Збірка геному на основі Hi-C
Hi-C – це метод, розроблений для визначення конфігурації хромосом шляхом поєднання зондування взаємодій на основі близькості та високопродуктивного секвенування. Вважається, що інтенсивність цих взаємодій негативно корелює з фізичною відстанню на хромосомах. Тому дані Hi-C використовуються для керування кластеризацією, впорядкуванням та орієнтацією зібраних послідовностей у проекті геному та їх закріпленням на певній кількості хромосом. Ця технологія дозволяє здійснювати збірку геному на рівні хромосом за відсутності генетичної карти на основі популяції. Кожен геном потребує Hi-C.
Функції сервісу
● Секвенування на Illumina NovaSeq з PE150.
● Для проведення послуги потрібні зразки тканин, а не екстраговані нуклеїнові кислоти, для зшивання з формальдегідом та збереження взаємодій ДНК-білок.
● Експеримент Hi-C включає рестрикцію та репарацію липких кінців біотином, а потім циклізацію отриманих тупих кінців зі збереженням взаємодій. Потім ДНК розтягується за допомогою стрептавідинових кульок та очищається для подальшого приготування бібліотеки.
Переваги сервісу
Огляд Hi-C
(Ліберман-Ейден Е та ін.,Наука, 2009)
●Усунення потреби в генетичних даних про популяцію:Hi-C замінює важливу інформацію, необхідну для контиг-анкерування.
●Висока щільність маркерів:що призводить до високого коефіцієнта закріплення контигів понад 90%.
●Широкий досвід та публікаційний досвід:BMKGene має великий досвід роботи з більш ніж 2000 випадками складання геному Hi-C з 1000 різних видів та різноманітними патентами. Понад 200 опублікованих випадків мають сукупний імпакт-фактор понад 2000.
●Висококваліфікована команда біоінформатиків:Завдяки власним патентам та авторським правам на програмне забезпечення для Hi-C експериментів та аналізу даних, розроблене власними силами програмне забезпечення для візуалізації даних дозволяє ручне переміщення блоків, реверсування, скасування та повторення.
●Післяпродажна підтримка:Наші зобов'язання поширюються після завершення проекту та включають 3-місячний післяпродажний період обслуговування. Протягом цього часу ми пропонуємо супровід проекту, допомогу в усуненні несправностей та сесії запитань і відповідей для вирішення будь-яких питань, пов'язаних з результатами.
●Вичерпна анотація: ми використовуємо кілька баз даних для функціональної анотації генів з виявленими варіаціями та виконуємо відповідний аналіз збагачення, надаючи інформацію про численні дослідницькі проекти.
Специфікації послуг
| Підготовка бібліотеки | Стратегія секвенування | Рекомендований вихідний результат | Контроль якості |
| Бібліотека Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Вимоги до зразків
| Тканина | Необхідна сума |
| Тваринні нутрощі | ≥ 2 г |
| М'язи тварин | |
| Кров ссавців | ≥ 2 мл |
| Кров птиці/риби | |
| Рослина - свіжий лист | ≥ 3 г |
| Культивовані клітини | ≥ 1x107 |
| Комаха | ≥ 2 г |
Робочий процес служби
Дизайн експерименту
Доставка зразків
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
1) Контроль якості необроблених даних
2) Контроль якості бібліотеки Hi-C: оцінка дійсних взаємодій Hi-C
3) Hi-C-складання: кластеризація контигів у групи, подальше впорядкування контигів у кожній групі та призначення орієнтації контигів
4) Оцінка Hi-C
Контроль якості бібліотеки Hi-C – оцінка дійсних пар взаємодій Hi-C
Hi-C Assembly – статистика
Оцінка після складання – теплова карта інтенсивності сигналу між бінами
Ознайомтеся з досягненнями, що стали можливими завдяки послугам збірки Hi-C від BMKGene, за допомогою спеціально підібраної колекції публікацій.
Тянь, Т. та ін. (2023) «Збірка геному та генетичний розтин відомої посухостійкої зародкової плазми кукурудзи», Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), с. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Ван, З.Л. та ін. (2020) «Збірка геному азійської медоносної бджоли Apis cerana на рівні хромосом», Frontiers in Genetics, 11, с. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. та ін. (2023) «Виявлення еволюції біосинтезу алкалоїду тропану шляхом аналізу двох геномів родини пасльонових», Nature Communications 2023 14:1, 14(1), с. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. та ін. (2020) «Геноми баньяна та оси-запилювача надають уявлення про коеволюцію інжиру та оси», Cell, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
