Вхід до BMKCloud

Продукти

Секвенування ДНК/РНК – нанопорний секвенатор

ONT-секвенування — це технологія секвенування електричних сигналів окремих молекул у реальному часі, заснована на нанопорах. Принцип секвенування на кожній платформі однаковий. Дволанцюгова ДНК/РНК зв'язується з нанопористим білком, вбудованим у біоплівку, та розмотується під дією рухового білка. Під дією різниці напруг з обох боків біоплівки ланцюги ДНК/РНК проходять через канал нанопор з певною швидкістю. Через відмінності в хімічних властивостях різних основ у ланцюзі ДНК/РНК, коли окрема основа або молекула ДНК проходить через канал нанопор, це викликає зміну різних електричних сигналів. Шляхом виявлення та відповідності цих сигналів можна розрахувати відповідні типи основ та завершити виявлення послідовності в реальному часі.

Зв'яжіться з нами

Деталі послуги

Результат демоверсії

Характеристики послуги

Платформа	Розмір бібліотеки	Теоретичний вихід даних (на комірку)	Точність на одній базі	Застосування
Нанопори	8 кб, 10 кб, 20 кб, ультрадовга, кДНК-ПЛР	70-90 Гбіт/стільник	85-92%	Виклик специфічного типу, De novo, повнорозмірне секвенування, ізосеквенування, анотація генів, виявлення метилювання ДНК

Переваги сервісу

● Понад 5 років досвіду роботи на платформі секвенування PacBio з тисячами завершених проектів з різними видами.
● BMKGENE є офіційним партнером Oxford Nanopore з подвійною платформою сертифікації РНК/ДНК.
● Існують основні моделі секвенаторів з повним комплектом обладнання та достатньою пропускною здатністю секвенування.
● На основі платформи Nanopore понад 10 досліджень Denovo щодо тварин і рослин було опубліковано у всесвітньо відомих журналах.

Вимоги до зразків

Тип зразка

Сума

Концентрація (Qubit ®)

Обсяг

Чистота

Інші

Геномна ДНК

Залежить від вимог до даних

≥20 нг/мкл

≥15 мкл

OD260/280=1,7-2,2;

OD260/230 ≥ 1,5;

Чіткий пік при 260 нм, без забруднень

Концентрацію потрібно вимірювати за допомогою кубіта та кубіта/нанопори ≤ 2

Загальна РНК

≥1,2 мкг

≥100 мкг/мкл

≥15 мкл

OD260/280=1,7-2,5;

OD260/230=0,5-2,5; без забруднень

Значення RIN ≥7,5

Робочий процес обслуговування

Підготовка зразків

Будівництво бібліотеки

Секвенування

Аналіз даних

Реалізація проекту

Попередній: Готові бібліотеки Illumina

Далі: Специфічно-локусне ампліфіковане фрагментне секвенування (SLAF-Seq)

Оцінка якості даних зразка ДНК

Таблиця 1. Статистика щодо чистих даних.

БМКІД	rawSeqNum	rawSumBase	cleanSeqNum	чистаСумБаза	чистийN50Len	чистийN90Len	чистийMeanLen	cleanMaxLen	чистеСередняЯкість
ДНК_BMK01	1 218 239	26.37	1 121 736	25,90	28 014	15 764	23 090	143 181	9

Оцінка якості даних зразка РНК

Таблиця 1. Статистика щодо чистих даних.

Ім'я файлу	Ідентифікатор клієнта	Номер зчитування	Базовий номер	Н50	Середня довжина	Максимальна довжина	СереднійQ-оцінка
RNA_BMK001	C2	8 947 708	4 047 230 083	398	452	129 227	Питання 12