Аналіз асоціацій по всьому геному
Робочий процес
Переваги сервісу
●Великий досвід та публікаційний досвідМаючи накопичений досвід у GWAS, BMKGene завершив сотні видових проектів у популяційних GWAS-дослідженнях, допоміг дослідникам опублікувати понад 100 статей, а кумулятивний імпакт-фактор досяг 500.
● Комплексний біоінформатичний аналізРобочий процес включає аналіз асоціації SNP-ознак, надання набору генів-кандидатів та їх відповідної функціональної анотації.
●Висококваліфікована команда біоінформатиків та короткий цикл аналізуМаючи великий досвід у передовому геномному аналізі, команда BMKGene надає комплексні аналізи у стислі терміни.
●Післяпродажна підтримка:Наші зобов'язання поширюються після завершення проекту та включають 3-місячний післяпродажний період обслуговування. Протягом цього часу ми пропонуємо супровід проекту, допомогу в усуненні несправностей та сесії запитань і відповідей для вирішення будь-яких питань, пов'язаних з результатами.
Специфікації та вимоги до послуг
| Тип секвенування | Рекомендований масштаб популяції | Стратегія секвенування | Вимоги до нуклеотидів |
| Секвенування всього геному | 200 зразків | 10 разів | Концентрація: ≥ 1 нг/мкл Загальна кількість ≥ 30 нг Обмежена або відсутня деградація чи забруднення |
| Специфічний локус ампліфікованого фрагмента (SLAF) | Глибина тегу: 10x Кількість тегів: < 400 Мб: рекомендується WGS < 1 Гб: 100 тис. тегів 1 Гб > 2 Гб: 300 тис. тегів Максимум 500 тис. тегів | Концентрація ≥ 5 нг/мкл Загальна кількість ≥ 80 нг Нанокрапля OD260/280=1,6-2,5 Агарозний гель: відсутність або обмежена деградація чи забруднення
|
Вибір матеріалу
Різні різновиди, підвиди, місцеві сорти/генні банки/змішані родини/дикорослі ресурси
Різні сорти, підвиди, місцеві сорти
Родина напівсібів/родина повносібів/дикі ресурси
Робочий процес служби
Дизайн експерименту
Доставка зразків
Екстракція РНК
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
Включає наступний аналіз:
- Аналіз асоціацій по всьому геному: моделі LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Функціональна анотація генів-кандидатів
Аналіз асоціації SNP-ознак – Манхеттенський графік
Аналіз асоціації SNP-ознаки – QQ-діаграма
Ознайомтеся з досягненнями, що стали можливими завдяки послугам BMKGene de GWAS, за допомогою кураторської колекції публікацій:
Lv, L. та ін. (2023) «Дослідження генетичних основ толерантності до аміаку у бритвеного молюска Sinonovacula constricta шляхом дослідження асоціації всього геному»,Аквакультура, 569, с. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Лі, Х. та ін. (2022) «Мульти-омічний аналіз 398 зразків проса лисячого хвоста виявляє геномні області, пов'язані з доместикацією, метаболітними ознаками та протизапальними ефектами».Молекулярний завод, 15 (8), стор. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Лі, Дж. та ін. (2022) «Картування асоціацій геному фенотипів Hulless Barely в умовах посухи»,Рубежі в рослинництві, 13, с. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. та ін. (2021) «GmST1, який кодує сульфотрансферазу, надає стійкості до штамів вірусу мозаїки сої G2 та G3»,Рослина, клітина та навколишнє середовище, 44(8), стор. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
