاسىل قىلىنغان.
(2)F. Hispidaگېن گۇرۇپپىسى: 360 Mb لىق يىغىلىش (مۆلچەردىكى گېننىڭ% 97.3) مەھسۇلات مىقدارى N2 نىڭ 492 Kb ، BUSCO نومۇرى% 97.4 بولغان.جەمئىي 359 Mb لىق تەرتىپ 14 خروموسومبى Hi-C غا چاپلانغان بولۇپ ، يۇقىرى زىچلىقتىكى ئۇلىنىش خەرىتىسىگە ناھايىتى ئوخشايدۇ.
(3)Eupristina verticillataگېن گۇرۇپپىسى: 387 Mb لىق يىغىلىش (مۆلچەرلەنگەن گېننىڭ چوڭلۇقى: 382 Mb) قۇرۇلدى ، N50 نىڭ 3.1 Mb ، BUSCO نومۇرى% 97.7.
2. سېلىشتۇرما گېنولوگىيە ئانالىزىدا ئىككىسىنىڭ نۇرغۇن قۇرۇلما ئۆزگىرىشى ئاشكارىلاندىFicusماسلىشىشچان تەدرىجى تەرەققىيات تەتقىقاتى ئۈچۈن قىممەتلىك گېن مەنبەسى بىلەن تەمىنلەيدىغان گېنلار.بۇ تەتقىقات تۇنجى قېتىم گېن-سەۋىيىدىكى ئەنجۈرنىڭ ماس قەدەملىك ئۆزگىرىشى ھەققىدە چۈشەنچە بەردى.
 ئىككىسىنىڭ گېن ئالاھىدىلىكى توغرىسىدىكى سېرك دىئاگراممىسىFicusگېنلار ، خروموسوم ، بۆلەك كۆپەيتىش (SD) ، ترانسپورون (LTR ، TEs ، DNA TEs) ، گېننىڭ ئىپادىلىنىشى ۋە بىرىكمىسى قاتارلىقلارنى ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ. |  Y خروموسومى ۋە جىنسىي بەلگىلەش كاندىدات گېنىنى پەرقلەندۈرۈش |
جاڭ ، X. قاتارلىقلار.«بانان دەرىخىنىڭ گېنوملىرى ۋە چاڭلاشتۇرغۇچى ۋاسپېر ئەنجۈر-ۋاسپنىڭ ئۆزگىرىشىنى چۈشىنىدۇ».Cell 183.4 (2020).
