Специфічний локус ампліфікованого секвенування фрагментів (SLAF-Seq)
Деталі послуги
Технічна схема
Потік роботи
Переваги сервісу
Висока ефективність виявлення маркерів- Високопродуктивна технологія секвенування допомагає SLAF-Seq виявляти сотні тисяч міток у всьому геномі.
Низька залежність від геному- Його можна застосовувати до видів як з еталонним геномом, так і без нього.
Розробка гнучкої схеми- Одноферментне, подвійне ферментне травлення, багатоферментне травлення та різні типи ферментів, усі вони можуть бути обрані для задоволення різних дослідницьких цілей або видів.Попередня оцінка in silico використовується для забезпечення оптимального дизайну ферменту.
Ефективне ферментативне травлення- Попередній експеримент проводився для оптимізації умов, що робить формальний експеримент стабільним і надійним.Ефективність збирання фрагментів може досягати понад 95%.
Рівномірно розподілені теги SLAF- SLAF-мітки рівномірно розподілені у всіх хромосомах найбільшою мірою, досягаючи в середньому 1 SLAF на 4 кб.
Ефективне уникнення повторів- Повторювана послідовність у даних SLAF-Seq зменшена до рівня менше 5%, особливо у видів із високим рівнем повторів, таких як пшениця, кукурудза тощо.
Великий досвід-Понад 2000 закритих проектів SLAF-Seq щодо сотень видів рослин, ссавців, птахів, комах, акваорганізмів тощо.
Власно розроблений біоінформаційний робочий процес- Інтегрований біоінформаційний робочий процес для SLAF-Seq був розроблений BMKGENE для забезпечення надійності та точності кінцевого результату.
Специфікації послуги
| Платформа | Конц. (нг/гл) | Всього (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Том>15μl) | 1,6-2,5 |
Рекомендована стратегія секвенування
Глибина секвенування: 10X/тег
| Розмір геному | Рекомендовані теги SLAF |
| < 500 Мб | 100K або WGS |
| 500 Мб- 1 Гб | 100 тис |
| 1 Гб -2 Гб | 200 тис |
| Гігантські або складні геноми | 300 - 400 тис |
| Додатки
| Рекомендовано Масштаб населення
| Стратегія секвенування та глибина
| |
| Глибина
| Номер тегу
| ||
| GWAS
| Номер зразка ≥ 200
| 10X
|
Відповідно до розмір геному
|
| Генетична еволюція
| Особи кожного підгрупа ≥ 10; загальна кількість зразків ≥ 30
| 10X
| |
Рекомендована доставка зразків
Контейнер: центрифужна пробірка на 2 мл
Для більшості зразків ми рекомендуємо не зберігати в етанолі.
Маркування зразків: зразки повинні бути чітко марковані та ідентичні поданій інформаційній формі зразка.
Відвантаження: сухий лід: зразки спочатку потрібно запакувати в мішки та закопати в сухий лід.
Робочий процес служби
Зразок КЯ
Пілотний експеримент
SLAF-експеримент
Підготовка бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
1. Статистика результату карти
2. Розвиток маркера SLAF
3. Варіативна анотація
| рік | журнал | IF | Назва | Додатки |
| 2022 рік | Комунікації з природою | 17,694 | Геномна основа гіга-хромосом і гіга-генома півонії деревовидної Paeonia ostii | СЛАФ-ГВАС |
| 2015 рік | Новий фітолог | 7,433 | Сліди одомашнення закріплюють геномні регіони, які мають агрономічне значення соєві боби | СЛАФ-ГВАС |
| 2022 рік | Журнал перспективних досліджень | 12,822 | Геномна штучна інтрогресія Gossypium barbadense у G. hirsutum виявити кращі локуси для одночасного покращення якості та врожайності бавовняного волокна риси | SLAF-Еволюційна генетика |
| 2019 рік | Молекулярна рослина | 10.81 | Популяційний геномний аналіз і зборка De Novo розкривають походження Weedy Райс як еволюційна гра | SLAF-Еволюційна генетика |
| 2019 рік | Генетика природи | 31,616 | Послідовність геному та генетичне різноманіття коропа звичайного Cyprinus carpio | Карта зв'язків SLAF |
| 2014 рік | Генетика природи | 25,455 | Геном культивованого арахісу дає уявлення про каріотипи бобових, поліплоїдні еволюція та одомашнення сільськогосподарських культур. | Карта зв'язків SLAF |
| 2022 рік | Журнал біотехнології рослин | 9,803 | Ідентифікація ST1 розкриває селекцію, яка передбачає зміну морфології насіння і вміст олії під час одомашнення сої | Розробка SLAF-Marker |
| 2022 рік | Міжнародний журнал молекулярних наук | 6.208 | Ідентифікація та розробка маркерів ДНК для пшениці-Leymus mollis 2Ns (2D) Дисомна хромосомна заміна | Розробка SLAF-Marker |
