16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
سروس کے فوائد
● 16S/18S/ITS کی مکمل طوالت کی ترتیب کو ظاہر کرنے والے طویل پڑھے
● PacBio CCS موڈ کی ترتیب کے ساتھ انتہائی درست بیس کالنگ
● OTU/ASV تشریح میں پرجاتی سطح کی ریزولوشن
● ڈیٹا بیس، تشریح، OTU/ASV کے لحاظ سے متنوع تجزیوں کے ساتھ تازہ ترین QIIME2 تجزیہ بہاؤ۔
● متنوع مائکروبیل کمیونٹی اسٹڈیز پر لاگو
● BMK 100,000 سے زیادہ نمونوں/سال کے ساتھ وسیع تجربے کا مالک ہے، جس میں مٹی، پانی، گیس، کیچڑ، پاخانہ، آنتیں، جلد، ابال کا شوربہ، کیڑے، پودے وغیرہ شامل ہیں۔
● BMKCloud 45 ذاتی تجزیہ کرنے والے ٹولز پر مشتمل ڈیٹا کی تشریح کی سہولت فراہم کرتا ہے۔
سروس کی تفصیلات
| ترتیب دیناپلیٹ فارم | کتب خانہ | تجویز کردہ ڈیٹا | ٹرناراؤنڈ ٹائم |
| PacBio سیکوئل II | SMRT-گھنٹی | 5K/10K/20K ٹیگز | 44 کام کے دن |
بایو انفارمیٹکس کا تجزیہ
● خام ڈیٹا کوالٹی کنٹرول
● OTU کلسٹرنگ/ڈی شور (ASV)
● OTU تشریح
● الفا تنوع
● بیٹا تنوع
● بین گروپ تجزیہ
● تجرباتی عوامل کے خلاف ایسوسی ایشن کا تجزیہ
● فنکشن جین کی پیشن گوئی
نمونے کی ضروریات اور ترسیل
نمونہ کی ضروریات:
کے لیےڈی این اے کے نچوڑ:
| نمونہ کی قسم | رقم | توجہ مرکوز کرنا | طہارت |
| ڈی این اے کے نچوڑ | 1 μg | 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ماحولیاتی نمونوں کے لیے:
| نمونہ کی قسم | تجویز کردہ نمونے لینے کا طریقہ کار |
| مٹی | نمونے لینے کی رقم: تقریبا5 جی؛باقی سوکھے مادے کو سطح سے ہٹانے کی ضرورت ہے۔بڑے ٹکڑوں کو پیس لیں اور 2 ملی میٹر فلٹر سے گزریں۔ریزرویشن کے لیے جراثیم سے پاک EP-tube یا cyrotube میں علی کوٹ کے نمونے۔ |
| پاخانہ | نمونے لینے کی رقم: تقریبا5 جی؛ریزرویشن کے لیے جراثیم سے پاک ای پی ٹیوب یا کرائیوٹوب میں ایلی کوٹ کے نمونے جمع کریں۔ |
| آنتوں کے مواد | نمونوں کو ایسپٹک حالت میں پروسیس کرنے کی ضرورت ہے۔جمع شدہ ٹشو کو پی بی ایس سے دھونا؛پی بی ایس کو سینٹری فیوج کریں اور ای پی ٹیوبوں میں تیز رفتار جمع کریں۔ |
| کیچڑ | نمونے لینے کی رقم: تقریبا5 جی؛بکنگ کے لیے جراثیم سے پاک ای پی ٹیوب یا کرائیوٹوب میں ایلی کوٹ کیچڑ کا نمونہ جمع کریں۔ |
| آبی جسم | مائکروبیل کی محدود مقدار والے نمونے کے لیے، جیسے نل کا پانی، کنویں کا پانی، وغیرہ، کم از کم 1 L پانی جمع کریں اور جھلی پر مائکروبیل کو افزودہ کرنے کے لیے 0.22 μm فلٹر سے گزریں۔جھلی کو جراثیم سے پاک ٹیوب میں محفوظ کریں۔ |
| جلد | جراثیم سے پاک روئی کے جھاڑو یا سرجیکل بلیڈ سے جلد کی سطح کو احتیاط سے کھرچیں اور اسے جراثیم سے پاک ٹیوب میں رکھیں۔ |
تجویز کردہ نمونے کی ترسیل
نمونوں کو مائع نائٹروجن میں 3-4 گھنٹے کے لیے منجمد کریں اور مائع نائٹروجن یا -80 ڈگری پر طویل مدتی ریزرویشن میں محفوظ کریں۔خشک برف کے ساتھ نمونے کی ترسیل کی ضرورت ہے۔
سروس ورک فلو
نمونہ کی ترسیل
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
فروخت کے بعد کی خدمات
1. V3+V4(Illumina) پر مبنی مائکروبیل کمیونٹی پروفائلنگ بمقابلہ مکمل لمبائی (PacBio) پر مبنی پروفائلنگ کی تشریح کی شرح۔
(اعداد و شمار کے لیے تصادفی طور پر منتخب کیے گئے 30 منصوبوں کا ڈیٹا لاگو کیا گیا تھا)
2.مختلف نمونوں کی اقسام میں پرجاتی سطح پر مکمل طوالت کے ایمپلی کون کی ترتیب کی تشریح کی شرح
3. پرجاتیوں کی تقسیم
4. فائیلوجنیٹک درخت
بی ایم کے کیس
آرسینک کی نمائش آنتوں میں رکاوٹ کو نقصان پہنچاتی ہے اور اس کے نتیجے میں گٹ-جگر کے محور کو چالو کرنا بطخوں میں جگر کی سوزش اور پائروپٹوسس کا باعث بنتا ہے۔
شائع شدہ:کل ماحولیات کی سائنس،2021
ترتیب کی حکمت عملی:
نمونے: کنٹرول بمقابلہ 8 mg/kg ATO بے نقاب گروپ
ترتیب دینے والے ڈیٹا کی پیداوار: مجموعی طور پر 102,583 خام CCS ترتیب
کنٹرول: 54,518 ± 747 موثر CCS
ATO- بے نقاب: 45,050 ± 1675 مؤثر CCS
کلیدی نتائج
الفا تنوع:ATO کی نمائش نے بطخوں میں آنتوں کے مائکروبیل کی بھرپوریت اور تنوع کو نمایاں طور پر تبدیل کردیا۔
میٹاسٹیٹس کا تجزیہ:
فیلم کی سطح میں: 2 بیکٹیریل فائیلا صرف کنٹرول گروپوں میں پایا جاتا ہے۔
جینس کی سطح میں: 6 نسلیں نسبتا کثرت میں نمایاں طور پر مختلف پائی گئیں۔
پرجاتیوں کی سطح میں: مجموعی طور پر 36 پرجاتیوں کی شناخت کی گئی تھی، جن میں سے 6 ریلایو کثرت میں نمایاں طور پر مختلف تھیں۔
حوالہ
Thingholm, LB, et al."ٹائپ 2 ذیابیطس کے ساتھ اور اس کے بغیر موٹے افراد مختلف گٹ مائکروبیل فنکشنل صلاحیت اور ساخت کو ظاہر کرتے ہیں۔"سیل ہوسٹ اور مائکروب26.2 (2019)۔
