-
PacBio-Повнорозмірне секвенування ампліконів 16S/18S/ITS
Платформа Amplicon (16S/18S/ITS) розроблена з урахуванням багаторічного досвіду в аналізі проектів мікробного різноманіття та містить стандартизований базовий аналіз та персоналізований аналіз: базовий аналіз охоплює основний зміст аналізу сучасних мікробних досліджень, зміст аналізу є насиченим та вичерпним, а результати аналізу представлені у вигляді звітів про проекти; зміст персоналізованого аналізу є різноманітним. Зразки можна вибирати, а параметри гнучко встановлювати відповідно до звіту про базовий аналіз та мети дослідження, щоб реалізувати персоналізовані вимоги. Операційна система Windows, проста та швидка.
-
PacBio-повнорозмірний транскриптом (недовідковий)
Використовуючи дані ізоформного секвенування Pacific Biosciences (PacBio) як вхідні дані, цей додаток здатний ідентифікувати повнорозмірні послідовності транскриптів (без складання). Шляхом зіставлення повнорозмірних послідовностей з референсним геномом, транскрипти можна оптимізувати за допомогою відомих генів, транскриптів, кодуючих областей тощо. У цьому випадку можна досягти точнішої ідентифікації структур мРНК, таких як альтернативний сплайсинг тощо. Спільний аналіз з даними секвенування транскриптома NGS дозволяє отримати більш повну анотацію та точнішу кількісну оцінку експресії на рівні транскрипту, що значною мірою сприяє подальшому диференціальному експресійному та функціональному аналізу.
-
Набори інструментів
BMKCloud — це провідна біоінформаційна платформа, що надає комплексне рішення для геномних програм, якій довіряють дослідники в різних сферах, включаючи медицину, сільське господарство, навколишнє середовище тощо. BMKCloud прагне надавати інтегровані, надійні та ефективні послуги, включаючи платформи та інструменти біоінформаційного аналізу, обчислювальні ресурси, публічні бази даних, біоінформатичні онлайн-курси тощо. BMKCloud має різні часто використовувані біоінформаційні інструменти, включаючи анотацію генів, еволюційні генетичні інструменти, некротичну РНК, контроль якості даних, складання, вирівнювання, вилучення даних, мутації, статистику, генератор фігур, аналіз послідовностей тощо.
-
Мала РНК
Малі РНК – це тип коротких некодуючих РНК із середньою довжиною 18-30 нт, включаючи мікроРНК, сіРНК та піРНК. Існує безліч зареєстрованих випадків участі цих малих РНК у різних біологічних процесах, таких як деградація мРНК, інгібування трансляції, утворення гетерохроматину тощо. Аналіз секвенування малих РНК широко застосовується в дослідженнях розвитку тварин/рослин, хвороб, вірусів тощо. Платформа аналізу секвенування малих РНК складається зі стандартного аналізу та розширеного аналізу даних. На основі даних РНК-секвенування стандартний аналіз може забезпечити ідентифікацію та прогнозування мікроРНК, прогнозування генів-мішеней мікроРНК, анотацію та аналіз експресії. Розширений аналіз дозволяє здійснювати індивідуальний пошук та екстракцію мікроРНК, генерувати діаграми Венна, будувати мережі мікроРНК та генів-мішеней.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS — це платформа для аналізу повторного секвенування всього геному, розроблена на основі багатого досвіду в технологіях біомаркерів. Ця проста у використанні платформа дозволяє швидко надіслати інтегрований робочий процес аналізу, просто встановивши кілька основних параметрів, які підходять для даних секвенування ДНК, отриманих як з платформи Illumina, так і з платформи секвенування BGI. Ця платформа розгорнута на високопродуктивному обчислювальному сервері, що дозволяє проводити високоефективний аналіз даних за дуже обмежений час. Персоналізований аналіз даних доступний на основі стандартного аналізу, включаючи запит мутованих генів, розробку праймерів для ПЛР тощо.
-
мРНК (довідкова)
Транскриптом є сполучною ланкою між геномною генетичною інформацією та протеомом біологічної функції. Регуляція на рівні транскрипції є найважливішим і найбільш широко вивченим способом регуляції організмів. Секвенування транскриптома може секвенувати транскриптом у будь-який момент часу або за будь-яких умов з роздільною здатністю, точною до одного нуклеотиду. Воно може динамічно відображати рівень транскрипції генів, одночасно ідентифікувати та кількісно визначати рідкісні та нормальні транскрипти, а також надавати структурну інформацію про транскрипти, специфічні для зразка.
Наразі технологія секвенування транскриптомів широко використовується в агрономії, медицині та інших галузях досліджень, включаючи регуляцію розвитку тварин і рослин, адаптацію до навколишнього середовища, імунну взаємодію, локалізацію генів, генетичну еволюцію видів та виявлення пухлин і генетичних захворювань.
-
Метагеноміка (NGS)
Ця аналітична платформа розроблена для аналізу метагеномних даних методом дробового аналізу на основі багаторічного досвіду. Вона складається з інтегрованого робочого процесу, що містить різноманітні поширені метагеномні аналізи, включаючи обробку даних, дослідження на рівні видів, дослідження на рівні функцій генів, метагеномний бінінг тощо. Крім того, доступні спеціалізовані інструменти для аналізу даних, включаючи запити генів та видів, налаштування параметрів, генерацію персоналізованих фігур тощо.
-
ДнРНК
Довгі некодувальні РНК (днРНК) – це тип транскриптів довжиною понад 200 нт, які не здатні кодувати білки. Накопичені дані свідчать про те, що більшість днРНК, ймовірно, є функціональними. Високопродуктивні технології секвенування та біоінформаційні інструменти аналізу дозволяють нам ефективніше виявляти послідовності днРНК та інформацію про позиціонування, а також допомагають нам знаходити днРНК з важливими регуляторними функціями. BMKCloud з гордістю надає своїм клієнтам платформу для аналізу секвенування днРНК для досягнення швидкого, надійного та гнучкого аналізу днРНК.
-
ГВАС
Дослідження асоціації всього геному (GWAS) спрямоване на виявлення генетичних варіантів (генотипу), пов'язаних зі специфічними ознаками (фенотипом). Дослідження GWA досліджують генетичні маркери, що перетинають весь геном великої кількості особин, та прогнозують асоціації генотип-фенотип за допомогою статистичного аналізу на рівні популяції. Повторне секвенування всього геному потенційно може виявити всі генетичні варіанти. У поєднанні з фенотипічними даними, GWAS може бути оброблено для ідентифікації фенотипно пов'язаних SNP, QTL та генів-кандидатів, що суттєво підтримує сучасну селекцію тварин/рослин. SLAF - це самостійно розроблена спрощена стратегія секвенування геному, яка виявляє розподілені по всьому геному маркери, SNP. Ці SNP, як молекулярно-генетичні маркери, можуть бути оброблені для досліджень асоціації з цільовими ознаками. Це економічно ефективна стратегія виявлення складних ознак, пов'язаних з генетичними варіаціями.
-
Нанопорна повнорозмірна транскриптоміка
Складні та варіабельні альтернативні ізоформи в організмах є важливими генетичними механізмами регуляції експресії генів та різноманітності білків. Точна ідентифікація структур транскриптів є основою для поглибленого вивчення закономірностей регуляції експресії генів. Платформа секвенування Nanopore успішно вивела транскриптомні дослідження на рівень ізоформ. Ця аналітична платформа призначена для аналізу даних RNA-Seq, отриманих на платформі Nanopore на основі референсного геному, що дозволяє проводити якісний та кількісний аналіз як на рівні генів, так і на рівні транскриптів.
-
цирк-РНК
Кільцева РНК (circRNA) – це тип некодуючої РНК, яка, як нещодавно було виявлено, відіграє життєво важливу роль у регуляторних мережах, що беруть участь у розвитку, стійкості до впливу навколишнього середовища тощо. На відміну від лінійних молекул РНК, таких як мРНК, довга некодуюча РНК, 3′- та 5′-кінці circRNA з'єднані разом, утворюючи кільцеву структуру, що захищає їх від перетравлення екзонуклеазою та є стабільнішими, ніж більшість лінійних РНК. Було виявлено, що circRNA має різноманітні функції в регуляції експресії генів. CircRNA може виконувати роль цеРНК, яка конкурентно зв'язується з мікроРНК, відомої як губка мікроРНК. Платформа аналізу секвенування CircRNA дозволяє проводити аналіз структури та експресії circRNA, прогнозування мішеней та спільний аналіз з іншими типами молекул РНК.
-
БСА
Платформа для групового сегрегантного аналізу складається з одностадійного стандартного аналізу та розширеного аналізу з індивідуальним налаштуванням параметрів. BSA – це метод, що використовується для швидкої ідентифікації генетичних маркерів, пов'язаних з фенотипом. Основний робочий процес BSA включає: 1. вибір двох груп особин з надзвичайно протилежними фенотипами; 2. об'єднання ДНК, РНК або SLAF-секвенування (розроблено Biomarker) усіх особин для формування двох груп ДНК; 3. ідентифікацію диференціальних послідовностей відносно референсного геному або між ними, 4. прогнозування кандидатних пов'язаних регіонів за допомогою алгоритму ED та SNP-індексу; 5. Функціональний аналіз та збагачення генів у кандидатних регіонах тощо. Також доступні більш розширені методи аналізу даних, включаючи скринінг генетичних маркерів та дизайн праймерів.
-
Амплікон (16S/18S/ITS)
Платформа Amplicon (16S/18S/ITS) розроблена з урахуванням багаторічного досвіду в аналізі проектів мікробного різноманіття та містить стандартизований базовий аналіз та персоналізований аналіз: базовий аналіз охоплює основний зміст аналізу сучасних мікробних досліджень, зміст аналізу є насиченим та вичерпним, а результати аналізу представлені у вигляді звітів про проекти; зміст персоналізованого аналізу є різноманітним. Зразки можна вибирати, а параметри гнучко встановлювати відповідно до звіту про базовий аналіз та мети дослідження, щоб реалізувати персоналізовані вимоги. Операційна система Windows, проста та швидка.
