مکمل لمبائی ایم آر این اے سیکوینسنگ-نانوپور
سروس کے فوائد
● کم ترتیب کا تعصب
● مکمل طوالت کے سی ڈی این اے مالیکیولز کو ظاہر کرنا
● نقل کی ایک ہی تعداد کا احاطہ کرنے کے لیے کم ڈیٹا درکار ہے۔
● فی جین متعدد آئسفارمز کی شناخت
● isoform سطح میں اظہار کی مقدار
سروس کی تفصیلات
| کتب خانہ | پلیٹ فارم | تجویز کردہ ڈیٹا کی پیداوار (Gb) | کوالٹی کنٹرول |
| cDNA-PCR (Poly-A افزودہ) | نانوپور پرومیتھیون P48 | 6 جی بی / نمونہ (پرجاتیوں پر منحصر ہے) | مکمل طوالت کا تناسب＞70% اوسط معیار کا اسکور: Q10
|
بایو انفارمیٹکس کا تجزیہ
●خام ڈیٹا پروسیسنگ
● نقل کی شناخت
● متبادل الگ کرنا
● جین کی سطح اور آئسفارم کی سطح میں اظہار کی مقدار
● امتیازی اظہار کا تجزیہ
● فنکشن تشریح اور افزودگی (DEGs اور DETs)
نمونے کی ضروریات اور ترسیل
نمونہ کی ضروریات:
نیوکلیوٹائڈز:
| Conc.(ng/μl) | رقم (μg) | طہارت | سالمیت |
| ≥ 100 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 محدود یا کوئی پروٹین یا ڈی این اے آلودگی جیل پر دکھائی نہیں دیتی۔ | پودوں کے لیے: RIN≥7.0؛ جانوروں کے لیے: RIN≥7.5؛ 5.0≥28S/18S≥1.0; محدود یا کوئی بنیادی بلندی نہیں۔ |
ٹشو: وزن (خشک): ≥1 جی
*5 ملی گرام سے چھوٹے ٹشو کے لیے، ہم تجویز کرتے ہیں کہ فلیش منجمد (مائع نائٹروجن میں) ٹشو کا نمونہ بھیجیں۔
سیل معطلی: سیل کی گنتی = 3×106- 1×107
*ہم منجمد سیل لیسیٹ بھیجنے کا مشورہ دیتے ہیں۔اس صورت میں کہ سیل کا شمار 5×10 سے چھوٹا ہو۔5، مائع نائٹروجن میں منجمد فلیش کی سفارش کی جاتی ہے، جو مائیکرو نکالنے کے لیے بہتر ہے۔
خون کے نمونے: حجم≥1 ملی لیٹر
تجویز کردہ نمونے کی ترسیل
کنٹینر: 2 ملی لیٹر سینٹرفیوج ٹیوب (ٹن ورق کی سفارش نہیں کی جاتی ہے)
نمونہ لیبلنگ: گروپ + نقل جیسے A1، A2، A3؛B1, B2, B3...
کھیپ: 2، خشک برف: نمونوں کو تھیلے میں پیک کرنے اور خشک برف میں دفن کرنے کی ضرورت ہے۔
- RNAstable tubes: RNA کے نمونے RNA سٹیبلائزیشن ٹیوب (جیسے RNAstable®) میں خشک کیے جا سکتے ہیں اور کمرے کے درجہ حرارت پر بھیجے جا سکتے ہیں۔
سروس ورک فلو
نیوکلیوٹائڈز:
نمونہ کی ترسیل
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
فروخت کے بعد کی خدمات
سروس ورک فلو
ٹشو:
تجربہ ڈیزائن
نمونہ کی ترسیل
آر این اے نکالنا
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
فروخت کے بعد کی خدمات
1.امتیازی اظہار کا تجزیہ - آتش فشاں پلاٹ
امتیازی اظہار کے تجزیے پر دونوں جین کی سطحوں پر عمل کیا جا سکتا ہے تاکہ تفریق ظاہر کیے گئے جین (DEGs) کی شناخت کی جا سکے اور الگ الگ شناخت کرنے کے لیے isoform سطح میں
اظہار شدہ نقلیں (DETs)
2.درجہ بندی کلسٹرنگ ہیٹ میپ
3. متبادل الگ الگ شناخت اور درجہ بندی
Astalavista کی طرف سے پانچ قسم کے متبادل الگ الگ واقعات کی پیشین گوئی کی جا سکتی ہے۔
4.پولی-اے کے 50 بی پی اپ اسٹریم پر متبادل پولی ایڈنیلیشن (APA) واقعات کی شناخت اور شکل
بی ایم کے کیس
نینو پور فل لینتھ ٹرانسکرپٹوم سیکوینسنگ کے ذریعہ متبادل الگ کرنے کی شناخت اور آئسفارم سطح کی مقدار
شائع شدہ:نیچر کمیونیکیشنز، 2020
ترتیب کی حکمت عملی:
گروپ بندی: 1. CLL-SF3B1(WT)؛2. CLL-SF3B1(K700E میوٹیشن)؛3. نارمل بی سیلز
ترتیب کی حکمت عملی: MinION 2D لائبریری کی ترتیب، PromethION 1D لائبریری کی ترتیب؛ایک ہی نمونے سے مختصر پڑھنے والا ڈیٹا
ترتیب دینے والا پلیٹ فارم: نانوپور منین؛نانوپور پرومیتھیون؛
کلیدی نتائج
1.Isoform سطح کے متبادل الگ کرنے کی شناخت
طویل پڑھے جانے والے سلسلے اتپریورتی SF3B1 کی شناخت کو تقویت دیتے ہیں۔K700E- isoform سطح پر الگ الگ سائٹس کو تبدیل کیا گیا۔35 متبادل 3′SSs اور 10 متبادل 5′SSs کو SF3B1 کے درمیان نمایاں طور پر الگ کیا گیا تھا۔K700Eاور SF3B1WT.35 میں سے 33 تبدیلیاں طویل پڑھے جانے والے تسلسل کے ذریعہ نئی دریافت کی گئیں۔
2.Isoform-سطح کے متبادل الگ کرنے کی مقدار
SF3B1 میں انٹرن ریٹینشن (IR) isoforms کا اظہارK700Eاور SF3B1WTنینو پور کی ترتیب کی بنیاد پر مقدار طے کی گئی تھی، جس سے SF3B1 میں IR isoforms کے عالمی سطح پر ڈاؤن ریگولیشن کا پتہ چلتا ہے۔K700E.
حوالہ
تانگ AD , Soulette CM , Baren MJV , et al.دائمی لیمفوسائٹک لیوکیمیا میں SF3B1 اتپریورتن کی مکمل لمبائی کی نقل کی خصوصیت برقرار رکھے ہوئے introns [J] کی کمی کو ظاہر کرتی ہے۔نیچر کمیونیکیشنز۔
