Специфічно-локусне ампліфіковане фрагментне секвенування (SLAF-Seq)
Робочий процес
Сервіс має певний попередній дизайн in silico, щоб гарантувати оптимальний вибір ферментів під час підготовки бібліотеки.
Технічна схема
Функції сервісу
● Секвенування на NovaSeq з PE150.
● Підготовка бібліотеки з подвійним штрих-кодуванням, що дозволяє об'єднати понад 1000 зразків.
● Незалежно від референсного геному:
З референсним геномом: виявлення SNP та InDel
Без референсного геному: кластеризація зразків та виявлення SNP
● Уin-silicoНа етапі передпроектування проводять скринінг кількох комбінацій рестрикційних ферментів, щоб знайти ті, які генерують рівномірний розподіл SLAF-міток уздовж геному.
● Під час попереднього експерименту три комбінації ферментів тестуються у 3 зразках для створення 9 бібліотек SLAF, і ця інформація використовується для вибору оптимальної комбінації рестрикційних ферментів для проекту.
Переваги сервісу
●Виявлення високоякісних генетичних маркерівМи інтегруємо високопродуктивну систему подвійного штрих-кодування, що дозволяє одночасне секвенування великих популяцій та підвищення ефективності локус-специфічної ампліфікації, гарантуючи, що номери міток відповідають різноманітним вимогам різних дослідницьких питань.
● Низька залежність від геномуЙого можна застосовувати до видів з референтним геномом або без нього.
●Гнучка схема проектуванняОдноферментне, двоферментне, багатоферментне травлення та різні типи ферментів можуть бути обрані для задоволення різних дослідницьких цілей або видів.
● Висока ефективність ферментативного розщепленняПроведенняin-silicoПопереднє проектування та попередній експеримент забезпечують оптимальний дизайн з рівномірним розподілом SLAF-міток на хромосомі (1 SLAF-мітка/4 Кб) та зменшеною кількістю повторюваних послідовностей (<5%).
●Широкий досвідМи привносимо багатий досвід у кожен проект, маючи за плечима понад 5000 проектів SLAF-Seq для сотень видів, включаючи рослини, ссавців, птахів, комах та водні організми.
● Власно розроблений біоінформатичний робочий процесМи розробили інтегрований біоінформаційний робочий процес для SLAF-Seq, щоб забезпечити надійність і точність кінцевого результату.
Специфікації послуг
| Тип аналізу | Рекомендований масштаб популяції | Стратегія секвенування | |
| Глибина послідовності тегів | Номер тега | ||
| Генетичні карти | 2 батьки та >150 потомства | Батьки: 20x WGS Потомство: 10x | Розмір геному: <400 Мб: рекомендується WGS <1 Гб: 100 тис. тегів 1-2 Гб: 200 тис. тегів >2 Гб: 300 тис. тегів Максимум 500 тис. тегів |
| Дослідження асоціації всього геному (GWAS) | ≥200 зразків | 10 разів | |
| Генетична еволюція | ≥30 зразків, з >10 зразками з кожної підгрупи | 10 разів | |
Вимоги до обслуговування
Концентрація ≥ 5 нг/мкл
Загальна кількість ≥ 80 нг
Нанокрапля OD260/280=1,6-2,5
Агарозний гель: відсутність або обмежена деградація чи забруднення
Рекомендована доставка зразків
Контейнер: центрифужна пробірка об'ємом 2 мл
(Для більшості зразків ми рекомендуємо не зберігати в етанолі)
Маркування зразків: Зразки повинні бути чітко марковані та ідентичні поданій формі інформації про зразок.
Відвантаження: Сухий лід: Зразки необхідно спочатку упакувати в пакети та закопати в сухому льоду.
Робочий процес обслуговування
Зразок контролю якості
Пілотний експеримент
SLAF-експеримент
Підготовка бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
Наш біоінформаційний аналіз включає:
Контроль якості даних та обрізання даних для видалення зчитувань, багатих на N, зчитувань адаптерів або зчитувань низької якості.
Другий контроль якості чистих зчитувань для перевірки розподілу основ, якості послідовності та оцінки даних, а також для перевірки ефективності перетравлення та отриманих вставок.
Після перевірки прочитаних даних є два варіанти:
- Картування з референсним геномом
- Без референсного геному: кластеризація
Після цього аналіз тегів SLAF використовується для виконання деяких варіантів виклику, що допомагають у виявленні маркерів: виклик SNP, InDel, SNV, CV та анотація.
Розподіл SLAF-міток на хромосомах:
Розподіл SNP на хромосомах:
Анотація SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X та Shi C (2023) QTL-картування та транскриптомний аналіз вмісту цукру під час дозрівання плодівПірус пірифолія.Фронт. Рослинна наука.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Ідентифікація st1 виявляє відбір, що включає зміну морфології насіння та вмісту олії під час доместикації сої.Журнал рослинної біотехнології, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Сюй, П., Чжан, X., Ван, X.та ін.Послідовність геному та генетичне різноманіття звичайного коропа,Короповий карп.Нат Женет 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Чжуан В., Чень Х., Ян М.та ін.Геном культивованого арахісу дає уявлення про каріотипи бобових, еволюцію поліплоїдів та одомашнення сільськогосподарських культур.Нат Женет 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Рік | Журнал | IF | Назва | Застосування |
| 2022 рік | Природні комунікації | 17.694 | Геномна основа гігахромосом та гігагеному деревоподібного півонії Півонія остійська | SLAF-GWAS |
| 2015 рік | Новий фітолог | 7.433 | Сліди одомашнення закріплюють геномні регіони агрономічного значення в соєві боби | SLAF-GWAS |
| 2022 рік | Журнал передових досліджень | 12.822 | Штучні інтрогресії Gossypium barbadense в G. hirsutum по всьому геному виявляють найкращі локуси для одночасного покращення якості та врожайності бавовняного волокна риси | SLAF-Еволюційна генетика |
| 2019 рік | Молекулярний завод | 10.81 | Геномний аналіз популяції та De Novo збірка розкривають походження Weedy Рис як еволюційна гра | SLAF-Еволюційна генетика |
| 2019 рік | Природна генетика | 31.616 | Послідовність геному та генетичне різноманіття звичайного коропа, Cyprinus carpio | Карта зв'язків SLAF |
| 2014 рік | Природна генетика | 25.455 | Геном культивованого арахісу дає уявлення про каріотипи бобових, поліплоїдність еволюція та одомашнення сільськогосподарських культур. | Карта зв'язків SLAF |
| 2022 рік | Журнал рослинної біотехнології | 9.803 | Ідентифікація ST1 виявляє відбір, що включає автостоп морфології насіння та вміст олії під час одомашнення сої | Розробка SLAF-маркера |
| 2022 рік | Міжнародний журнал молекулярних наук | 6.208 | Ідентифікація та розробка ДНК-маркера для пшениці Leymus mollis 2Ns (2D) Дисомна хромосомна заміна | Розробка SLAF-маркера |
| Рік | Журнал | IF | Назва | Застосування |
| 2023 рік | Передові рубежі в рослинництві | 6.735 | QTL-картування та транскриптомний аналіз вмісту цукру під час дозрівання плодів Pyrus pyrifolia | Генетична карта |
| 2022 рік | Журнал рослинної біотехнології | 8.154 | Ідентифікація ST1 виявляє відбір, що включає зміну морфології насіння та вмісту олії під час доместикації сої.
| Виклик ШНП |
| 2022 рік | Передові рубежі в рослинництві | 6.623 | Картування асоціацій усього геному фенотипів Hulless Barely в умовах посухи.
| ГВАС |
