Нанопорний повнорозмірний транскриптом

Секвенування транскриптомів Nanopore – це потужний метод секвенування повнорозмірних кДНК, що дозволяє точно ідентифікувати та кількісно визначити ізоформи транскриптів. Конвеєр транскриптомів BMKCloud Nanopore Full-Length Transscriptome Pipeline призначений для аналізу даних RNA-Seq, згенерованих на платформі Nanopore, порівняно з високоякісним добре анотованим референсним геномом, забезпечуючи якісний та кількісний аналіз як на рівні генів, так і на рівні транскриптів. Після контролю якості отримують повнорозмірні нехимерні (FLNC) послідовності, а консенсусні послідовності картуються на референсний геном для видалення надлишкових транскриптів. З цього набору транскриптів експресія кількісно визначається, а диференційно експресовані гени та транскрипти ідентифікуються та функціонально анотуються. Конвеєр також включає аналіз альтернативного поліаденілювання (APA), аналіз альтернативного сплайсингу, аналіз простих послідовних повторів (SSR), прогнозування довгої некротичної РНК (нкРНК) та відповідних мішеней, прогнозування кодуючих послідовностей (CDS), аналіз сімейств генів, аналіз транскрипційних факторів, прогнозування нових генів та функціональну анотацію транскриптів.