-
Секвенування метатранскриптому
Секвенування метатранскриптомів визначає експресію генів мікробів (як еукаріотів, так і прокаріотів) у природному середовищі (тобто ґрунт, вода, море, фекалії та кишечник). Зокрема, ці послуги дозволяють отримати профіль експресії генів у складних мікробних спільнотах, таксономічний аналіз видів, аналіз функціонального збагачення генів, що експресуються по-різному, тощо.
Платформа: платформа Illumina NovaSeq
-
Грибковий геном
Технології Biomarker Technologies забезпечують огляд геному, тонкий геном і повний геном грибка залежно від конкретної мети дослідження.Секвенування геному, збірка та функціональна анотація можуть бути досягнуті шляхом поєднання секвенування наступного покоління + секвенування третього покоління для досягнення високорівневого складання геному.Технологія Hi-C також може бути використана для полегшення складання геному на рівні хромосоми.
Платформа:PacBio Продовження II
Нанопор PromethION P48
Платформа Illumina NovaSeq
-
Набори інструментів
BMKCloud є провідною біоінформаційною платформою, що надає універсальне рішення для геномних програм, якій широко довіряють дослідники в різних областях, включаючи медицину, сільське господарство, охорону навколишнього середовища тощо. BMKCloud прагне надавати інтегровані, надійні та ефективні послуги, включаючи платформи й інструменти біоінформаційного аналізу. , обчислювальні ресурси, загальнодоступні бази даних, онлайн-курси з біоінформатики тощо. BMKCloud має різні часто використовувані біоінформаційні інструменти, зокрема анотацію генів, еволюційні генетичні інструменти, ncRNA, контроль якості даних, збірку, вирівнювання, вилучення даних, мутації, статистику, генератор фігур, послідовність аналіз тощо
-
Повний геном бактерій
Biomarker Technologies надає послуги секвенування для конструювання повного геному бактерій з нульовим розривом.Основний робочий процес побудови повного генома бактерій включає секвенування третього покоління, збірку, функціональну анотацію та розширений біоінформаційний аналіз для виконання конкретних цілей дослідження.Більш повне профілювання геному бактерій дає змогу виявити фундаментальні механізми, що лежать в основі їхніх біологічних процесів, що також може стати цінною довідкою для геномних досліджень вищих еукаріотичних видів
Платформа:Nanopore PromethION P48 + платформа Illumina NovaSeq
PacBio Продовження II
-
мала РНК
Малі РНК є типом коротких некодуючих РНК із середньою довжиною 18-30 нт, включаючи мікроРНК, siРНК і піРНК.Повідомляється, що ці малі РНК беруть участь у різноманітних біологічних процесах, таких як деградація мРНК, інгібування трансляції, утворення гетерохроматину тощо. Аналіз секвенування малих РНК широко застосовується в дослідженнях розвитку тварин/рослин, хвороб, вірусів тощо. Малі РНК Платформа секвенування аналізу складається зі стандартного аналізу та розширеного аналізу даних.На основі даних RNA-seq стандартний аналіз може досягти ідентифікації та прогнозування мікроРНК, прогнозування цільового гена мікроРНК, анотації та аналізу експресії.Розширений аналіз дозволяє налаштовувати пошук і виділення мікроРНК, генерувати діаграми Венна, будувати мережу мікроРНК і цільових генів.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS — це платформа аналізу повторного секвенування цілого геному, яка розроблена на основі багатого досвіду в технологіях біомаркерів.Ця проста у використанні платформа дозволяє швидко надіслати інтегрований робочий процес аналізу, просто встановивши кілька основних параметрів, які підходять для даних секвенування ДНК, отриманих як на платформі Illumina, так і на платформі секвенування BGI.Ця платформа розгортається на високопродуктивному обчислювальному сервері, що забезпечує високоефективний аналіз даних за дуже обмежений час.Персоналізований інтелектуальний аналіз даних доступний на основі стандартного аналізу, включаючи запит мутованого гена, дизайн праймера ПЛР тощо.
-
мРНК (еталон)
Транскриптом - це зв'язок між геномною генетичною інформацією та протеомом біологічної функції.Регуляція рівня транскрипції є найважливішим і найбільш широко вивченим способом регуляції організмів.Секвенування транскриптома може секвенувати транскриптом у будь-який момент часу чи за будь-яких умов із роздільною здатністю до одного нуклеотиду. Воно може динамічно відображати рівень транскрипції генів, одночасно ідентифікувати та кількісно оцінювати рідкісні та нормальні транскрипти та надавати інформацію про структуру зразки конкретних транскриптів.
В даний час технологія секвенування транскриптомів широко використовується в агрономії, медицині та інших галузях досліджень, включаючи регуляцію розвитку тварин і рослин, адаптацію до середовища, імунну взаємодію, локалізацію генів, генетичну еволюцію видів і виявлення пухлин і генетичних захворювань.
-
Метагеноміка (NGS)
Ця аналітична платформа розроблена для аналізу метагеномних даних дробовика на основі багаторічного досвіду.Він складається з інтегрованого робочого процесу, який містить різноманітні зазвичай необхідні метагеномні аналізи, включаючи обробку даних, дослідження на рівні видів, дослідження на рівні функцій генів, групування метагеномів тощо. Крім того, налаштовані інструменти інтелектуального аналізу даних доступні в стандартному робочому процесі аналізу, включаючи запити генів і видів , налаштування параметрів, створення персоналізованої фігури тощо.
-
LncRNA
Довгі некодуючі РНК (lncRNA) — це тип транскриптів довжиною понад 200 нт, які не здатні кодувати білки.Накопичені дані свідчать про те, що більшість lncRNAs, швидше за все, є функціональними.Технології високопродуктивного секвенування та інструменти біоінформаційного аналізу дають нам змогу більш ефективно виявляти послідовності lncRNA та інформацію про позиціонування та ведуть нас до відкриття lncRNA з ключовими регуляторними функціями.BMKCloud з гордістю надає нашим клієнтам платформу аналізу секвенування lncRNA для досягнення швидкого, надійного та гнучкого аналізу lncRNA.
-
GWAS
Загальногеномне дослідження асоціацій (GWAS) спрямоване на виявлення генетичних варіантів (генотипу), які асоціюються з певними ознаками (фенотипом).Дослідження GWA досліджують генетичні маркери, що перетинають весь геном великої кількості особин, і передбачають асоціації генотип-фенотип шляхом статистичного аналізу на рівні популяції.Ресеквенування повного генома потенційно може виявити всі генетичні варіанти.У поєднанні з фенотипічними даними GWAS можна обробити для ідентифікації пов’язаних з фенотипом SNP, QTL і генів-кандидатів, що суттєво підтримує сучасне розведення тварин/рослин.SLAF — це власно розроблена спрощена стратегія секвенування генома, яка виявляє маркери, розподілені по всьому геному, SNP.Ці SNP, як молекулярно-генетичні маркери, можуть бути оброблені для досліджень асоціації з цільовими ознаками.Це економічно ефективна стратегія виявлення складних ознак, пов’язаних із генетичними варіаціями.
-
Повнорозмірна транскриптоміка нанопор
Складні та варіабельні альтернативні ізоформи в організмах є важливими генетичними механізмами для регуляції експресії генів і різноманітності білка.Точна ідентифікація структур транскриптів є основою для поглибленого вивчення закономірностей регуляції експресії генів.Платформа секвенування нанопор успішно вивела транскриптомні дослідження на рівень ізоформ.Ця аналітична платформа розроблена для аналізу даних RNA-Seq, згенерованих на платформі Nanopore на основі еталонного геному, що забезпечує якісний і кількісний аналіз як на рівні генів, так і на рівні транскриптів.
-
circ-РНК
Кільцева РНК (circRNA) — це тип некодуючої РНК, яка нещодавно виявилася, що відіграє життєво важливу роль у регуляторних мережах, залучених до розвитку, стійкості навколишнього середовища тощо. На відміну від лінійних молекул РНК, наприклад мРНК, lncRNA, 3' та 5' кінці circRNA з'єднані разом, щоб утворити кільцеву структуру, яка захищає їх від перетравлення екзонуклеазою і є більш стабільними, ніж більшість лінійних РНК.Було виявлено, що CircRNA виконує різноманітні функції в регулюванні експресії генів.CircRNA може працювати як ceRNA, яка конкурентно зв'язує мікроРНК, відома як губка мікроРНК.Платформа аналізу секвенування CircRNA дає змогу аналізувати структуру та експресію circRNA, прогнозувати ціль і проводити спільний аналіз з іншими типами молекул РНК
