Metagenomic Sequencing (NGS)
مۇلازىمەت ئەۋزەللىكى
Øمىكروب توپلىمى ئارخىپى ئۈچۈن يالغۇزلۇق ۋە تېرىقچىلىق يوق
Øمۇھىت ئەۋرىشكىسىدىكى تۆۋەن ئۆسۈملۈكلەرنى بايقاشتا يۇقىرى ئېنىقلىق
Ø«مېتا-» ئىدىيىسى ئىقتىدار سەۋىيىسى ، تۈر دەرىجىسى ۋە گېن سەۋىيىسىدىكى بارلىق بىئولوگىيىلىك ئالاھىدىلىكلەرنى بىرلەشتۈرگەن بولۇپ ، بۇ رېئاللىققا تېخىمۇ يېقىن ھەرىكەتچان قاراشنى ئەكىس ئەتتۈرىدۇ.
ØBMK 10،000 دىن ئارتۇق ئەۋرىشكە پىششىقلاپ ئىشلەنگەن ئوخشىمىغان ئەۋرىشكە تۈرلىرىدە غايەت زور تەجرىبە توپلايدۇ.
مۇلازىمەت ئۆلچىمى
| تەرتىپلەشسۇپا | كۈتۈپخانا | تەۋسىيە قىلىنغان سانلىق مەلۇمات | مۆلچەرلەنگەن بۇرۇلۇش ۋاقتى |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K / 100K / 300K خەتكۈچ | 30 كۈن |
Bioinformatics analyses
üخام ماتېرىيال سۈپىتىنى كونترول قىلىش
üMetagenome assembly
üئارتۇقچە گېن گۇرۇپپىسى ۋە ئىزاھاتى
üتۈرلەرنىڭ كۆپ خىللىقىنى تەھلىل قىلىش
üئىرسىيەت ئىقتىدارىنىڭ كۆپ خىللىقىنى تەھلىل قىلىش
üگۇرۇپپىلار ئارا تەھلىل
üتەجرىبە ئامىللىرىغا قارشى جەمئىيەت ئانالىزى
ئۈلگە تەلەپ ۋە يەتكۈزۈش
ئەۋرىشكە تەلەپلىرى:
ForDNA جەۋھىرى:
| ئۈلگە تىپى | سومما | مەركەزلىشىش | ساپلىق |
| DNA جەۋھىرى | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng / μl | OD260 / 280 = 1.6-2.5 |
مۇھىت ئەۋرىشكىسى ئۈچۈن:
| ئۈلگە تىپى | ئەۋرىشكە ئېلىش تەرتىپىنى تەۋسىيە قىلىمىز |
| تۇپراق | ئەۋرىشكە ئېلىش مىقدارى: تەخمىنەن.5 g;قالدۇق ماددىلارنى يەر يۈزىدىن چىقىرىۋېتىش كېرەك.چوڭ پارچىلارنى ئېزىپ 2 مىللىمېتىر سۈزگۈچتىن ئۆتۈڭزاكاس قىلىش ئۈچۈن ستېرېئولۇق EP-tube ياكى cyrotube دىكى Aliquot ئەۋرىشكىسى. |
| چوڭ تەرەت | ئەۋرىشكە ئېلىش مىقدارى: تەخمىنەن.5 g;زاكاس قىلىش ئۈچۈن ستېرېئولۇق EP- تۇرۇبا ياكى كرىستالدىن ئەۋرىشكە يىغىش ۋە تەقلىد قىلىش. |
| ئۈچەيدىكى مەزمۇنلار | ئەۋرىشكەلەرنى ئاسېپتىك ھالەتتە بىر تەرەپ قىلىش كېرەك.يىغىلغان توقۇلمىلارنى PBS بىلەن يۇيۇش.PBS نى مەركەزلەشتۈرۈپ EP تۇرۇبىسىدىكى چۆكمىلەرنى يىغىڭ. |
| Sludge | ئەۋرىشكە ئېلىش مىقدارى: تەخمىنەن.5 g;زاكاس قىلىش ئۈچۈن ستېرېئولۇق EP- تۇرۇبا ياكى كىرئالغۇدا لاي ئەۋرىشكىسىنى يىغىش ۋە يىغىش |
| Waterbody | تۇرۇبا سۈيى ، قۇدۇق سۈيى قاتارلىق چەكلىك مىقداردا مىكروب بار ئەۋرىشكە ئۈچۈن كەم دېگەندە 1 L سۇ يىغىپ ، 0.22 مىللىمېتىر سۈزگۈچتىن ئۆتۈپ ، پەردىدىكى مىكروبلارنى موللاشتۇرۇڭ.پەردىسىنى تۇراقسىز تۇرۇبىدا ساقلاڭ. |
| تېرە | تېرە يۈزىنى ئېھتىياتسىزلىقتىن پاختا پاختا ياكى ئوپېراتسىيىلىك تىغ بىلەن سۈرتۈپ ، ئۇنى تۇراقسىز تۇرۇبىغا قويۇڭ. |
تەۋسىيە قىلىنغان ئەۋرىشكە يەتكۈزۈش
ئەۋرىشكەلەرنى سۇيۇق ئازوتتىكى 3-4 سائەت توڭلىتىڭ ھەمدە سۇيۇق ئازوت ياكى -80 گرادۇسلۇق ساقلاش كېرەك.قۇرۇق مۇز بىلەن ئەۋرىشكە توشۇش تەلەپ قىلىنىدۇ.
مۇلازىمەت خىزمىتى ئېقىمى
ئۈلگە يەتكۈزۈش
كۈتۈپخانا قۇرۇلۇشى
تەرتىپلەش
سانلىق مەلۇمات ئانالىزى
سېتىشتىن كېيىنكى مۇلازىمەتلەر
1.خوگرامما: تۈرلەرنىڭ تارقىتىلىشى
2. ئىقتىدار گېنى KEGG مېتابولىزم يولىغا ئىزاھلانغان
3. ئىسسىقلىق خەرىتىسى: نىسپىي گېننىڭ كۆپلۈكىنى ئاساس قىلغان پەرقلىق ئىقتىدارلار
4. CARD ئانتىبىئوتىكقا قارشى تۇرۇش گېنىنىڭ سېرىكلىرى
BMK دېلوسى
تۇپراقتىكى مانگرو يىلتىزىنىڭ داۋاملىشىشىدا ئانتىبىئوتىكلارغا قارشى تۇرۇش گېنى ۋە باكتېرىيە پەيدا قىلغۇچى كېسەللىكلەرنىڭ ئومۇملىشىشى
ئېلان قىلىنغان:2021-يىلدىكى خەتەرلىك ماتېرىياللار ژۇرنىلى
تەرتىپلەش ئىستراتېگىيىسى:
ماتېرىياللار: كۆچەتسىز تۇپراق ، بوغما يىلان ، ئېپىسفېرا ۋە بالىياتقۇ ئىچكى قىسمىدىكى مانگرو يىلتىزىنىڭ تۆت پارچىسىنىڭ DNA جەۋھىرى.
سۇپا: Illumina HiSeq 2500
نىشانلار: Metagenome
16S rRNA گېنى V3-V4 رايونى
ئاچقۇچلۇق نەتىجىلەر
ئانتىتېلاغا قارشى تۇرۇش گېنى (ARGs) نىڭ تۇپراقتىن ئۆسۈملۈكلەرگە تارقىلىشىنى تەتقىق قىلىش ئۈچۈن ، مانگرو كۆچەتلىرىنىڭ تۇپراق يىلتىزى ئۇدا مېتاگېنومىيىلىك تەرتىپلەش ۋە مېتابولىزىملىق ئارخىپ تۇرغۇزۇلدى.مېتاگېنومىيىلىك سانلىق مەلۇماتلاردا كۆرسىتىلىشىچە ، ئانتىبىئوتىكقا قارشى تۇرۇش گېنىنىڭ% 91.4 ى يۇقىرىدا تىلغا ئېلىنغان تۆت تۇپراقنىڭ ھەممىسىدە ئېنىقلانغان بولۇپ ، بۇ ئۈزلۈكسىز مودا بولغان.16S rRNA ئامپلون تەرتىپى 29285 تەرتىپ ھاسىل قىلىپ ، 346 تۈرگە ۋەكىللىك قىلىدۇ.ئامپلون تەرتىپى ئارقىلىق ئارخىپ تۇرغۇزۇلغان جانلىقلار بىلەن بىرلەشتۈرۈلۈپ ، بۇ تارقىلىشنىڭ يىلتىزغا مۇناسىۋەتلىك مىكروبوتادىن مۇستەقىل ئىكەنلىكى بايقالدى ، ئەمما ، ئۇ گېن ئېلېمېنتلىرىنىڭ يۆتكىلىشى ئارقىلىق ئاسانلاشتۇرۇلىدۇ.بۇ تەتقىقات ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىك تۇپراق-يىلتىز ئۇدا داۋاملىشىشى ئارقىلىق ARG ۋە كېسەللىك قوزغاتقۇچىنىڭ تۇپراقتىن ئۆسۈملۈكلەرگە ئېقىشىنى ئېنىقلاپ چىقتى.
پايدىلانما
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).تۇپراقنى بويلاپ ئانتىبىئوتىكقا قارشى تۇرۇش گېنى ۋە باكتېرىيە پەيدا قىلغۇچى ماددىلارنىڭ ئومۇملىشىشى - مانگرو يىلتىزىنىڭ داۋاملىشىشى.خەتەرلىك ماتېرىياللار ژۇرنىلى ، 408, 124985.
