Розчин PacBio 2+3 повнорозмірної мРНК
Особливості
● Дизайн дослідження:
Об'єднаний зразок секвенували за допомогою PacBio для ідентифікації ізоформ транскрипту
Окремі зразки (повторні зразки та умови для тестування), секвеновані за допомогоюNGS для кількісної оцінки експресії транскриптів
● Секвенування PacBio в режимі CCS, генерування HiFi-зчитувань
● Секвенування повнорозмірних транскриптів
● Аналіз не вимагає використання референтного геному; проте його можна використовувати
● Біоінформаційний аналіз включає не лише експресію на рівні генів та ізоформ, але й аналіз довгої некодувальної РНК (dlncRNA), злиття генів, поліаденілювання та структури генів
Переваги
● Висока точністьHiFi зчитує з точністю >99,9% (Q30), що можна порівняти з NGS
● Аналіз альтернативного сплайсингуСеквенування всіх транскриптів дозволяє ідентифікувати та охарактеризувати ізоформи.
● Поєднання сильних сторін PacBio та NGSЦе дозволяє кількісно визначити експресію на рівні ізоформ, виявляючи зміни, які можуть бути замасковані під час аналізу експресії всього гена.
● Широкий досвідМи обробили понад 2300 зразків, наша команда привносить багатий досвід у кожен проект.
● Післяпродажна підтримка: наші зобов'язання поширюються після завершення проекту та включають 3-місячний післяпродажний період обслуговування. Протягом цього часу ми пропонуємо супровід проекту, допомогу в усуненні несправностей та сесії запитань і відповідей для вирішення будь-яких питань, пов'язаних з результатами.
Вимоги до зразків та доставка
| Бібліотека | Стратегія секвенування | Рекомендовані дані | Контроль якості |
| Бібліотека CCS мРНК, збагачена поліА | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Гб 5/10 млн CCS | Q30≥85% |
| Збагачений полі А | Ілюміна PE150 | 6-10 Гб | Q30≥85% |
Нуклеотиди
|
| Конц. (нг/мкл) | Кількість (мкг) | Чистота | Цілісність |
| Бібліотека Іллюміна | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Обмежене або відсутнє забруднення білком чи ДНК на гелі. | Для рослин: RIN≥4,0; Для тварин: RIN ≥ 4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; обмежене або відсутнє підняття базової лінії |
| Бібліотека PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Обмежене або відсутнє забруднення білком чи ДНК на гелі. | Рослини: RIN≥7,5 Тварини: RIN ≥ 8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; обмежене або відсутнє підняття базової лінії |
Рекомендована доставка зразків
Контейнер: центрифужна пробірка об'ємом 2 мл (використання олов'яної фольги не рекомендується)
Зразок позначення: Група+репліка, наприклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Відвантаження:
1. Сухий лід:Зразки потрібно упакувати в пакети та закопати в сухий лід.
2. Пробірки для стабілізації РНК: зразки РНК можна висушити в пробірці для стабілізації РНК (наприклад, RNAstable®) та транспортувати за кімнатної температури.
Включає наступний аналіз:
- Необроблені дані
- Контроль якості
- Альтернативний поліаденілюючий аналіз (APA)
- Аналіз ф'южн-транскриптів
- Аналіз альтернативного сплайсингу
- Порівняльний аналіз універсальних однокопійних ортологів (BUSCO)
- Аналіз нових транскриптів: прогнозування кодуючих послідовностей (CDS) та функціональна анотація
- Аналіз довгої некротичної РНК: прогнозування довгої некротичної РНК та мішеней
- Ідентифікація мікросупутників (SSR)
- Аналіз диференційно експресованих транскриптів (DET)
- Аналіз диференційно експресованих генів (DEG)
- Функціональна анотація DEG та DET
Аналіз BUSCO
Аналіз альтернативного сплайсингу
Альтернативний поліаденілюючий аналіз (APA)
Диференційно експресовані гени (DEG) та транскрипти (аналіз DETs9)
Білково-білкові мережі взаємодії DET та DEG
Ознайомтеся з досягненнями, досягнутими завдяки повнорозмірному секвенуванню мРНК PacBio 2+3 від BMKGene, за допомогою кураторської колекції публікацій.
Чао, К. та ін. (2019) «Динаміка розвитку транскриптома стебла Populus»,Журнал рослинної біотехнології, 17(1), с. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) «Динамічні зміни вмісту аскорбінової кислоти під час розвитку та дозрівання плодів Actinidia latifolia (плодової культури, багатої на аскорбат) та пов'язані з цим молекулярні механізми».Міжнародний журнал молекулярних наук, 23(10), с. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. та ін. (2022) «Ефективне прогнозування генів біосинтетичних шляхів, задіяних у біоактивних поліфілінах у паризькій поліфіллі».Біологія комунікацій2022 5:1, 5(1), с. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) «Комбінований аналіз PacBio Iso-Seq та Illumina RNA-Seq транскриптома та генів цитохрому P450 Tuta absoluta (Meyrick)».Комахи, 14(4), с. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Ван, Ліцзюнь та ін. (2019) «Огляд складності транскриптома з використанням аналізу окремих молекул у реальному часі PacBio у поєднанні з секвенуванням РНК Illumina для кращого розуміння біосинтезу рицинолевої кислоти в Ricinus communis».Геноміка BMC, 20(1), с. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/РИСУНКИ/7.
