BMKCloud Log in
条形بینر-03

مصنوعات

ڈی این اے / آر این اے کی ترتیب - پی سی بائیو سیکوینسر

PacBio سیکوینسنگ پلیٹ فارم ایک طویل پڑھا جانے والا سیکوینسنگ پلیٹ فارم ہے، جسے تھرڈ جنریشن سیکوینسنگ (TGS) ٹیکنالوجیز میں سے ایک کے نام سے بھی جانا جاتا ہے۔بنیادی ٹکنالوجی، سنگل مالیکیول ریئل ٹائم (SMRT)، دسیوں کلو بیس کی لمبائی کے ساتھ پڑھنے کی نسل کو طاقت دیتی ہے۔"Sequencing-by-Synthesis" کی بنیاد پر، واحد نیوکلیوٹائڈ ریزولوشن زیرو موڈ ویو گائیڈ (ZMW) کے ذریعے حاصل کیا جاتا ہے، جہاں صرف نچلے حصے میں محدود حجم (مالیکیول ترکیب کی سائٹ) کو روشن کیا جاتا ہے۔مزید برآں، SMRT کی ترتیب بڑی حد تک NGS سسٹم میں ترتیب کے لحاظ سے مخصوص تعصب سے گریز کرتی ہے، اس میں لائبریری کی تعمیر کے عمل میں PCR ایمپلیفیکیشن کے زیادہ تر اقدامات کی ضرورت نہیں ہوتی ہے۔

 

پلیٹ فارم: سیکوئل II، ریویو


سروس کی تفصیلات

ڈیمو کے نتائج

خصوصیات

PacBio سیکوینسر پر دو ترتیب دینے کے طریقے: مسلسل لانگ ریڈ (CLR) اور سرکلر کنسنسس ریڈ (CCS)

ترتیب موڈ لائبریری کا سائز نظریاتی ڈیٹاپیداوار (فی سیل) سنگل بیسدرستگی ایپلی کیشنز
سی ایل آر 20Kb، 30Kb، وغیرہ۔ 80 جی بی سے 130 جی بی تقریبا.85% ڈی نوو، SV کالنگ، وغیرہ۔
سی سی ایس 15-20 Kb

14 سے 40 جی بی/سیل (سیکوئل II)

70 سے 110 جی بی/سیل (ریویو)

نمونوں پر منحصر ہے۔

تقریبا.99% ڈی نوو, SNP/Indel/SV کالنگ، Iso-Seq،

Revio اور Sequel II کی کارکردگی اور خصوصیات کا موازنہ

شرائط

سیکوئل II سسٹم

ریویو سسٹم

اضافہ

زیادہ کثافت

8 ملین ZMWs

25 ملین ZMWs

3x

آزاد مراحل

1

4

4x

مختصر دوڑ کے اوقات

30 گھنٹے

24 گھنٹے

1.25x

30X HiFi انسانی جینوم / سال

88

1,300

1مجموعی طور پر 5x

سروس کے فوائد

● PacBio سیکوینسنگ پلیٹ فارم پر مختلف انواع کے ہزاروں بند پروجیکٹس کے ساتھ 8 سال سے زیادہ کا تجربہ۔

● مکمل طور پر جدید ترین PacBio سیکوینسنگ پلیٹ فارمز سے لیس، Revio کافی ترتیب کے تھرو پٹ کی ضمانت دینے کے لیے۔

● تیز تر موڑ کا وقت، زیادہ ڈیٹا کی پیداوار اور زیادہ درست ڈیٹا۔

● سیکڑوں اعلیٰ اثر والی PacBio پر مبنی اشاعتوں میں تعاون کیا۔

نمونے کے تقاضے


نمونہ کی قسم رقم ارتکاز (Qubit®) حجم طہارت دوسرے
جینومک ڈی این اے ڈیٹا کی ضرورت پر منحصر ہے۔ ≥50 ng/μl ≥15μl OD260/280=1.7-2.2;
OD260/230=1.8-2.5;
260 nm پر صاف چوٹی،کوئی آلودگی نہیں
ارتکاز کو Qubit اور Qubit/Nanopore = 0.8-2.5 سے ناپا جانا ضروری ہے۔
کل آر این اے ≥1.2μg ≥120 ng/μl ≥15μl OD260/280=1.7-2.5؛
OD260/230=0.5-2.5;کوئی آلودگی نہیں

RIN قدر ≥7.5

5≥28S/18S≥1

 

سروس ورک فلو

نمونے کی تیاری

نمونے کی تیاری

لائبریری کی تیاری

لائبریری کی تعمیر

ترتیب دینا

ترتیب دینا

ڈیٹا کا تجزیہ

ڈیٹا کا تجزیہ

نمونہ QC

پروجیکٹ کی ترسیل


  • پچھلا:
  • اگلے:

  • 1۔اندرونی ڈیٹا کی پیداوار

    63 CCS خلیات سے تیار کردہ ڈیٹا (26 پرجاتیوں سے)

    ڈیٹا-PacBio-CCS-15 Kb اوسط زیادہ سے زیادہ کم از کم اوسط
    پیداوار - سبریڈز (Gb) 421.12 544.27 221.38 426.58
    Yiled - CCS(Gb) 25.93 38.59 10.86 25.43
    پولیمریز N50 145,651 175,430 118,118 144,689
    سب بریڈز N50 17,509 23,924 12,485 17,584
    CCS N50 14,490 19,034 9,876 14,747
    اوسط لمبائی - پولیمریز 67,995 89,379 49,664 66,433
    اوسط لمبائی - سب بریڈز 15,866 21,036 11,657 16,012
    اوسط لمبائی-CCS 14,489 19,074 8,575 14,655

    16 CLR خلیات سے تیار کردہ ڈیٹا (76 پرجاتیوں سے)

    DATA-PacBio-CLR-30Kb اوسط زیادہ سے زیادہ کم از کم اوسط
    پیداوار - سبریڈز (Gb) 142.20 291.40 50.55 142.49
    پولیمریز N50 39,456 121,191 15,389 35,231
    سب بریڈز N50 28,490 41,012 14,430 29,063
    اوسط لمبائی - پولیمریز 22,063 48,886 8,747 21,555
    اوسط لمبائی - سب بریڈز 17,720 27,225 8,293 17,779

    2. ڈیٹا QC - ڈیمواعداد و شمار کی پیداوار پر اعداد و شمار

    نمونہ

    ccs ریڈز نمبر

    کل سی سی ایس بیس (بی پی)

    ccs ریڈز N50 (bp)

    ccs اوسط لمبائی (bp)

    ccs سب سے طویل پڑھا گیا (bp)

    سب ریڈز بیسز (بی پی)

    سی سی ایس کی شرح (%)

    PB_BMKxxx

    3,444,159

    54,164,122,586

    15,728

    15,726

    36,110

    863,326,330,465

    6.27

     

    ایک اقتباس حاصل

    اپنا پیغام یہاں لکھیں اور ہمیں بھیجیں۔

    اپنا پیغام ہمیں بھیجیں: