-
Секвенування імунопреципітації хроматину (ChIP-seq)
ChIP-Seq забезпечує загальногеномне профілювання ДНК-мішеней для модифікації гістонів, факторів транскрипції та інших білків, асоційованих з ДНК.Він поєднує в собі селективність імунопреципітації хроматину (ChIP) для відновлення специфічних комплексів білок-ДНК із потужністю секвенування наступного покоління (NGS) для високопродуктивного секвенування відновленої ДНК.Крім того, оскільки комплекси білок-ДНК відновлюються з живих клітин, сайти зв’язування можна порівнювати в різних типах клітин і тканинах або за різних умов.Застосування варіюються від регуляції транскрипції до шляхів розвитку до механізмів захворювання та інше.
Платформа: платформа Illumina NovaSeq
-
Метагеномне секвенування -NGS
Метагеном відноситься до колекції загального генетичного матеріалу змішаної спільноти організмів, наприклад, метагеном середовища, метагеном людини тощо. Він містить геноми як культивованих, так і некультивованих мікроорганізмів.Метагеномне секвенування — це молекулярний інструмент, який використовується для аналізу змішаних геномних матеріалів, вилучених із зразків навколишнього середовища, який надає детальну інформацію про видову різноманітність і чисельність, структуру популяції, філогенетичні зв’язки, функціональні гени та кореляційну мережу з факторами навколишнього середовища.
Платформа:Платформа Illumina NovaSeq
-
Метагеномне секвенування-нанопора
Метагеноміка — це молекулярний інструмент, який використовується для аналізу змішаних геномних матеріалів, витягнутих із зразків навколишнього середовища, який надає детальну інформацію про різноманіття та чисельність видів, структуру популяції, філогенетичні зв’язки, функціональні гени та мережу кореляції з факторами навколишнього середовища тощо. Платформи секвенування нанопор нещодавно представили до метагеномних досліджень.Його видатна продуктивність щодо тривалості зчитування значною мірою покращила подальший метагеномний аналіз, особливо складання метагенома.Використовуючи переваги довжини зчитування, метагеномне дослідження на основі нанопор здатне досягти більш безперервної збірки в порівнянні з метагеномікою дробовика.Було опубліковано, що метагеноміка на основі нанопор успішно створила повні та закриті бактеріальні геноми з мікробіомів (Moss, EL, et. al.,Nature Biotech, 2020)
Платформа:Нанопор PromethION P48
-
Бісульфітне секвенування всього геному
Метилювання ДНК у п’ятій позиції в цитозині (5-mC) має фундаментальний вплив на експресію генів і клітинну активність.Аномальні моделі метилювання пов’язують із кількома станами та захворюваннями, такими як рак.WGBS став золотим стандартом для вивчення загальногеномного метилювання з одноосновною роздільною здатністю.
Платформа: платформа Illumina NovaSeq
-
Аналіз транспозазно-доступного хроматину з високопродуктивним секвенуванням (ATAC-seq)
ATAC-seq — це високопродуктивний метод секвенування для аналізу загальногеномної доступності хроматину, що важливо для глобального епігенетичного контролю експресії генів.Адаптери для секвенування вставляються у відкриті ділянки хроматину за допомогою гіперактивної транспозази Tn5.Після ПЛР-ампліфікації створюється бібліотека секвенування.Усі відкриті ділянки хроматину можна отримати за певних просторово-часових умов, які не обмежуються лише сайтами зв’язування фактора транскрипції або певною модифікованою ділянкою гістону.
-
16S/18S/ITS Амплікон секвенування-PacBio
Субодиниця на 16S і 18S рРНК, що містить як висококонсервативні, так і гіперваріабельні ділянки, є ідеальним молекулярним відбитком для ідентифікації прокаріотичних і еукаріотичних організмів.Використовуючи переваги секвенування, ці амплікони можна націлити на основі збережених частин, а гіперваріабельні області можна повністю охарактеризувати для мікробної ідентифікації, сприяючи дослідженням, що охоплюють аналіз мікробного різноманіття, таксономію, філогенію тощо. Одна молекула в реальному часі (SMRT) ) Секвенування платформи PacBio дозволяє отримати високоточні довгі зчитування, які можуть охоплювати амплікони повної довжини (приблизно 1,5 Кб).Розширений погляд на генетичне поле значно підвищив роздільну здатність анотації видів у спільноті бактерій або грибів.
Платформа:PacBio Продовження II
-
16S/18S/ITS ампліконне секвенування-NGS
Секвенування ампліконів 16S/18S/ITS спрямоване на виявлення філогенії, таксономії та кількості видів у мікробному співтоваристві шляхом дослідження продуктів ПЛР домашніх генетичних маркерів, які містять як висококонверсійні, так і гіперваріабельні частини.Представлення Woeses та ін. (1977) цих ідеальних молекулярних відбитків дає змогу безізоляційного профілювання мікробіома.Секвенування 16S (бактерії), 18S (гриби) і внутрішнього транскрибованого спейсера (ITS, гриби) дозволяє ідентифікувати як численні види, так і рідкісні та неідентифіковані види.Ця технологія стала широко застосовуваним і основним інструментом для ідентифікації диференціального мікробного складу в різних середовищах, таких як людський рот, кишечник, фекалії тощо.
Платформа:Платформа Illumina NovaSeq
-
Повторне секвенування повного генома бактерій і грибків
Повторне секвенування геномів бактерій і грибів є критично важливим інструментом для завершення геномів відомих бактерій і грибів, а також для порівняння кількох геномів або картографування геномів нових організмів.Дуже важливо секвенувати цілі геноми бактерій і грибів, щоб створити точні еталонні геноми, провести мікробну ідентифікацію та інші порівняльні дослідження геному.
Платформа: платформа Illumina NovaSeq
-
PacBio-Повнорозмірне секвенування ампліконів 16S/18S/ITS
Платформа Amplicon (16S/18S/ITS) розроблена на основі багаторічного досвіду в аналізі проектів мікробного різноманіття, який містить стандартизований базовий аналіз і персоналізований аналіз: базовий аналіз охоплює основний вміст аналізу поточних мікробних досліджень, вміст аналізу багатий і вичерпний, а результати аналізу представлені у вигляді проектних звітів;Зміст персоналізованого аналізу різноманітний.Зразки можна відбирати, а параметри можна гнучко встановлювати відповідно до звіту про базовий аналіз і мети дослідження, щоб реалізувати персоналізовані вимоги.Операційна система Windows, проста і швидка.
-
PacBio-повнорозмірний транскриптом (без посилання)
Використовуючи дані секвенування ізоформ Pacific Biosciences (PacBio) як вхідні дані, цей додаток може ідентифікувати повнорозмірні послідовності транскриптів (без збирання).Шляхом відображення повнорозмірних послідовностей із еталонним геномом можна оптимізувати транскрипти за допомогою відомих генів, транскриптів, кодуючих ділянок тощо. У цьому випадку можна досягти точнішої ідентифікації структур мРНК, наприклад альтернативного сплайсингу тощо.Спільний аналіз із даними секвенування транскриптомів NGS забезпечує більш повну анотацію та точнішу кількісну оцінку експресії на рівні транскрипту, що значною мірою сприяє диференціальній експресії та функціональному аналізу.
-
Бісульфітне секвенування зі зниженим представленням (RRBS)
Дослідження метилювання ДНК завжди було гарячою темою в дослідженнях захворювань і тісно пов’язане з експресією генів і фенотиповими ознаками.RRBS — точний, ефективний і економічний метод дослідження метилювання ДНК.Збагачення ділянок промотора та CpG-острівців шляхом ферментативного розщеплення (Msp I) у поєднанні з бісульфітним секвенуванням забезпечує виявлення метилювання ДНК з високою роздільною здатністю.
Платформа: платформа Illumina NovaSeq
-
Секвенування мРНК прокаріотів
Секвенування мРНК дає можливість комплексного профілювання всіх транскриптів мРНК у клітинах за певних умов.Ця передова технологія служить потужним інструментом, що розкриває складні профілі експресії генів, генні структури та молекулярні механізми, пов’язані з різноманітними біологічними процесами.Секвенування мРНК, яке широко застосовується у фундаментальних дослідженнях, клінічній діагностиці та розробці ліків, дає змогу зрозуміти тонкощі клітинної динаміки та генетичної регуляції.Наша обробка зразків прокаріотичної мРНК розроблена для прокаріотичних транскриптомів, включаючи деплецію рРНК і спрямовану підготовку бібліотеки.
Платформа: Illumina NovaSeq X
