Секвенування повного геному рослин/тварин
1. Переваги послуги
Великий досвід у секвенуванні геному понад 1000 видів.
Понад 800 опублікованих випадків із сукупним імпакт-фактором понад 4000.
Комплексний аналіз біоінформатики щодо виклику варіацій та аналізу функцій.
2. Специфікації послуги
| Платформа | Бібліотека | Рекомендована глибина послідовності | |
| Ілюміна | PE 150 | Для SNP виклик InDel ≥ 10x Для SV, CNY виклики ≥ 30x
| |
| Нанопора
| 8 кб | Для SV, CNY виклики ≥ 20x | |
| Пакбіо | CCS | 15 кб | Для дзвінків SNP, InDel, SV, CNY ≥ 10x |
3. Зразок вимог
| Платформа | Конц.(нг/μL)
| Сума (нг)
| Чистота
| Агарозний гель
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Прозора основна смуга без або з обмеженнямидеградація, що спостерігається на гелі. 2. Відсутність або обмежене забруднення РНК або білком
| ||||
| Ілюміна | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Нанопора
| ≥30 | Залежить від обсягу даних 10 мкг/клітку | 1,7-2,2 | ≥1,5 | ||
| Пакбіо | CCS | ≥50 | 1,7-2,2 | 1,8-2,5 | ||
4. Біоінформаційний аналіз
5. Потік роботи служби
Доставка зразків
екстракція ДНК
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Доставка даних
1) Статистика картування геному
Таблиця 1 Статистика результату картографування
Малюнок 1. Розподіл розміру вставки та охоплення читання.
2) Виявлення змін
Рисунок 2 Статистика та анотація SNP/INDEL/SV серед зразків
Рисунок 3. Розподіл варіацій по геному
3) Функціональна анотація варіацій
| 2019 рік | Комунікації з природою | Ресеквенування повного генома виявляє походження Brassica napus і генетичні локуси, що беруть участь у його вдосконаленні |
| 2020 рік | PNAS | Еволюційне походження та історія одомашнення золотої рибки (Carassius auratus) |
| 2021 рік | Журнал біотехнології рослин | Еталонні геноми двох культивованих видів джуту |
| 2021 рік | Журнал біотехнології рослин | Геномні ознаки алополіплоїду рослинного та олійного насіння Brassicajuncea та генетичні локуси, що контролюють накопичення глюкозинолатів |
| 2019 рік | Молекулярна рослина | Ресеквенування повного генома всесвітньої колекції зразків ріпаку розкриває генетичну основу їх екотипової дивергенції |
| 2022 рік | Дослідження садівництва | Загальногеномний асоціативний аналіз дає молекулярне уявлення про природні варіації розміру насіння кавуна |
| 2021 рік | Журнал експериментальної ботаніки | Загальногеномне дослідження асоціацій ідентифікує варіанти GhSAD1, що забезпечують холодостійкість бавовни |
| 2021 рік | Журнал експериментальної ботаніки | Загальногеномне дослідження асоціацій і порівняння транскриптомів виявили нові гени QTL і кандидати, які контролюють розмір пелюсток у ріпаку |
