Секвенування метатранскриптому
Особливості сервісу
● Деплеція рРНК з подальшим направленим приготуванням бібліотеки мРНК.
● Секвенування на Illumina NovaSeq.
Переваги сервісу
●Вивчіть зміни складних мікробних спільнот:Це відбувається на рівні транскрипції та дослідження потенційних нових генів.
●Пояснення взаємодії мікробного співтовариства з господарем або середовищем.
●Комплексний біоінформаційний аналіз: Це дає уявлення про таксономічні та функціональні склади спільноти, а також аналіз диференційної експресії генів.
●Розширена анотація генів:Використання сучасних баз даних функцій генів для інформативної інформації про експресію генів мікробних спільнот.
●Підтримка після продажу:Наше зобов’язання поширюється на період після завершення проекту з 3-місячним періодом післяпродажного обслуговування. Протягом цього часу ми пропонуємо подальше спостереження за проектом, допомогу з усунення несправностей і сеанси запитань і відповідей, щоб відповісти на будь-які запитання, пов’язані з результатами.
Специфікації послуги
| Платформа секвенування | Стратегія секвенування | Рекомендовані дані | Контроль якості даних |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 12 Гб | Q30≥85% |
Зразок вимог
| Концентрація (нг/мкл) | Загальна кількість (мкг) | Об'єм (мкл) | OD260/280 | OD260/230 | RIN |
| ≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1,8-2,0 | 1,0-2,5 | ≥6,5 |
Потік роботи служби
Доставка зразків
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
Включає наступний аналіз:
● Контроль якості даних секвенування
● Складання стенограми
● Таксономічна анотація та чисельність
● Функціональна анотація та кількість
● Кількісна оцінка експресії та диференціальний аналіз
Таксономічний розподіл кожного зразка:
Бета-аналіз різноманітності: UPGMA
Функціональна анотація – достаток ГО
Диференціальна таксономія достатку – LEFSE
Ознайомтеся з досягненнями, які сприяють послуги секвенування метатранскриптомії BMKGene, за допомогою підібраної колекції публікацій.
Lu, Z. та ін. (2023) «Сприйнятливість до кислоти лактат-утилізуючих бактерій порядку Bacteroidales сприяє профілактиці ацидозу рубця у кіз, адаптованих до висококонцентрованої дієти»,Харчування тварин, 14, С. 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
Сонг, З. та ін. (2017) «Розгадування основної функціональної мікробіоти в традиційній твердофазній ферментації за допомогою високопродуктивних ампліконів і метатранскриптомічного секвенування»,Кордони мікробіології, 8(ЛИПНЯ). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.
Wang, W. та ін. (2022) «Нові міковіруси, виявлені в результаті метатранскриптомічного дослідження фітопатогенного гриба альтернаріозу»,Віруси, 14(11), стор. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.
Wei, J. та ін. (2022) «Паралельний метатранскриптомний аналіз показує деградацію вторинних метаболітів рослин жуками та їх кишковими симбіонтами»,Молекулярний Екологія, 31(15), стор. 3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.
