-
تولۇق ئۇزۇنلۇقتىكى mRNA تەرتىپى- Nanopore
RNA تەرتىپى ئەتراپلىق خاتىرىلەش ئانالىزى ئۈچۈن تېپىلغۇسىز قورال بولۇپ كەلدى.شەك-شۈبھىسىزكى ، ئەنئەنىۋى قىسقا ئوقۇش تەرتىپى بۇ يەردە نۇرغۇنلىغان مۇھىم تەرەققىياتلارنى قولغا كەلتۈردى.قانداقلا بولمىسۇن ، ئۇ ھەمىشە ئۇزۇنلۇقتىكى ئىزفور پەرقلەندۈرۈش ، مىقدارلاشتۇرۇش ، PCR بىر تەرەپلىمە قاراشتا چەكلىمىلەرگە دۇچ كېلىدۇ.
نانوپور تەرتىپى باشقا تەرتىپلەش سۇپىلىرىدىن ئالاھىدە پەرقلىنىدۇ ، بۇنىڭدا يادرونىڭ DNA سى بىرىكمىسىسىز بىۋاسىتە ئوقۇلىدۇ ۋە ئون نەچچە كىلوبوزادا ئۇزۇن ئوقۇش ھاسىل قىلىدۇ.بۇ تولۇق ئوقۇش خاتىرىسىنى بىۋاسىتە ئوقۇش ۋە ئىزفورم سەۋىيىسىدىكى تەتقىقاتتىكى خىرىسلارغا تاقابىل تۇرۇشقا ھوقۇق بېرىدۇ.
سۇپا：Nanopore PromethION
كۈتۈپخانا:cDNA-PCR
-
De novo تولۇق ئۇزۇنلۇقتىكى Transcriptome تەرتىپى -PacBio
De novoپۈتۈن ئۇزۇنلۇقتىكى خاتىرىلەش تەرتىپى ، دەپمۇ ئاتىلىدۇDe novoIso-Seq ئوقۇش ئۇزۇنلۇقىدىكى PacBio تەرتىپلىگۈچىنىڭ ئەۋزەللىكىنى جارى قىلدۇرىدۇ ، بۇ پۈتۈن ئۇزۇنلۇقتىكى cDNA مولېكۇلاسىنى ئۈزۈل-كېسىل رەتلىيەلمەيدۇ.بۇ خاتىرىلەش قۇراشتۇرۇش باسقۇچىدا پەيدا بولغان خاتالىقلاردىن پۈتۈنلەي ساقلىنىپ ، ئىزوفورما ئېنىقلىق دەرىجىسى بىلەن بىرلىككە كەلگەن توپلارنى ياساپ چىقىدۇ.بۇ بىرلىككە كەلگەن توپلار ترانسكرىپسىيە سەۋىيىسىدىكى «پايدىلىنىش گېنى» سۈپىتىدە كۈچلۈك گېن ئۇچۇرى بىلەن تەمىنلەيدۇ.ئۇنىڭدىن باشقا ، كېيىنكى ئەۋلاد تەرتىپلەش سانلىق مەلۇماتلىرى بىلەن بىرلەشتۈرۈلۈپ ، بۇ مۇلازىمەت ئىزفورما سەۋىيىسىنى توغرا مىقدارلاشتۇرۇشقا ھوقۇق بېرىدۇ.
سۇپا ： PacBio Sequel IIكۈتۈپخانا: SMRT قوڭغۇراق ئامبىرى -
Eukaryotic mRNA تەرتىپى-ئىللۇمىنا
mRNA تەرتىپى بارلىق شارائىتتا ھۈجەيرىلەردىن كۆچۈرۈلگەن بارلىق mRNA لارنى ئارخىپلاشتۇرالايدۇ.ئۇ گېن ئىپادىلەش ئارخىپى ، گېن قۇرۇلمىسى ۋە بەزى بىئولوگىيىلىك جەريانلارنىڭ مولېكۇلا مېخانىزىمىنى ئاشكارىلاشتىكى كۈچلۈك تېخنىكا.ھازىرغا قەدەر ، mRNA تەرتىپى ئاساسىي تەتقىقات ، كلىنىكىلىق دىئاگنوز قويۇش ، دورا ئېچىش قاتارلىقلاردا كەڭ قوللىنىلدى.
سۇپا: Illumina NovaSeq 6000
-
پايدىلانمىغان ئاساستا mRNA تەرتىپى- Illumina
mRNA تەرتىپى كېيىنكى ئەۋلاد تەرتىپلەش تېخنىكىسىنى (NGS) قوللانغان بولۇپ ، بەزى ئالاھىدە ئىقتىدارلار ئاكتىپلىنىۋاتقان مەلۇم مەزگىلدە ئەلچى RNA (mRNA) نىڭ Eukaryote شەكلىنى تۇتىۋالىدۇ.چاپلانغان ئەڭ ئۇزۇن خاتىرىلەش خاتىرىسى «Unigene» دەپ ئاتالغان ۋە كېيىنكى ئانالىزنىڭ پايدىلىنىش تەرتىپى سۈپىتىدە ئىشلىتىلگەن ، بۇ تۈرنىڭ مولېكۇلا مېخانىزىمى ۋە نازارەت تورىنى پايدىلانماي تەتقىق قىلىشنىڭ ئۈنۈملۈك ۋاستىسى.
ترانسكرىپسىيەلىك سانلىق مەلۇماتلارنى قۇراشتۇرۇش ۋە بىرلىككە كەلگەن ئىقتىدار ئىزاھاتىدىن كېيىن
(1) SNP تەھلىلى ، SSR تەھلىلى ، CDS ئالدىن پەرەز ۋە گېن قۇرۇلمىسى ئالدىن تەييارلىنىدۇ.
(2) ھەر بىر ئەۋرىشكىدە بىردەك ئىپادىلەشنىڭ مىقدارلاشتۇرۇلۇشى ئېلىپ بېرىلىدۇ.
(3) ئەۋرىشكە (ياكى گۇرۇپپا) ئارىسىدىكى پەرقلىق ئىپادىلەنگەن بىرلىككە كەلگەن ئىپادىلەش ئۇسۇلىغا ئاساسەن بايقالغان
(4) ئوخشىمىغان ئىپادىلەنگەن يەرلىك كىشىلەرنى توپلاش ، ئىقتىدار ئىزاھلاش ۋە بېيىتىش ئانالىزى ئېلىپ بېرىلىدۇ
-
ئۇزۇن كودلاشتۇرماسلىق تەرتىپى-ئىللۇمىنا
ئۇزۇن كودلاشتۇرمايدىغان RNAs (lncRNAs) RNA مولېكۇلاسىنىڭ بىر تۈرى بولۇپ ، ئۇزۇنلۇقى 200 nt دىن ئاشىدۇ ، بۇ كودلاش ئىقتىدارى ئىنتايىن تۆۋەن.LncRNA كودلاشتۇرمايدىغان RNA لارنىڭ مۇھىم ئەزاسى بولۇش سۈپىتى بىلەن ئاساسلىقى يادرو ۋە پلازمادا ئۇچرايدۇ.تەرتىپلەش تېخنىكىسى ۋە بىيو ئۇچۇر تېخنىكىسىنىڭ تەرەققىياتى نۇرغۇنلىغان رومان lncRNA لارنى پەرقلەندۈرۈش ۋە بىئولوگىيىلىك ئىقتىدارلار بىلەن باغلىنىشنى تەمىنلەيدۇ.جۇغلانما ئىسپاتلار شۇنى ئىسپاتلايدۇكى ، lncRNA ئېپىگېنېتىك تەڭشەش ، ترانسكرىپسىيەنى تەڭشەش ۋە ترانسكرىپسىيەدىن كېيىنكى تەڭشەشكە كەڭ كۆلەمدە قاتنىشىدۇ.
-
كىچىك RNA تەرتىپى-ئىللۇمىنا
كىچىك RNA كودلاشتۇرمايدىغان RNA مولېكۇلاسىنى كۆرسىتىدۇ ، ئادەتتە ئۇزۇنلۇقى 200nt دىن تۆۋەن مىكرو RNA (miRNA) ، كىچىك ئارىلىشىش RNA (siRNA) ۋە piwi ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغان RNA (piRNA) نى ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ.
MicroRNA (miRNA) ئۆزلۈكىدىن كىچىك RNA نىڭ بىر تۈرى بولۇپ ، ئۇزۇنلۇقى 20-24nt ئەتراپىدا بولۇپ ، ھۈجەيرىلەردە ھەرخىل مۇھىم تەڭشەش رولىنى ئوينايدۇ.miRNA نۇرغۇن ھاياتلىق جەريانىغا قاتناشقان بولۇپ ، توقۇلمىلارنى ئاشكارىلايدۇ - كونكرېت ۋە باسقۇچ - كونكرېت ئىپادىلەش ۋە ئوخشىمىغان تۈرلەردە يۇقىرى دەرىجىدە ساقلانغان.
-
circRNA تەرتىپى-ئىللۇمىنا
پۈتۈن ترانسكرىپسىيە تەرتىپى مەلۇم بىر ۋاقىتتا ئالاھىدە ھۈجەيرىلەر تەرىپىدىن كۆچۈرۈلگەن كودلاش (mRNA) ۋە كودلاشتۇرمايدىغان RNA (lncRNA ، circRNA ۋە miRNA نى ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ) نى ئۆز ئىچىگە ئالغان بارلىق RNA مولېكۇلالىرىنى ئارخىپلاشتۇرۇش ئۈچۈن لايىھەلەنگەن.پۈتۈن ترانسكرىپسىيە تەرتىپى ، «ئومۇمىي RNA تەرتىپى» دەپمۇ ئاتىلىدۇ ، خاتىرىلەش سەۋىيىسىدە ئەتراپلىق نازارەت قىلىپ باشقۇرۇش تورىنى ئاشكارىلاشنى مەقسەت قىلىدۇ.NGS تېخنىكىسىدىن پايدىلىنىپ ، بارلىق ترانسكرىپسىيەلىك مەھسۇلاتلارنىڭ رەت تەرتىپىنى ceRNA ئانالىزى ۋە بىرلەشمە RNA ئانالىزىغا ئىشلىتىشكە بولىدۇ ، بۇ ئىقتىدار ئالاھىدىلىكىنىڭ بىرىنچى قەدىمىنى تەمىنلەيدۇ.CircRNA-miRNA-mRNA نى ئاساس قىلغان ceRNA نىڭ تەڭشەش تورىنى ئاشكارىلاش.
-
پۈتۈن ترانسكرىپسىيە تەرتىپى - ئىللۇمىنا
پۈتۈن ترانسكرىپسىيە تەرتىپى مەلۇم بىر ۋاقىتتا ئالاھىدە ھۈجەيرىلەر تەرىپىدىن كۆچۈرۈلگەن كودلاش (mRNA) ۋە كودلاشتۇرمايدىغان RNA (lncRNA ، circRNA ۋە miRNA نى ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ) نى ئۆز ئىچىگە ئالغان بارلىق RNA مولېكۇلالىرىنى ئارخىپلاشتۇرۇش ئۈچۈن لايىھەلەنگەن.پۈتۈن ترانسكرىپسىيە تەرتىپى ، «ئومۇمىي RNA تەرتىپى» دەپمۇ ئاتىلىدۇ ، خاتىرىلەش سەۋىيىسىدە ئەتراپلىق نازارەت قىلىپ باشقۇرۇش تورىنى ئاشكارىلاشنى مەقسەت قىلىدۇ.NGS تېخنىكىسىدىن پايدىلىنىپ ، بارلىق ترانسكرىپسىيەلىك مەھسۇلاتلارنىڭ رەت تەرتىپىنى ceRNA ئانالىزى ۋە بىرلەشمە RNA ئانالىزىغا ئىشلىتىشكە بولىدۇ ، بۇ ئىقتىدار ئالاھىدىلىكىنىڭ بىرىنچى قەدىمىنى تەمىنلەيدۇ.CircRNA-miRNA-mRNA نى ئاساس قىلغان ceRNA نىڭ تەڭشەش تورىنى ئاشكارىلاش.
-
خرومتىن ئىممۇنىتېتلاش تەرتىپى (ChIP-seq)
ChIP-Seq گىستوننى ئۆزگەرتىش ، ترانسكرىپسىيە ئامىلى ۋە باشقا DNA غا مۇناسىۋەتلىك ئاقسىللارنىڭ DNA نىشانىنىڭ گېن گۇرۇپپىسىنى ئارخىپ بىلەن تەمىنلەيدۇ.ئۇ خرومتىن ئىممۇنىتېتنىڭ يېغىشى (ChIP) نىڭ تاللاشچانلىقىنى بىرلەشتۈرۈپ ، ئالاھىدە ئاقسىل- DNA مۇرەككەپ ماددىلىرىنى ئەسلىگە كەلتۈرىدۇ ، ئەسلىگە كەلتۈرۈلگەن DNA نىڭ يۇقىرى ئۈنۈملۈك رەت تەرتىپى ئۈچۈن كېيىنكى ئەۋلاد تەرتىپ (NGS) نىڭ كۈچى.بۇنىڭدىن باشقا ، ئاقسىل- DNA مۇرەككەپ جانلىقلار ھۈجەيرىسىدىن ئەسلىگە كەلتۈرۈلگەنلىكى ئۈچۈن ، باغلىنىشلىق ئورۇنلارنى ئوخشىمىغان ھۈجەيرە تىپى ۋە توقۇلمىلاردا ياكى ئوخشىمىغان شارائىتتا سېلىشتۇرۇشقا بولىدۇ.قوللىنىشچان پروگراممىلار ترانسكرىپسىيەنى تەڭشەشتىن تەرەققىيات يولىغىچە ، كېسەللىك مىخانىزىمى ۋە ئۇنىڭدىن باشقا.
سۇپا: Illumina NovaSeq 6000
-
Metagenomic Sequencing (NGS)
مېتاگېنوم جانلىقلارنىڭ ئارىلاشما توپىنىڭ ئومۇمىي گېن ماتېرىيالىنىڭ توپلىنىشىنى كۆرسىتىدۇ ، مەسىلەن مۇھىت مېتاگېنومى ، ئىنسانلارنىڭ مېتاگېنومى قاتارلىقلار.مېتاگېنومىيىلىك تەرتىپلىنىش مۇھىت ئەۋرىشكىسىدىن ئېلىنغان ئارىلاشما گېن ماتېرىياللىرىنى ئانالىز قىلىشتا ئىشلىتىلىدىغان مولېكۇلا قورالى بولۇپ ، جانلىقلارنىڭ كۆپ خىللىقى ۋە موللىقى ، نوپۇس قۇرۇلمىسى ، فىلوگېنتىك مۇناسىۋەت ، ئىقتىدار گېنى ۋە مۇھىت ئامىلى بىلەن باغلىنىش تورى قاتارلىق تەپسىلاتلارنى تەمىنلەيدۇ.
سۇپا ：Illumina NovaSeq6000
