Порівняльна геноміка
Переваги сервісу
●Великий досвід та публікаційний досвідЗагалом BMKGene завершив понад 90 проектів з порівняльної геноміки, кумулятивний імпакт-фактор яких досяг 900.
●Комплексний біоінформатичний аналіз: пакет аналізів містить вісім найпоширеніших аналізів, що забезпечують добре розроблені, готові до публікації показники та дозволяють легко інтерпретувати результати
●Висококваліфікована команда біоінформатиків та короткий цикл аналізуМаючи великий досвід у порівняльному геномному аналізі, команда BMKGene виконує різноманітні персоналізовані аналітичні потреби у стислі терміни
●Післяпродажна підтримка:Наші зобов'язання поширюються після завершення проекту та включають 3-місячний післяпродажний період обслуговування. Протягом цього часу ми пропонуємо супровід проекту, допомогу в усуненні несправностей та сесії запитань і відповідей для вирішення будь-яких питань, пов'язаних з результатами.
Специфікації послуг
| Орієнтовний час виконання | Кількість видів | Аналізи |
| 30 робочих днів | 6 - 12 | Кластеризація сімейств генів Розширення та скорочення сімейства генів Побудова філогенетичного дерева Оцінка часу дивергенції (потрібне калібрування викопних порід) Час введення LTR (для рослин) Дуплікація всього геному (для рослин) Вибірковий тиск Синтетичний аналіз |
Біоінформатичні аналізи
● Сімейство генів
● Філогенетика
● Час розбіжності
● Вибірковий тиск
● Синтетичний аналіз
Вимоги до зразків та доставка
Вимоги до зразка:
Тканина або ДНК для секвенування та складання геному
Для тканин
| Види | Тканина | Опитування | PacBio CCS |
| Тварина | Вісцеральна тканина | 0,5 ~ 1 г | ≥ 3,5 г |
| М'язова тканина | |||
| ≥ 5,0 г | |||
| ≥ 5,0 мл | |||
| Кров ссавців | |||
| ≥ 0,5 мл | |||
| Кров птиці/риби | |||
| Рослина | Свіжий лист | 1 ~ 2 г | ≥ 5,0 г |
| Пелюстка/Стебло | 1 ~ 2 г | ≥ 10,0 г | |
| Корінь/Насіння | 1 ~ 2 г | ≥ 20,0 г | |
| Клітини | Культивовані клітини | - | ≥ 1 × 108 |
Дані
Файли послідовностей геномів (.fasta) та файли анотацій (.gff3) близькоспоріднених видів
Робочий процес служби
Дизайн експерименту
Доставка зразків
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
*Показані тут результати демонстрацій взяті з геномів, опублікованих за допомогою Biomarker Technologies.
1. Оцінка часу вставки LTR: На рисунку показано унікальний бімодальний розподіл часу вставки LTR-RT у геномі жита сорту Вайнінг порівняно з іншими видами. Найновіший пік з'явився приблизно 0,5 мільйона років тому.
Лі Гуан та ін.,Природна генетика, 2021
2. Філогенний аналіз та аналіз сімейства генів чайота (Sechium edule): Аналізуючи чайота та інші 13 споріднених видів у сімействі генів, було виявлено, що чайот найбільше споріднений зі зміїним гарбузом (Trichosanthes anguina). Чайот походить від зміїного гарбуза приблизно 27-45 мільйонів років тому, а дуплікація всього геному (WGD) спостерігалася у чайота 25±4 мільйони років тому, що є третьою подією WGD у Cucuibitaceae.
Фу А та ін.,Дослідження садівництва, 2021
3. Синтенійний аналіз: Деякі гени, пов'язані з фітогормонами у розвитку плодів, були виявлені у чайота, гарбуза звичайного та кабачка. Кореляція між чайотом та кабачком дещо вища, ніж між чайотом та гарбузом звичайного.
Фу А та ін.,Дослідження садівництва, 2021
4. Аналіз сімейства генів: збагачення KEGG розширенням та скороченням сімейства генів у геномах G.thurberi та G.davidsonii показало, що гени, пов'язані з біосинтезом стероїдів та брасиностероїдів, були розширені.
Ян З. та ін.,Біологія BMC, 2021
5. Аналіз дуплікації всього геному: аналіз розподілу 4DTV та Ks показав події дуплікації всього геному. Піки внутрішньовидової дуплікації показали події дуплікації. Піки міжвидової диференціації показали події видоутворення. Аналіз показав, що порівняно з трьома іншими близькоспорідненими видами, O. europaea нещодавно зазнала масштабної дуплікації генів.
Рао Г. та ін.,Дослідження садівництва, 2021
Справа БМК
Троянда без колючок: геномні дані, пов'язані з адаптацією до вологи
Опубліковано: Національний науковий огляд, 2021
Стратегія секвенування:
БасьєБез шипів' (Р.Вічурайнан) геном:
Приблизно 93 X PacBio + приблизно 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Ключові результати
1. Високоякісний геном R. wichuraiana був сконструйований з використанням методів секвенування з довгим зчитуванням, що дало збірку розміром 530,07 Мб (розмір геному, оцінений за допомогою проточної цитометрії, становив приблизно 525,9 Мб, а за допомогою дослідження геному – 525,5 Мб; гетерозиготність становила близько 1,03%). Оцінка за шкалою BUSCO становила 93,9%. Порівняно з «Old blush» (haploOB), якість та повнота цього геному була підтверджена точністю однобазового секвенування та індексом LTR-збірки (LAI=20,03). Геном R. wichuraiana містить 32 674 гени, що кодують білки.
2. Спільний мульти-омічний аналіз, що включав порівняльну геноміку, транскриптоміку та QTL-аналіз генетичної популяції, виявив ключову видоутворення між R. wichuraiana та Rosa chinensis. Також варіації експресії споріднених генів у QTL, ймовірно, були пов'язані з формуванням патерну колючок стебла.
Порівняльний геномний аналіз між Basye's Thornless та Rosa chinensis, включаючи синтенійний аналіз, кластерний аналіз сімейств генів, аналіз експансії та контракції, виявив велику кількість варіацій, пов'язаних з ключовими ознаками троянд. Унікальна експансія в сімействах генів NAC та FAR1/FRS, ймовірно, пов'язана зі стійкістю до чорної плямистості.
Порівняльний геномний аналіз між геномами BT та haploOB.
Чжун, М. та ін. «Троянда без колючок: геномні дані, пов’язані з адаптацією до вологи»Національний науковий огляд, 2021;, nwab092.
