Метагеномне секвенування-нанопора
Переваги сервісу
● Високоякісне складання - підвищення точності ідентифікації видів і прогнозування функціональних генів
● Закрите виділення геному бактерій
● Більш потужне та надійне застосування в різноманітних областях, наприклад виявлення патогенних мікроорганізмів або генів, пов’язаних із стійкістю до антибіотиків
● Порівняльний метагеномний аналіз
Специфікації послуги
| Платформа | Секвенування | Рекомендовані дані | Час обороту |
| Нанопора | ОНТ | 6 Г/10 Г | 65 робочих днів |
Біоінформаційні аналізи
● Контроль якості необроблених даних
● Збірка метагеному
● Ненадлишковий набір генів і анотація
● Аналіз видового різноманіття
● Аналіз різноманітності генетичних функцій
● Міжгруповий аналіз
● Аналіз асоціацій проти експериментальних факторів
Вимоги до зразків і доставка
Вимоги до зразка та доставка
Вимоги до зразків:
дляекстракти ДНК:
| Тип зразка | Сума | Концентрація | Чистота |
| екстракти ДНК | 1-1,5 мкг | > 20 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Для екологічних зразків:
| Тип зразка | Рекомендована процедура відбору проб |
| грунт | Кількість проби: прибл.5 г;Залишки засохлого речовини необхідно видалити з поверхні;Великі шматки подрібнити і пропустити через фільтр 2 мм;Аліквоти зразків у стерильній ЕР-пробірці або циропробірці для резервування. |
| Фекалії | Кількість проби: прибл.5 г;Зберіть та аліквотуйте зразки в стерильну EP-пробірку або кріопробірку для резервування. |
| Кишковий вміст | Зразки необхідно обробляти в асептичних умовах.Промийте зібрану тканину PBS;Центрифугуйте PBS і зберіть осад в EP-пробірки. |
| Шлам | Кількість проби: прибл.5 г;Зберіть і аліквотуйте зразок осаду в стерильну ЕР-пробірку або кріопробірку для резервування |
| Водний об'єкт | Для зразка з обмеженою кількістю мікроорганізмів, наприклад водопровідної води, колодязної води тощо, наберіть принаймні 1 л води та пропустіть її через фільтр 0,22 мкм, щоб збагатити мікроорганізми на мембрані.Зберігайте мембрану в стерильній пробірці. |
| Шкіра | Обережно поскрібайте поверхню шкіри стерильним ватним тампоном або хірургічним лезом і помістіть його в стерильну пробірку. |
Рекомендована доставка зразків
Заморожуйте зразки в рідкому азоті протягом 3-4 годин і зберігайте в рідкому азоті або -80 градусів для тривалого зберігання.Потрібна доставка зразків із сухим льодом.
Потік роботи служби
Доставка зразків
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
1. Теплова карта: кластеризація багатства видів
2. Функціональні гени, анотовані до метаболічних шляхів KEGG
3.Видова кореляційна мережа
4.Circos генів стійкості до антибіотиків CARD
Корпус БМК
Метагеноміка нанопор дозволяє швидко діагностувати бактеріальну інфекцію нижніх дихальних шляхів
Опубліковано:Nature Biotechnology, 2019
Технічні особливості
Секвенування: Nanopore MinION
Клінічна метагеноміка, біоінформатика: виснаження ДНК хазяїна, аналіз WIMP та ARMA
Швидке виявлення: 6 годин
Висока чутливість: 96,6%
Ключові результати
У 2006 році інфекція нижніх дихальних шляхів (LR) стала причиною смерті 3 мільйонів людей у всьому світі.Типовим методом виявлення збудника LR1 є культивування, яке має низьку чутливість, тривалий час обороту та відсутність вказівок щодо ранньої антибіотикотерапії.Швидка та точна мікробна діагностика вже давно є гострою потребою.Доктор Джастін з Університету Східної Англії та його партнери успішно розробили метагеномний метод на основі нанопор для виявлення патогенів.Згідно з їхнім робочим процесом, 99,99% ДНК господаря може бути виснажено.Виявлення патогенів і генів стійкості до антибіотиків може бути завершено через 6 годин.
довідка
Харалампус, Т., Кей, Г. Л., Річардсон, Х., Айдін, А., та О'Грейді, Дж.(2019).Метагеноміка нанопор дозволяє швидко діагностувати бактеріальну інфекцію нижніх дихальних шляхів.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
