Секвенування ампліконів 16S/18S/ITS-NGS
Функції сервісу
● Платформа секвенування: Illumina NovaSeq.
● Ампліфікація коротких ділянок 16S, 18S та ITS, серед інших мішеней ампліфікації.
● Гнучкий вибір амплікону.
● Попередній досвід роботи з проектами з кількома мішенями ампліфікації.
Переваги сервісу
●Без ізоляції:Швидка ідентифікація мікробного складу у зразках навколишнього середовища.
●Висока роздільна здатністьУ малопоширених компонентах у зразках навколишнього середовища.
●Широко застосовуєтьсяДослідження різноманітних мікробних спільнот.
●Комплексний біоінформаційний аналізНайновіший пакет QIIME2 (кількісний аналіз мікробної екології) з різноманітними аналізами з точки зору бази даних, анотацій, OTU/ASV.
●Широкий досвідМаючи 150 тисяч проектів секвенування ампліконів, що проводяться щорічно, BMKGENE має понад десятирічний досвід, висококваліфіковану команду аналітиків, вичерпний контент та відмінну післяпродажну підтримку.
Специфікації послуг
| Бібліотека | Стратегія секвенування | Рекомендовані дані |
| Амплікон | Ілюміна PE250 | 50/100/300 тис. тегів (пари читання) |
Вимоги до обслуговування
| Концентрація (нг/мкл) | Загальна кількість (нг) | Об'єм (мкл) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Ґрунт/шлам: 1-2 г
● Кишковий вміст тваринного походження: 0,5-2 г
● Кишковий вміст комах: 0,1-0,25 г
● Поверхня рослини (збагачений осад): 0,1-0,5 г
● Осад, збагачений ферментаційним бульйоном): 0,1-0,5 г
● Фекалії (великі тварини): 0,5-2 г
● Фекалії (миші): 3-5 гранул
● Рідина для альвеолярного лаважу легень: фільтрувальний папір
● Вагінальний мазок: 5-6 мазків
● Мазок зі шкіри/геніталій/слина/м’які тканини ротової порожнини/мазок з глотки/мазок з прямої кишки: 2-3 тампони
● Поверхневі мікроорганізми: фільтрувальний папір
● Водойма/повітря/біоплівка: фільтрувальний папір
● Ендофіти: 1-2 г
● Зубний наліт: 0,5-1 г
Робочий процес служби
Доставка зразків
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
Включає наступний аналіз:
- Контроль якості необроблених даних
- Кластеризація OTU / Усунення шуму (ASV)
- Анотація OTU
- Аналіз альфа-різноманітності: кілька індексів, включаючи Шеннона, Сімпсона та ACE.
- Аналіз бета-різноманітності
- Міжгруповий аналіз
- Кореляційний аналіз: між факторами навколишнього середовища та складом і різноманітністю виживання
- Прогнозування функціонального гена 16S
Гістограма таксономічного розподілу
Теплова карта кластеризації таксономічної чисельності
Аналіз альфа-різноманітності: крива розрідження
бета-аналіз різноманітності: NMDS
Міжгруповий аналіз: виявлення біомаркерів LEFSE
Ознайомтеся з досягненнями, що стали можливими завдяки сервісам секвенування ампліконів BMKGene разом з Illumina, за допомогою кураторської колекції публікацій.
Dong, C. та ін. (2022) «Збірка, основна мікробіота та функція ризосферної мікробіоти ґрунту та кори у Eucommia ulmoides», Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Лі, Ю. та ін. (2023) «Трансплантація синтетичних бактеріальних консорціумів для лікування бактеріального вагінозу, індукованого Gardnerella vaginalis, у мишей», Microbiome, 11(1), стор. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Ян, Дж., Фу, Ю. та Лю, Х. (2022) «Мікробіоми повітряного пилу, зібрані під час наземного закритого біорегенеративного експерименту з життєзабезпечення «Місячний палац 365»», Environmental Microbiomes, 17(1), стор. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Інь, С. та ін. (2022) «Залежна від сировини кількість функціональних генів, пов’язаних з трансформацією азоту, контролювала втрату азоту під час компостування», Bioresource Technology, 361, с. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
