ڈی این اے / آر این اے کی ترتیب - نینو پور سیکوینسر
سروس کی تفصیلات کی خصوصیات
| پلیٹ فارم | لائبریری کا سائز | نظریاتی ڈیٹا کی پیداوار (فی سیل) | سنگل بیس درستگی | درخواستیں |
| نانوپور | 8Kb، 10kb، 20kb، الٹرا لانگ، cDNA-PCR | 70-90Gb/سیل | 85-92% | SV کالنگ، ڈی نوو، مکمل لمبائی کی ترتیب، Iso-Seq، جین تشریح، DNA میتھیلیشن کا پتہ لگانا |
سروس کے فوائد
● PacBio سیکوینسنگ پلیٹ فارم پر 5 سال سے زیادہ کا تجربہ جس میں مختلف پرجاتیوں کے ساتھ ہزاروں بند پروجیکٹس۔
● BMKGENE دوہری پلیٹ فارم RNA/DNA سرٹیفیکیشن کے ساتھ Oxford Nanopore کا ایک آفیشل پارٹنر ہے۔
● مکمل آلات اور کافی ترتیب دینے والے تھرو پٹ کے ساتھ سیکوینسر کے مین اسٹریم ماڈلز ہیں۔
● نانوپور پلیٹ فارم کی بنیاد پر، 10 سے زیادہ جانوروں اور پودوں کی ڈینووو کی تحقیق بین الاقوامی شہرت یافتہ جرائد میں شائع ہو چکی ہے۔
نمونے کے تقاضے
| نمونہ کی قسم | رقم | ارتکاز (Qubit®) | حجم | طہارت | دوسرے |
| جینومک ڈی این اے | ڈیٹا کی ضرورت پر منحصر ہے۔ | ≥20ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230≥1.5； 260 nm پر چوٹی صاف کریں، کوئی آلودگی نہیں ہے۔ | ارتکاز کو Qubit اور Qubit/Nanopore ≤ 2 سے ناپا جانا ضروری ہے۔ |
| کل آر این اے | ≥1.2μg | ≥100μg/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5؛ OD260/230=0.5-2.5；کوئی آلودگی نہیں۔ | RIN قدر ≥7.5 |
سروس ورک فلو
نمونہ کی تیاری
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
پروجیکٹ کی ترسیل
ڈی این اے نمونے کا ڈیٹا کوالٹی اسسمنٹ
ٹیبل 1۔ صاف ڈیٹا کے اعدادوشمار۔
| BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | کلین سم بیس | صاف این 50 لین | کلین این 90 لین | cleanMeanLen | کلین میکس لین | cleanMeanQual |
| DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28,014 | 15,764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
آر این اے نمونے کے ڈیٹا کوالٹی اسسمنٹ
ٹیبل 1۔ صاف ڈیٹا کے اعدادوشمار۔
| فائل کا نام | کلائنٹ آئی ڈی | ReadNum | بیس نمبر | N50 | اوسط لمبائی | میکس لینتھ | مین کیو سکور |
| RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129,227 | Q12 |
شکل 1. لمبائی کی تقسیم پڑھیں
چترا 2۔ صاف ڈیٹا کی کوالٹی سکور کی تقسیم
شکل 3۔ صاف ڈیٹا کی لمبائی اور معیار کے سکور کی تقسیم
