BMKCloud Log in
条形банер-03

Продукти

16S/18S/ITS ампліконне секвенування-NGS

Секвенування ампліконів 16S/18S/ITS спрямоване на виявлення філогенії, таксономії та кількості видів у мікробному співтоваристві шляхом дослідження продуктів ПЛР домашніх генетичних маркерів, які містять як висококонверсійні, так і гіперваріабельні частини.Представлення Woeses та ін. (1977) цих ідеальних молекулярних відбитків дає змогу безізоляційного профілювання мікробіома.Секвенування 16S (бактерії), 18S (гриби) і внутрішнього транскрибованого спейсера (ITS, гриби) дозволяє ідентифікувати як численні види, так і рідкісні та неідентифіковані види.Ця технологія стала широко застосовуваним і основним інструментом для ідентифікації диференціального мікробного складу в різних середовищах, таких як людський рот, кишечник, фекалії тощо.

Платформа:Платформа Illumina NovaSeq


Деталі послуги

Демонстраційні результати

Вивчення проблеми

Переваги сервісу

● Швидка ідентифікація мікробного складу без ізоляції в зразках навколишнього середовища

● Висока роздільна здатність компонентів із низьким вмістом у зразках навколишнього середовища

● Найновіший потік аналізу QIIME2 із різними аналізами з точки зору бази даних, анотацій, OTU/ASV.

● Висока пропускна здатність, вища точність

● Застосовується для різноманітних досліджень мікробної спільноти

● BMK володіє великим досвідом із понад 100 000 проб на рік,охоплюючи ґрунт, воду, газ, мул, фекалії, кишечник, шкіру, ферментаційний бульйон, комах, рослини тощо.

● BMKCloud сприяє інтерпретації даних, що містить 45 персоналізованих інструментів аналізу

Специфікації послуги

СеквенуванняПлатформа

Бібліотека

Рекомендований вихід даних

Орієнтовний час виконання

Платформа Illumina NovaSeq

PE250

Теги 50K/100K/300K

30 днів

Біоінформаційні аналізи

● Контроль якості необроблених даних

● Кластеризація OTU/De-Noise (ASV)

● Анотація OTU

● Альфа-різноманіття

● Бета-різноманітність

● Міжгруповий аналіз

● Аналіз асоціацій проти експериментальних факторів

● Передбачення функції гена

16S

Вимоги до зразків і доставка

Вимоги до зразків:

дляекстракти ДНК:

Тип зразка

Сума

Концентрація

Чистота

екстракти ДНК

> 30 нг

> 1 нг/мкл

OD260/280= 1,6-2,5

Для екологічних зразків:

Тип зразка

Рекомендована процедура відбору проб

грунт

Кількість проби: прибл.5 г;Залишки засохлого речовини необхідно видалити з поверхні;Великі шматки подрібнити і пропустити через фільтр 2 мм;Аліквоти зразків у стерильній ЕР-пробірці або циропробірці для резервування.

Фекалії

Кількість проби: прибл.5 г;Зберіть та аліквотуйте зразки в стерильну EP-пробірку або кріопробірку для резервування.

Кишковий вміст

Зразки необхідно обробляти в асептичних умовах.Промийте зібрану тканину PBS;Центрифугуйте PBS і зберіть осад в EP-пробірки.

Шлам

Кількість проби: прибл.5 г;Зберіть і аліквотуйте зразок мулу в стерильну EP-пробірку або кріопробірку для резервування

Водний об'єкт

Для зразка з обмеженою кількістю мікроорганізмів, наприклад водопровідної води, колодязної води тощо, наберіть принаймні 1 л води та пропустіть її через фільтр 0,22 мкм, щоб збагатити мікроорганізми на мембрані.Зберігайте мембрану в стерильній пробірці.

Шкіра

Обережно поскрібайте поверхню шкіри стерильним ватним тампоном або хірургічним лезом і помістіть його в стерильну пробірку.

Рекомендована доставка зразків

Заморожуйте зразки в рідкому азоті протягом 3-4 годин і зберігайте в рідкому азоті або -80 градусів для тривалого зберігання.Потрібна доставка зразків із сухим льодом.

Потік роботи служби

доставка зразка

Доставка зразків

Підготовка бібліотеки

Будівництво бібліотеки

Секвенування

Секвенування

Аналіз даних

Аналіз даних

Післяпродажне обслуговування

Післяпродажне обслуговування


  • Попередній:
  • далі:

  • 1.Поширення виду

    3

    2. Теплова карта: кластеризація багатства видів

    4

    3. Крива рідкої фракції

    5

    4. Аналіз NMDS

    6

    5. Лефсе аналіз

    7

     

     

     

    Корпус БМК

    Люди з ожирінням із діабетом 2 типу та без нього демонструють різну функціональну здатність та склад кишкових мікробів

    Опубліковано:Cell Host & Microbe, 2019

    Стратегія послідовності:

    Худий нецукровий діабет (n=633);Ожиріння без діабету (n=494);Ожиріння – діабет 2 типу (n=153);
    Цільова область: 16S рДНК V1-V2
    Платформа: Illumina Miseq (секвенування ампліконів на основі NGS)
    Підгрупу екстрактів ДНК піддавали метагеномному секвенуванню на Illumina Hiseq

    Ключові результати

    Мікробні профілі цих метаболічних захворювань були успішно диференційовані.
    Шляхом порівняння мікробних особливостей, отриманих за допомогою секвенування 16S, було виявлено, що ожиріння пов’язане зі змінами мікробного складу, індивідуальних особливостей, особливо зі значним зниженням Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes тощо. Крім того, виявлено, що T2D пов’язаний зі збільшенням Escherichia/shigella. .

    довідка

    Thingholm, LB, et al.«Особи з ожирінням із діабетом 2 типу та без нього демонструють різну функціональну здатність і склад кишкових мікробів».Клітинний господар і мікроб26.2 (2019).

     

    отримати цитату

    Напишіть своє повідомлення тут і надішліть його нам

    Надішліть нам своє повідомлення: