Секвенування малих РНК - Illumina
Особливості
● Підготовка бібліотеки для вибору розміру.
● Біоінформаційний аналіз, зосереджений на прогнозуванні мікроРНК та мішенях.
Переваги сервісу
●Широкий досвідМи обробили понад 300 зразків, що охоплюють різні типи. Ми використовуємо свій багатий досвід у кожному проекті.
●Суворий контроль якостіМи впроваджуємо основні контрольні точки на всіх етапах, від підготовки зразків до підготовки бібліотеки, секвенування та біоінформатики. Наш ретельний моніторинг забезпечує отримання стабільно високоякісних результатів.
●Комплексний біоінформатичний аналіз:Це дозволяє ідентифікувати як відомі, так і нові мікроРНК, ідентифікувати мішені мікроРНК, а також проводити відповідну функціональну анотацію та збагачення за допомогою кількох баз даних (KEGG, GO).
●Післяпродажна підтримкаМи розуміємо, наскільки важливо бути присутнім на проекті, тому наші зобов'язання поширюються після завершення проекту та забезпечують 3-місячний післяпродажний період обслуговування. Протягом цього часу ми пропонуємо супровід проекту, допомогу в усуненні несправностей та сесії запитань і відповідей, щоб відповісти на будь-які запитання, пов'язані з результатами.
Вимоги до зразків та доставка
| Бібліотека | Платформа | Рекомендовані дані | Контроль якості даних |
| Вибраний розмір | Ілюміна SE50 | 10-20 мільйонів переглядів | Q30≥85% |
Вимоги до зразка:
Нуклеотиди:
| Конц. (нг/мкл) | Кількість (мкг) | Чистота | Цілісність |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Обмежене або відсутнє забруднення білком чи ДНК на гелі. | РІН≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; обмежене або відсутнє підняття базової лінії |
● Рослини:
Корінь, стебло або пелюстка: 450 мг
Листя або насіння: 300 мг
Фрукти: 1,2 г
● Тварина:
Серце або кишечник: 450 мг
Внутрішньощі або мозок: 240 мг
М'язи: 600 мг
Кістки, волосся або шкіра: 1,5 г
● Членистоногі:
Комахи: 9 г
Ракоподібні: 450 мг
● Цільна кров2 трубки
● Клітини: 106 клітини
● Сироватка та плазма:6 мл
Рекомендована доставка зразків
Контейнер: центрифужна пробірка об'ємом 2 мл (використання олов'яної фольги не рекомендується)
Зразок позначення: Група+репліка, наприклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Відвантаження:
1. Сухий лід: Зразки потрібно упакувати в пакети та закопати в сухому льоду.
2. Пробірки для стабілізації РНК: зразки РНК можна висушити в пробірці для стабілізації РНК (наприклад, RNAstable®) та транспортувати за кімнатної температури.
Робочий процес служби
Дизайн експерименту
Доставка зразків
Екстракція РНК
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
Біоінформатика
● Контроль якості необроблених даних
● Класифікація малих РНК
● Експресія мікроРНК та аналіз диференціальної експресії
● Анотація гена-мішені мікроРНК та диференційно експресованого гена-мішені мікроРНК
● Анотація цільових генів та збагачення функції диференційно експресованих генів мікроРНК
Ідентифікація мікроРНК: структура та глибина
Диференціальна експресія мікроРНК – ієрархічна кластеризація
Функціональна анотація мішені диференційно експресованих мікроРНК
Ознайомтеся з дослідницькими досягненнями, що сприяють сервісам секвенування sRNA від BMKGene, за допомогою кураторської колекції публікацій.
Чен, Х. та ін. (2023) «Вірусні інфекції пригнічують біосинтез сапонінів та фотосинтез у Panax notoginseng»,Фізіологія та біохімія рослин, 203, с. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Лі, Х. та ін. (2023) «Рослинний білок FREE1, що містить домен FYVE, асоціюється з компонентами мікропроцесора для пригнічення біогенезу мікроРНК».Звіти EMBO, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Ю, Дж. та ін. (2023) «МікроРНК Ame-Bantam-3p контролює розвиток личинкової лялечки, впливаючи на ген множинних доменів, подібних до епідермального фактора росту 8 (megf8), у медоносної бджоли Apis mellifera».Міжнародний журнал молекулярних наук, 24(6), с. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) «Інтегрований аналіз мікроРНК та генів, пов’язаних з якістю м’яса, показує, що Gga-MiR-140-5p впливає на внутрішньом’язове відкладення жиру у курей».Клітинна фізіологія та біохімія, 46 (6), стор. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
