-
Метагеномне секвенування (NGS)
Метагеном відноситься до сукупності сукупного генетичного матеріалу змішаного співтовариства організмів, наприклад метагеном навколишнього середовища, метагеном людини тощо. Він містить геноми мікроорганізмів, які можна культивувати і не вирощувати.Метагеномне секвенування — це молекулярний інструмент, який використовується для аналізу змішаних геномних матеріалів, вилучених із зразків навколишнього середовища, що надає детальну інформацію про різноманіття та чисельність видів, структуру популяції, філогенетичні відносини, функціональні гени та мережу кореляції з факторами навколишнього середовища.
Платформа:Illumina NovaSeq6000
-
Метагеномне секвенування-Нанопора
Метагеноміка — це молекулярний інструмент, який використовується для аналізу змішаних геномних матеріалів, вилучених із зразків навколишнього середовища, який надає детальну інформацію про різноманіття та чисельність видів, структуру популяції, філогенетичні зв’язки, функціональні гени та кореляційну мережу з факторами навколишнього середовища тощо. Нещодавно була представлена платформа для секвенування нанопор. до метагеномних досліджень.Його чудова продуктивність щодо довжини зчитування значною мірою покращила метагеномний аналіз нижнього потоку, особливо збірку метагеномів.Використовуючи переваги довжини зчитування, метагеномні дослідження на основі Nanopore можуть досягти більш безперервної збірки в порівнянні з метагеномікою дробової зброї.Було опубліковано, що метагеноміка на основі Nanopore успішно створила повні та закриті бактеріальні геноми з мікробіомів (Moss, EL, et. al.,Природа біотехнологія, 2020)
Платформа:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Субодиниця на 16S і 18S рРНК, що містить як висококонсервативні, так і гіперваріабельні області, є ідеальним молекулярним відбитком пальця для ідентифікації прокаріотичних і еукаріотичних організмів.Користуючись перевагами секвенування, ці амплікони можна націлювати на збережені частини, а гіперваріабельні області можна повністю охарактеризувати для ідентифікації мікробів, що сприяє дослідженням, що охоплюють аналіз мікробного різноманіття, таксономію, філогенію тощо. Одномолекулярна в реальному часі (SMRT) ) секвенування платформи PacBio дозволяє отримати високоточні довгі зчитування, які можуть охоплювати повнорозмірні амплікони (прибл. 1,5 Кб).Розширений погляд на генетичне поле значно покращив роздільну здатність в анотації видів у співтоваристві бактерій або грибів.
Платформа:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Секвенування ампліконів 16S/18S/ITS спрямоване на виявлення філогенезу, таксономії та чисельності видів у мікробному співтоваристві шляхом дослідження ПЛР-продуктів генетичних маркерів домашнього господарства, які містять як висококонверсовані, так і гіперваріабельні частини.Введення цих ідеальних молекулярних відбитків пальців Woeses et al, (1977) надає можливість безізоляції профілю мікробіому.Секвенування 16S (бактерії), 18S (гриби) та внутрішнього транскрибованого спейсера (ITS, гриби) дозволяє ідентифікувати як поширені види, так і рідкісні та неідентифіковані види.Ця технологія стала широко застосовуваним і основним інструментом для визначення диференційного мікробного складу в різних середовищах, таких як рот людини, кишечник, кал тощо.
Платформа:Illumina NovaSeq6000
-
Повторне секвенування всього геному бактерій і грибків
Повторне секвенування всього геному бактерій і грибів є важливим інструментом для доопрацювання геномів відомих бактерій і грибів, а також для порівняння кількох геномів або для картування геномів нових організмів.Дуже важливо секвенувати цілі геноми бактерій і грибів, щоб створити точні еталонні геноми, провести мікробну ідентифікацію та інші порівняльні дослідження геному.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Грибковий геном
Biomarker Technologies забезпечують дослідження геному, тонкий геном і повний геном гриба залежно від конкретної мети дослідження.Секвенування, складання та функціональна анотація геному можна досягти шляхом поєднання секвенування наступного покоління + секвенування третього покоління для досягнення високорівневої збірки геному.Технологія Hi-C також може бути використана для полегшення збирання генома на рівні хромосоми.
Платформа:PacBio Sequel II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Повний геном бактерій
Biomarker Technologies надає послугу секвенування для побудови повного геному бактерій з нульовим розривом.Основний робочий процес побудови повного геному бактерій включає секвенування третього покоління, складання, функціональні анотації та передовий біоінформаційний аналіз, що відповідає конкретним цілям дослідження.Більш повне профілювання геному бактерій дає змогу виявити фундаментальні механізми, що лежать в основі їх біологічних процесів, що також може стати цінним посиланням для геномних досліджень у вищих еукаріотичних видів.
Платформа:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio Sequel II
