ئۇزۇن كودلاشتۇرماسلىق تەرتىپى-ئىللۇمىنا
مۇلازىمەت ئەۋزەللىكى
Øمۇلازىمەت ئەۋزەللىكى
Øھۈجەيرە ۋە توقۇلمىلارغا خاس
Øكونكرېت باسقۇچ ھەرىكەتچان ئىپادىلەش ئۆزگىرىشىنى ئىپادىلەيدۇ ۋە كۆرسىتىدۇ
Øۋاقىت ۋە بوشلۇق ئىپادىلەشنىڭ ئېنىق ئەندىزىسى
ØMRNA سانلىق مەلۇماتلىرى بىلەن ئورتاق تەھلىل.
ØBMKCloud نى ئاساس قىلغان نەتىجىنى يەتكۈزۈش: سۇپادا خاسلاشتۇرۇلغان سانلىق مەلۇمات قېزىش.
Øسېتىلغاندىن كېيىنكى مۇلازىمەت تۈر تاماملانغاندىن كېيىن 3 ئاي كۈچكە ئىگە
ئۈلگە تەلەپ ۋە يەتكۈزۈش
ئەۋرىشكە تەلەپلىرى:
Nucleotides:
توقۇلما: ئېغىرلىقى (قۇرۇق): ≥1 g
* 5 مىللىگىرامدىن كىچىك توقۇلمىلارغا چاقماق توڭلىتىلغان (سۇيۇق ئازوتتا) توقۇلما ئەۋرىشكىسىنى ئەۋەتىشنى تەۋسىيە قىلىمىز.
كاتەكچە ئاسما: ھۈجەيرە سانى = 3 × 107
* توڭلىتىلغان ھۈجەيرە لەيلىسىنى ئەۋەتىشنى تەۋسىيە قىلىمىز.بۇ كاتەكچىنىڭ سانى 5 × 10 دىن كىچىك بولسا5، سۇيۇق ئازوتتا توڭلىتىلغان چاقماق لامپىسى تەۋسىيە قىلىنىدۇ.
قان ئەۋرىشكىسى:
PA × geneBloodRNATube;
6mLTRIzol ۋە 2mL قان (TRIzol: قان = 3: 1)
تەۋسىيە قىلىنغان ئەۋرىشكە يەتكۈزۈش
كونتېينېر: 2 مىللىمېتىر مەركەزدىن قاچۇرۇش نەيچىسى (قەلەي ياپقۇچ تەۋسىيە قىلىنمايدۇ)
ئۈلگە بەلگە: گۇرۇپپا + كۆپەيتىش مەسىلەن A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
مال ئەۋەتىش:
1. قۇرغاق مۇز: ئەۋرىشكەلەرنى خالتىغا قاچىلاش ۋە قۇرۇق مۇزغا كۆتۈرۈش كېرەك.
3. تۇراقلىق تۇرۇبا: RNA ئەۋرىشكىسىنى RNA تۇراقلاشتۇرۇش تۇرۇبىسىدا قۇرۇتقىلى بولىدۇ (مەسىلەن RNAstable®) ھەمدە ئۆي تېمپېراتۇرىسىدا توشۇشقا بولىدۇ.
مۇلازىمەت خىزمىتى ئېقىمى
تەجرىبە لايىھىسى
ئۈلگە يەتكۈزۈش
RNA ئېلىش
كۈتۈپخانا قۇرۇلۇشى
تەرتىپلەش
سانلىق مەلۇمات ئانالىزى
سېتىشتىن كېيىنكى مۇلازىمەتلەر
Bioinformatics
 |
 |
1.LncRNA تۈرگە ئايرىش
يۇقىرىدىكى تۆت يۇمشاق دېتال ئالدىن پەرەز قىلغان LncRNA lincRNA ، سەزگۈرلۈككە قارشى LncRNA ، ئىچكى- LncRNA دىن ئىبارەت 4 تۈرگە ئايرىلدى.sense-LncRNA.LncRNA تۈرگە ئايرىش تۆۋەندىكى گىستوگراممىدا كۆرسىتىلدى.
LncRNA تۈرگە ئايرىش
2. DE-lncRNA موللاشتۇرۇش ئانالىزىنىڭ نىشانلىق گېنى
ClusterProfiler بىئولوگىيىلىك جەريان ، مولېكۇلا فۇنكسىيەسى ۋە ھۈجەيرە زاپچاسلىرى جەھەتتە ئوخشىمىغان ئىپادىلەنگەن lncRNA (DE-lncRNA) نىڭ cis نىشانلىق گېنى ئۈستىدە GO موللاش ئانالىزىدا ئىشلىتىلگەن.GO موللاشتۇرۇش ئانالىزى پۈتكۈل گېنغا سېلىشتۇرغاندا DEG يۆنىلىشلىك كۆرۈنەرلىك بېيىغان GO ئاتالغۇلىرىنى پەرقلەندۈرۈش جەريانى.بېيىغان ئاتالغۇلار تۆۋەندە كۆرسىتىلگەندەك گىستوگرامما ، كۆپۈكچە جەدۋەلدە كۆرسىتىلدى.
DE-lncRNA موللاشتۇرۇش ئانالىزىنىڭ نىشانلىق گېنى - كۆپۈكچە دىئاگرامما
BMK دېلوسى
KRAS - G12D نىڭ ئۆزگىرىشى ۋە P53 چەكمە چېكىش ئارقىلىق مائۇسنىڭ ئۆپكە ئادېنوكاركېنومىدىكى lncRNA ئىپادىلەش ئارخىپى.
ئېلان قىلىنغان:ھۈجەيرە ۋە مولېكۇلا مېدىتسىنا ژورنىلى ，2019
تەرتىپلەش ئىستراتېگىيىسى
Illumina
ئەۋرىشكە توپلاش
NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) ھۈجەيرىلىرى ۋە سەلبىي كونترول (sh-Scr) ھۈجەيرىلىرى 6-كۈنى مەلۇم ۋىرۇس بىلەن يۇقۇملانغان.
ئاچقۇچلۇق نەتىجىلەر
بۇ تەتقىقات مائۇسنىڭ ئۆپكە ئادېنوكاركېنومىدا P53 چەكمە چېكىش ۋە KrasG12D نىڭ ئۆزگىرىشى بىلەن ئېنىق ئىپادىلەنگەن lncRNA نى تەكشۈردى.
1.6424 lncRNAs ئوخشىمىغان ئىپادىلەندى (fold 2 ھەسسە ئۆزگەرتىش ، P <0.05).
2. بارلىق 210 lncRNAs (FC≥8) ئىچىدە ، 11 lncRNAs نىڭ ئىپادىلىنىشى ئايرىم-ئايرىم ھالدا دەسلەپكى KP ھۈجەيرىسىدىكى قاندىكى ئوكسىدلىنىش ئارقىلىق P53 ، 33 lncRNAs ۋە 13 lncRNAs تەرىپىدىن كونترول قىلىنغان.
3.NONMMUT015812 چاشقىنەكنىڭ ئۆپكە ئۆسمىسىدە كۆرۈنەرلىك دەرىجىدە تەڭشەلگەن ۋە P53 قايتا-قايتا ئىپادىلىنىشى بىلەن سەلبىي تەڭشەلگەن بولۇپ ، ئۇنىڭ ھۈجەيرە ئىقتىدارىنى ئانالىز قىلغان.
4. shRNAs تەرىپىدىن NONMMUT015812 نى قۇلۇپلاش KP ھۈجەيرىسىنىڭ كۆپىيىش ۋە كۆچۈش ئىقتىدارىنى تۆۋەنلىتىدۇ.NONMMUT015812 يوشۇرۇن ئونكوگېن ئىدى.
 NEGMUT015812-knockdown KP ھۈجەيرىسىدىكى پەرقلىق ئىپادىلەنگەن گېنلارنىڭ KEGG يولىنى ئانالىز قىلىش |  گېن ئونتولوگىيىسى NONMMUT015812-knockdown KP ھۈجەيرىسىدىكى پەرقلىق ئىپادىلەنگەن گېننى ئانالىز قىلدى |
پايدىلانما
چاشقىنەكنىڭ ئۆپكە ئادېنوكاركېنومىدا KRAS - G12D ئۆزگىرىشى ۋە P53 چەكمە كونتىروللۇقىدىكى lncRNA ئىپادىلەش ئارخىپى.ھۈجەيرە ۋە مولېكۇلا مېدىتسىنا ژورنىلى ، 2019 ، 23 (10).DOI ： 10.1111 / jcmm.14584
