پلانٹ/جانور ڈی نوو جینوم کی ترتیب
سروس کے فوائد
میں ترتیب دینے والے پلیٹ فارمز اور بائیو انفارمیٹکس کی ترقیڈی نووجینوم اسمبلی
(اماراسنگھے ایس ایل وغیرہ،جینوم بائیولوجی، 2020)
● نئے جینومز کی تعمیر اور دلچسپی کی انواع کے لیے موجودہ حوالہ جینوم کو بہتر بنانا۔
● اسمبلی میں اعلیٰ درستگی، تسلسل اور مکمل ہونا
● ترتیب پولیمورفزم، QTLs، جین ایڈیٹنگ، افزائش نسل وغیرہ میں تحقیق کے لیے بنیادی وسائل کی تعمیر۔
● تھرڈ جنریشن سیکوینسنگ پلیٹ فارمز کے مکمل سپیکٹرم سے لیس: ون اسٹاپ جینوم اسمبلی حل
● مختلف خصوصیات کے ساتھ متنوع جینوم کو پورا کرنے والی لچکدار ترتیب اور اسمبلنگ کی حکمت عملی
● انتہائی ہنر مند بایو انفارمیشن ٹیم جس کے پاس پیچیدہ جینوم اسمبلیوں بشمول پولی پلائیڈز، جائنٹ جینومز وغیرہ میں بہترین تجربہ ہے۔
● 900 سے زیادہ کے جمع شدہ شائع شدہ اثر عنصر کے ساتھ 100 سے زیادہ کامیاب کیسز
● کروموزوم کی سطح کے جینوم اسمبلی کے لیے 3 ماہ تک ٹرن آراؤنڈ ٹائم۔
● تجرباتی پہلو اور بایو انفارمیٹکس دونوں میں پیٹنٹ اور سافٹ ویئر کاپی رائٹس کی ایک سیریز کے ساتھ ٹھوس تکنیکی مدد۔
سروس کی تفصیلات
|
مواد
|
پلیٹ فارم
|
لمبائی پڑھیں
|
کوریج
|
| جینوم سروے
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| جینوم کی ترتیب
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi ریڈز
| ≥ 30X
|
| ہائے سی
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
کام کا بہاؤ
نمونے کی ضروریات اور ترسیل
نمونہ کی ضروریات:
| پرجاتیوں | ٹشو | PacBio کے لیے | نانوپور کے لیے |
| جانور | عصبی اعضاء (جگر، تلی، وغیرہ) | ≥ 1.0 گرام | ≥ 3.5 گرام |
| پٹھوں | ≥ 1.5 گرام | ≥ 5.0 گرام | |
| ممالیہ جانوروں کا خون | ≥ 1.5 ملی لیٹر | ≥ 5.0 ملی لیٹر | |
| مچھلی یا پرندوں کا خون | ≥ 0.2 ملی لیٹر | ≥ 0.5 ملی لیٹر | |
| پودے | تازہ پتے | ≥ 1.5 گرام | ≥ 5.0 گرام |
| پنکھڑی یا تنا ۔ | ≥ 3.5 گرام | ≥ 10.0 گرام | |
| جڑیں یا بیج | ≥ 7.0 گرام | ≥ 20.0 گرام | |
| خلیات | سیل کلچر | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
تجویز کردہ نمونے کی ترسیل
کنٹینر: 2 ملی لیٹر سینٹرفیوج ٹیوب (ٹن ورق کی سفارش نہیں کی جاتی ہے)
زیادہ تر نمونوں کے لیے، ہم تجویز کرتے ہیں کہ ایتھنول میں محفوظ نہ کریں۔
نمونہ لیبلنگ: نمونے کو واضح طور پر لیبل لگا ہوا ہونا ضروری ہے اور جمع کرائے گئے نمونے کی معلومات کے فارم سے یکساں ہونا ضروری ہے۔
کھیپ: خشک برف: نمونوں کو پہلے تھیلے میں پیک کرنے اور خشک برف میں دفن کرنے کی ضرورت ہے۔
سروس ورک فلو
تجربہ ڈیزائن
نمونہ کی ترسیل
ڈی این اے نکالنا
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
فروخت کے بعد کی خدمات
*یہاں دکھائے گئے ڈیمو کے نتائج بائیو مارکر ٹیکنالوجیز کے ساتھ شائع ہونے والے جینوم سے ہیں۔
1. کروموسوم کی سطح کے جینوم اسمبلی پر سرکوسجی روٹنڈیفولیئمنانوپور سیکوینسنگ پلیٹ فارم کے ذریعے
وانگ ایم وغیرہ،سالماتی حیاتیات اور ارتقاء، 2021
2. وائننگ رائی جینوم اسمبلی اور تشریح کے اعدادوشمار
لی جی وغیرہ،نیچر جینیٹکس، 2021
3. کی جین کی پیشن گوئیSechium eduleجینوم، پیشین گوئی کے تین طریقوں سے ماخوذ:ڈی نووپیشن گوئی، ہومولوجی پر مبنی پیشن گوئی اور RNA-Seq ڈیٹا پر مبنی پیشن گوئی
فو اے وغیرہ،باغبانی کی تحقیق، 2021
4. تین کاٹن جینوم میں برقرار طویل ٹرمینل کی تکرار کی شناخت
وانگ ایم وغیرہ،سالماتی حیاتیات اور ارتقاء، 2021
5.Hi-C گرمی کا نقشہC. acuminataجینوم جس میں جینوم وسیع تمام تعاملات دکھائے جاتے ہیں۔Hi-C تعاملات کی شدت contigs کے درمیان لکیری فاصلے کے متناسب ہے۔اس گرمی کے نقشے پر ایک صاف سیدھی لکیر کروموسوم پر کونٹیگس کی انتہائی درست اینکرنگ کی نشاندہی کرتی ہے۔(کنٹیگ اینکرنگ ریشو: 96.03%)
کانگ ایم وغیرہ،فطرت مواصلات،2021
بی ایم کے کیس
ایک اعلیٰ معیار کی جینوم اسمبلی رائی کی جینومک خصوصیات اور زرعی لحاظ سے اہم جین کو نمایاں کرتی ہے۔
شائع شدہ: نیچر جینیٹکس، 2021
ترتیب کی حکمت عملی:
جینوم اسمبلی: 20 kb لائبریری کے ساتھ PacBio CLR موڈ (497 Gb، تقریباً 63×)
ترتیب کی اصلاح: ایلومینا پلیٹ فارم پر 270 bp DNA لائبریری (430 Gb، تقریباً 54×) کے ساتھ NGS
کونٹیگس اینکرنگ: ایلومینا پلیٹ فارم پر ہائی-سی لائبریری (560 جی بی، تقریباً 71×)
نظری نقشہ: (779.55 جی بی، تقریباً 99×) بیونانو ایریس پر
کلیدی نتائج
1. ویننگ رائی جینوم کی ایک اسمبلی 7.74 جی بی کے کل جینوم سائز کے ساتھ شائع کی گئی تھی (فلو سائٹومیٹری کے ذریعہ تخمینہ شدہ جینوم سائز کا 98.74٪)۔اس اسمبلی کے سکیفولڈ N50 نے 1.04 Gb حاصل کیا۔93.67% contigs کامیابی کے ساتھ 7 سیوڈو کروموسوم پر لنگر انداز ہوئے۔اس اسمبلی کی جانچ لنکیج میپ، LAI اور BUSCO کے ذریعے کی گئی، جس کے نتیجے میں تمام تشخیصات میں اعلیٰ اسکور حاصل ہوئے۔
2. تقابلی جینومکس پر مزید مطالعات، جینیاتی ربط کا نقشہ، ٹرانسکرپٹومکس اسٹڈیز اس جینوم کی بنیاد پر انجام دی گئیں۔جینومک خصوصیات سے متعلق خصائص کی ایک سیریز کا انکشاف ہوا جس میں جینوم کے وسیع جین کی نقلیں اور نشاستے کے بائیو سنتھیس جینز پر ان کے اثرات شامل ہیں۔پیچیدہ پرولامین لوکی کی جسمانی تنظیم، جین کے اظہار کی خصوصیات جن میں ابتدائی سرخی کی خاصیت اور پوٹیٹو ڈومیسٹیشن سے وابستہ کروموسومل ریجنز اور رائی میں لوکی شامل ہیں۔
 ویننگ رائی جینوم کی جینومک خصوصیات پر سرکوس ڈایاگرام |  رائی جینوم کے ارتقائی اور کروموسوم کی ترکیب کا تجزیہ |
لی، جی، وانگ، ایل، یانگ، جے۔ET رحمہ اللہ تعالی.ایک اعلیٰ معیار کی جینوم اسمبلی رائی کی جینومک خصوصیات اور زرعی لحاظ سے اہم جینز کو نمایاں کرتی ہے۔نیٹ جینیٹ 53،574–584 (2021)۔
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
