Повнорозмірне секвенування мРНК – нанопори
Особливості
● Захоплення полі-А мРНК з подальшим синтезом кДНК та підготовкою бібліотеки
● Секвенування повнорозмірних транскриптів
● Біоінформаційний аналіз на основі вирівнювання з референсним геномом
● Біоінформаційний аналіз включає не лише експресію на рівні генів та ізоформ, але й аналіз довгої некодувальної РНК (dlncRNA), злиття генів, поліаденілювання та структури генів
Переваги сервісу
●Кількісна оцінка експресії на рівні ізоформ: дозволяє проводити детальний та точний аналіз експресії, виявляючи зміни, які можуть бути замасковані під час аналізу всієї експресії гена
●Зменшення вимог до даних:Порівняно з секвенуванням наступного покоління (NGS), нанопорне секвенування демонструє менші вимоги до даних, що дозволяє досягти еквівалентних рівнів насичення кількісного визначення експресії генів з меншими даними.
●Вища точність кількісного визначення експресіїяк на рівні генів, так і на рівні ізоформ
●Ідентифікація додаткової транскриптомної інформаціїальтернативне поліаденілювання, гени злиття та lcnRNA та їх цільові гени
●Широкий досвідНаша команда привносить багатий досвід у кожен проект, завершивши понад 850 проектів повнорозмірних транскриптомів Nanopore та обробивши понад 8000 зразків.
●Післяпродажна підтримка: наші зобов'язання поширюються після завершення проекту та включають 3-місячний післяпродажний період обслуговування. Протягом цього часу ми пропонуємо супровід проекту, допомогу в усуненні несправностей та сесії запитань і відповідей для вирішення будь-яких питань, пов'язаних з результатами.
Вимоги до зразків та доставка
| Бібліотека | Стратегія секвенування | Рекомендовані дані | Контроль якості |
| Збагачений полі А | Нанопорний PromethION 48 | 6/12 Гб | Середній бал якості: Q10 |
Вимоги до зразка:
Нуклеотиди:
| Конц. (нг/мкл) | Кількість (мкг) | Чистота | Цілісність |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Обмежене або відсутнє забруднення білком чи ДНК на гелі. | Для рослин: RIN≥7,0; Для тварин: RIN ≥ 7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; обмежене або відсутнє підняття базової лінії |
● Рослини:
Корінь, стебло або пелюстка: 450 мг
Листя або насіння: 300 мг
Фрукти: 1,2 г
● Тварина:
Серце або кишечник: 300 мг
Внутрішньощі або мозок: 240 мг
М'язи: 450 мг
Кістки, волосся або шкіра: 1 г
● Членистоногі:
Комахи: 6 г
Ракоподібні: 300 мг
● Цільна кров1 тюбик
● Клітини: 106 клітини
Рекомендована доставка зразків
Контейнер: центрифужна пробірка об'ємом 2 мл (використання олов'яної фольги не рекомендується)
Зразок позначення: Група+репліка, наприклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Відвантаження:
1. Сухий лід: Зразки потрібно упакувати в пакети та закопати в сухому льоду.
2. Пробірки для стабілізації РНК: зразки РНК можна висушити в пробірці для стабілізації РНК (наприклад, RNAstable®) та транспортувати за кімнатної температури.
Робочий процес служби
Нуклеотиди:
Доставка зразків
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
Робочий процес служби
Тканина:
Дизайн експерименту
Доставка зразків
Екстракція РНК
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
● Обробка необроблених даних
● Ідентифікація транскрипту
● Альтернативне сплайсинг
● Кількісне визначення експресії на рівні генів та ізоформ
● Диференціальний аналіз експресії
● Анотація та збагачення функцій (DEG та DET)
Альтернативний аналіз сплайсингу
Альтернативний поліаденілюючий аналіз (APA)
Прогнозування днРНК
Анотація нових генів
Кластеризація DET
Білок-білкові мережі в диференціально розподілених елементах (DEG)
Ознайомтеся з досягненнями, що стали можливими завдяки послугам секвенування повнорозмірних мРНК Nanopore від BMKGene, за допомогою кураторської колекції публікацій.
Gong, B. et al. (2023) «Епігенетична та транскрипційна активація секреторної кінази FAM20C як онкогена в гліомі», Journal of Genetics and Genomics, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) «Повнорозмірне транскриптомне секвенування лімфоцитів, що реагують на IFN-γ, виявляє імунну відповідь, скошену Th1, у камбали (Paralichthys olivaceus)», Fish & Shellfish Immunology, 134, с. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. та ін. (2023) «Порівняльний аналіз методів секвенування РНК PacBio та ONT для ідентифікації отрути Nemopilema Nomurai», Genomics, 115(6), с. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Ю, Д. та ін. (2023) «Наносеквенуючий аналіз виявляє різні функціональні тенденції між екзосомами та мікровезикулами, отриманими з hUMSC», Stem Cell Research and Therapy, 14(1), стор. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
