-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
ChIP-Seq ہسٹون ترمیم، ٹرانسکرپشن عوامل، اور دیگر DNA سے وابستہ پروٹین کے لیے DNA اہداف کی جینوم وسیع پروفائلنگ فراہم کرتا ہے۔یہ مخصوص پروٹین-DNA کمپلیکس کی بازیافت کے لیے کرومیٹن امیونو-پریسیپیٹیشن (ChIP) کی سلیکٹیوٹی کو یکجا کرتا ہے، جس میں برآمد شدہ DNA کی ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ کے لیے اگلی نسل کی ترتیب (NGS) کی طاقت ہوتی ہے۔مزید برآں، کیونکہ پروٹین-DNA کمپلیکسز زندہ خلیوں سے برآمد ہوتے ہیں، اس لیے بائنڈنگ سائٹس کا موازنہ سیل کی مختلف اقسام اور بافتوں میں، یا مختلف حالات میں کیا جا سکتا ہے۔ایپلی کیشنز ٹرانسکرپشن ریگولیشن سے لے کر ترقی کے راستے سے بیماری کے طریقہ کار اور اس سے آگے تک ہوتی ہیں۔
پلیٹ فارم: Illumina NovaSeq 6000
-
مکمل جینوم بیسلفائٹ کی ترتیب
سائٹوسین (5-mC) میں پانچویں پوزیشن پر ڈی این اے میتھیلیشن کا جین کے اظہار اور سیلولر سرگرمی پر بنیادی اثر ہے۔غیر معمولی میتھیلیشن پیٹرن کئی حالات اور بیماریوں، جیسے کینسر کے ساتھ منسلک کیا گیا ہے.ڈبلیو جی بی ایس سنگل بیس ریزولوشن پر جینوم وسیع میتھیلیشن کا مطالعہ کرنے کے لیے سونے کا معیار بن گیا ہے۔
پلیٹ فارم: Illumina NovaSeq6000
-
ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ (ATAC-seq) کے ساتھ Transposase-Accessible Chromatin کے لیے پرکھ
ATAC-seq جینوم وسیع کرومیٹن کی رسائی کے تجزیہ کے لیے ایک اعلی تھرو پٹ ترتیب کا طریقہ ہے، جو جین کے اظہار کے عالمی ایپی جینیٹک کنٹرول کے لیے اہم ہے۔سیکوینسنگ اڈاپٹر کھلے کرومیٹن ریجنز میں ہائپر ایکٹیو Tn5 ٹرانسپوزیز کے ذریعے داخل کیے جاتے ہیں۔پی سی آر ایمپلیفیکیشن کے بعد، ترتیب دینے والی لائبریری بنائی جاتی ہے۔تمام کھلے کرومیٹن علاقے ایک مخصوص اسپیس ٹائم حالت کے تحت حاصل کیے جاسکتے ہیں، نہ صرف ٹرانسکرپشن فیکٹر کی بائنڈنگ سائٹس، یا کسی مخصوص ہسٹون تبدیل شدہ خطے تک محدود۔
-
کم نمائیندگی بیسلفائٹ سیکوینسنگ (RRBS)
ڈی این اے میتھیلیشن ریسرچ بیماری کی تحقیق میں ہمیشہ سے ایک گرما گرم موضوع رہی ہے، اور اس کا جین کے اظہار اور فینو ٹائپک خصلتوں سے گہرا تعلق ہے۔RRBS DNA میتھیلیشن ریسرچ کے لیے ایک درست، موثر اور اقتصادی طریقہ ہے۔پروموٹر اور CpG جزیرے کے علاقوں کی افزودگی اینزیمیٹک کلیویج (Msp I) کے ذریعے، Bisulfite کی ترتیب کے ساتھ مل کر، ہائی ریزولوشن DNA میتھیلیشن کا پتہ لگاتا ہے۔
پلیٹ فارم: Illumina NovaSeq 6000
