ЕВОЛЮЦІЯ ГЕНОМА
Геном De novo
Збірка|Визначення статі Усю роботу з секвенування та часткові біоінформаційні послуги надала компанія Biomarker Techonologies.
Анотація
«Знаковий фенотип морських драконів включає листоподібні придатки, беззубий трубчастий рот і вагітність самця, що включає інкубацію запліднених яєць на відкритому «виводковому ділянці».Ми заново секвенували геноми самців і самок звичайного морського дракона (Phyllopteryx taeniolatus) і його близькоспорідненого виду, алігатора (Syngnathoides biaculeatus).Профілі транскрипції з еволюційної новинки, листоподібних відростків, показують, що набір генів, які зазвичай беруть участь у розвитку плавників, були кооптовані, а також збагачення транскриптів для потенційного відновлення тканин та генів імунного захисту.Було виявлено, що у рибок даніо-мутантів scpp5, який втрачений у всіх сингнатид, відсутні або вони мають деформовані глоткові зуби, що підтверджує гіпотезу про те, що втрата scpp5 сприяла втраті зубів у сингнатид.Було ідентифіковано передбачуваний локус визначення статі, що кодує специфічний для самців ген amhr2y, спільний для звичайного морського дракона та алігатора. »
Матеріали та методи:
Матеріали
Fнаш звичайний морський дракон (P. taeniolatus) і дві риби-алігатори (S. biaculeatus) зразки.Дві особини звичайного морського дракона (один самець і одна самка) і дві особини алігатора (один самець і одна самка) були використані для секвенування всього генома, а ще два самці звичайного морського дракона були використані для повторного секвенування геному.
Стратегія секвенування геному
2Бібліотека 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20 Kb (Sequel) або Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000). секвенування, а також два інших особини чоловічої статі морського дракона були використані для повторного секвенування геному.
Секвенування транскриптомів
Fабо морський дракон звичайний, мозок, око, зябра, печінка, серце, нирки, брижа, кишечник, м’язи, плавник, шкіра, листоподібні придатки, сім’яники та яєчники були зібрані.
Стратегія складання геному de novo
Canu (Корекція) + WTDBG2 (Збірка) + Pilon (Польська) + Lachesis (Hi-C).
Основні результати
Рис. 1. Основні ознаки морського дракона звичайного (P. taeniolatus) і алігатора (S. biaculeatus) та їх філогенетичне положення.
Рис. 2. Морфологія та генетичний склад листоподібних відростків у звичайного морського дракона (P. taeniolatus).
Рис. 3. Передбачуваний ген детермінації статі у звичайного морського дракона (P. taeniolatus) і алігатора (S. biaculeatus).
Рис. 4. Фенотипи глоткових зубів у гомозиготних мутантів scpp5 рибки даніо.
Час публікації: 08 січня 2022 р