-
سنگل نیوکلئس آر این اے کی ترتیب
سنگل سیل کیپچرنگ اور انفرادی لائبریری کی تعمیر کی تکنیک میں پیشرفت جو کہ ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ کے ساتھ مل کر سیل بہ سیل کی بنیاد پر جین کے اظہار کے مطالعے کی اجازت دیتی ہے۔یہ پیچیدہ خلیوں کی آبادی پر ایک گہرے اور مکمل نظام کے تجزیے کو قابل بناتا ہے، جس میں یہ تمام خلیات کی اوسط لے کر ان کی نسبت کو چھپانے سے بڑی حد تک گریز کرتا ہے۔
تاہم، کچھ خلیے واحد خلیے کی معطلی میں بنائے جانے کے لیے موزوں نہیں ہیں، اس لیے نمونے کی تیاری کے دیگر طریقے - ٹشوز سے نیوکلئس نکالنے کی ضرورت ہے، یعنی نیوکلئس کو براہ راست ٹشوز یا سیل سے نکالا جاتا ہے اور سنگل نیوکلئس سسپینشن میں تیار کیا جاتا ہے۔ سیل کی ترتیب
BMK 10× جینومکس کرومیم ٹی ایم پر مبنی سنگل سیل آر این اے سیکوینسنگ سروس فراہم کرتا ہے۔اس سروس کو بیماری سے متعلق مطالعات میں بڑے پیمانے پر استعمال کیا گیا ہے، جیسے کہ مدافعتی خلیوں کی تفریق، ٹیومر کی نسبت، بافتوں کی نشوونما وغیرہ۔
مقامی ٹرانسکرپٹوم چپ: 10× جینومکس
پلیٹ فارم: Illumina NovaSeq پلیٹ فارم
-
پلانٹ/جانوروں کے مکمل جینوم کی ترتیب
مکمل جینوم کی دوبارہ ترتیب، جسے WGS بھی کہا جاتا ہے، پورے جینوم پر عام اور نایاب دونوں تغیرات کو ظاہر کرنے کے قابل بناتا ہے جس میں سنگل نیوکلیوٹائڈ پولیمورفزم (SNP)، انسرشن ڈیلیٹیشن (InDel)، ساخت میں تغیر (SV)، اور کاپی نمبر ویری ایشن (CNV) شامل ہیں۔ )۔SVs SNPs کے مقابلے میں تغیر کی بنیاد کا ایک بڑا حصہ بناتے ہیں اور جینوم پر زیادہ اثر ڈالتے ہیں، جس کا جانداروں پر نمایاں اثر پڑتا ہے۔طویل پڑھنے سے ریسکیونسنگ بڑے ٹکڑوں اور پیچیدہ تغیرات کی زیادہ درست شناخت کی اجازت دیتی ہے کیونکہ طویل پڑھنا پیچیدہ خطوں جیسے کہ ٹینڈم ریپیٹس، GC/AT سے بھرپور خطوں اور ہائپر متغیر خطوں پر کروموسومل عبور کرنا بہت آسان بنا دیتا ہے۔
پلیٹ فارم: Illumina، PacBio، Nanopore
-
BMKMANU S1000 Spatial Transscriptome
مقامی ٹرانسکرپٹومکس سائنسی اختراع میں سب سے آگے ہے، محققین کو بااختیار بناتا ہے کہ وہ اپنے مقامی سیاق و سباق کو محفوظ رکھتے ہوئے بافتوں کے اندر پیچیدہ جین کے اظہار کے نمونوں کو تلاش کریں۔مختلف پلیٹ فارمز کے درمیان، BMKGene نے BMKManu S1000 Spatial Transscriptome چپ تیار کی ہے،بہتر قرارداد5µM کا، سب سیلولر رینج تک پہنچنا، اور فعال کرناملٹی لیول ریزولوشن سیٹنگز.S1000 چپ، جس میں تقریباً 2 ملین جگہیں ہیں، مائیکرو ویلز کو استعمال کرتی ہے جن پر موتیوں کی پرتوں سے بھری ہوئی جگہ جگہ بارکوڈڈ کیپچر پروبس ہوتے ہیں۔ایک cDNA لائبریری، جو کہ مقامی بارکوڈز سے بھرپور ہے، S1000 چپ سے تیار کی گئی ہے اور بعد میں Illumina NovaSeq پلیٹ فارم پر ترتیب دی گئی ہے۔مقامی طور پر بارکوڈ شدہ نمونوں اور UMIs کا مجموعہ تیار کردہ ڈیٹا کی درستگی اور خصوصیت کو یقینی بناتا ہے۔BMKManu S1000 چپ کا منفرد وصف اس کی استعداد میں پنہاں ہے، جو ملٹی لیول ریزولوشن سیٹنگز پیش کرتا ہے جو مختلف ٹشوز اور تفصیل کی سطحوں کے ساتھ باریک طریقے سے ہم آہنگ ہو سکتے ہیں۔یہ مطابقت پذیری چپ کو متنوع مقامی ٹرانسکرپٹومکس اسٹڈیز کے لیے ایک بہترین انتخاب کے طور پر رکھتی ہے، جس سے کم سے کم شور کے ساتھ عین مطابق مقامی کلسٹرنگ کو یقینی بنایا جاتا ہے۔
BMKManu S1000 چپ اور دیگر مقامی ٹرانسکرپٹومکس ٹیکنالوجیز کا استعمال کرتے ہوئے، محققین خلیات کی مقامی تنظیم اور بافتوں کے اندر پائے جانے والے پیچیدہ مالیکیولر تعاملات کی بہتر تفہیم حاصل کر سکتے ہیں، جس سے مختلف شعبوں میں حیاتیاتی عمل کے زیر اثر میکانزم کے بارے میں انمول بصیرت فراہم کی جا سکتی ہے۔ آنکولوجی، نیورو سائنس، ترقیاتی حیاتیات، امیونولوجی اور بوٹینیکل اسٹڈیز۔
پلیٹ فارم: BMKManu S1000 چپ اور Illumina NovaSeq
-
10x جینومکس ویزیم اسپیشل ٹرانسکرپٹوم
مقامی ٹرانسکرپٹومکس ایک جدید ٹیکنالوجی ہے جو محققین کو اپنے مقامی سیاق و سباق کو محفوظ رکھتے ہوئے ٹشوز کے اندر جین کے اظہار کے نمونوں کی چھان بین کرنے کی اجازت دیتی ہے۔اس ڈومین میں ایک طاقتور پلیٹ فارم 10x جینومکس ویزیم ہے جس کے ساتھ ایلومینا سیکوینسنگ ہے۔10X Visium کا اصول ایک مخصوص چپ پر ہے جس میں ایک مخصوص کیپچر ایریا ہے جہاں ٹشو سیکشن رکھے گئے ہیں۔اس کیپچر ایریا میں بار کوڈ والے دھبے ہوتے ہیں، ہر ایک ٹشو کے اندر ایک منفرد مقامی مقام کے مطابق ہوتا ہے۔ٹشو سے پکڑے گئے RNA مالیکیولز کو پھر ریورس ٹرانسکرپشن کے عمل کے دوران منفرد مالیکیولر شناخت کنندگان (UMIs) کے ساتھ لیبل لگایا جاتا ہے۔یہ بارکوڈڈ اسپاٹس اور UMIs ایک خلیے کے ریزولوشن میں جین کے اظہار کی درست مقامی نقشہ سازی اور مقدار درست کرنے کے قابل بناتے ہیں۔مقامی طور پر بارکوڈ شدہ نمونوں اور UMIs کا مجموعہ تیار کردہ ڈیٹا کی درستگی اور خصوصیت کو یقینی بناتا ہے۔اس اسپیشل ٹرانسکرپٹومکس ٹیکنالوجی کا استعمال کرکے، محققین خلیات کی مقامی تنظیم اور ٹشوز کے اندر پائے جانے والے پیچیدہ مالیکیولر تعاملات کے بارے میں گہری سمجھ حاصل کر سکتے ہیں، جس میں متعدد شعبوں میں حیاتیاتی عمل کے بنیادی میکانزم کے بارے میں انمول بصیرت پیش کی جا سکتی ہے، بشمول آنکولوجی، نیورو سائنس، ترقیاتی حیاتیات، امیونولوجی۔ ، اور نباتاتی مطالعہ۔
پلیٹ فارم: 10X جینومکس ویزیم اور ایلومینا نووا سیق
-
مکمل لمبائی ایم آر این اے سیکوینسنگ-نانوپور
اگرچہ NGS پر مبنی mRNA کی ترتیب جین کے اظہار کی مقدار کے لیے ایک ورسٹائل ٹول کے طور پر کام کرتی ہے، لیکن مختصر پڑھنے پر اس کا انحصار پیچیدہ ٹرانسکرومیٹک تجزیوں میں اس کی افادیت کو محدود کرتا ہے۔دوسری طرف نینو پور کی ترتیب، طویل پڑھی جانے والی ٹکنالوجی کو استعمال کرتی ہے، جس سے پوری لمبائی کے mRNA ٹرانسکرپٹس کی ترتیب کو قابل بنایا جاتا ہے۔یہ نقطہ نظر متبادل سپلائینگ، جین فیوژن، پولی ایڈنیلیشن، اور mRNA isoforms کی مقدار کو درست کرنے کی ایک جامع تلاش کی سہولت فراہم کرتا ہے۔
نینو پور کی ترتیب نینو پور سنگل مالیکیول ریئل ٹائم برقی سگنلز پر انحصار کرتی ہے۔موٹر پروٹین کی رہنمائی میں، دوہرے پھنسے ہوئے ڈی این اے بائیو فلم میں سرایت شدہ نینو پور پروٹینز سے منسلک ہوتے ہیں، جب یہ وولٹیج کے فرق کے تحت نینو پور چینل سے گزرتا ہے تو کھل جاتا ہے۔ڈی این اے اسٹرینڈ پر مختلف اڈوں سے پیدا ہونے والے مخصوص برقی سگنلز کو حقیقی وقت میں تلاش کیا جاتا ہے اور ان کی درجہ بندی کی جاتی ہے، جو درست اور مسلسل نیوکلیوٹائڈ کی ترتیب کی سہولت فراہم کرتے ہیں۔یہ اختراعی نقطہ نظر مختصر پڑھنے کی حدود پر قابو پاتا ہے اور پیچیدہ جینومک تجزیہ کے لیے ایک متحرک پلیٹ فارم فراہم کرتا ہے، جس میں پیچیدہ ٹرانسکرپٹومک اسٹڈیز شامل ہیں۔
پلیٹ فارم: نانوپور پرومیتھیون P48
-
مکمل لمبائی mRNA کی ترتیب -PacBio
جب کہ NGS پر مبنی mRNA کی ترتیب جین کے اظہار کی مقدار درست کرنے کے لیے ایک ورسٹائل ٹول ہے، لیکن مختصر پڑھنے پر اس کا انحصار پیچیدہ ٹرانسکرومیٹک تجزیوں میں اس کے استعمال کو محدود کرتا ہے۔دوسری طرف PacBio سیکوینسنگ (Iso-Seq)، طویل پڑھی جانے والی ٹکنالوجی کو استعمال کرتی ہے، جس سے پوری لمبائی کے mRNA ٹرانسکرپٹس کی ترتیب کو قابل بنایا جاتا ہے۔یہ نقطہ نظر متبادل سپلائینگ، جین فیوژن اور پولی ایڈنیلیشن کی ایک جامع تلاش کی سہولت فراہم کرتا ہے حالانکہ یہ جین کے اظہار کی مقدار کے لیے بنیادی انتخاب نہیں ہے، جس کی وجہ سے ڈیٹا کی زیادہ مقدار درکار ہے۔
PacBio سیکوینسنگ ٹیکنالوجی سنگل مالیکیول، ریئل ٹائم (SMRT) سیکوینسنگ پر انحصار کرتی ہے، جو پوری لمبائی کے mRNA ٹرانسکرپٹس کو حاصل کرنے میں ایک الگ فائدہ فراہم کرتی ہے۔اس اختراعی انداز میں زیرو موڈ ویو گائیڈز (ZMWs)، مائیکرو فیبریکیٹڈ کنویں کا استعمال شامل ہے جو ترتیب کے دوران DNA پولیمریز سرگرمی کے حقیقی وقت کے مشاہدے کو قابل بناتا ہے۔ان ZMWs کے اندر، PacBio کا DNA پولیمریز DNA کے ایک تکمیلی اسٹرینڈ کی ترکیب کرتا ہے، جس سے لمبی ریڈز تیار ہوتی ہیں جو mRNA ٹرانسکرپٹس پر محیط ہوتی ہیں۔سرکلر کنسنسس سیکوینسنگ (CCS) موڈ میں PacBio آپریشن ایک ہی مالیکیول کو بار بار ترتیب دے کر درستگی کو بڑھاتا ہے۔تیار کردہ HiFi ریڈز میں NGS کے مقابلے کی درستگی ہے، جو پیچیدہ ٹرانسکرپٹومک خصوصیات کے جامع اور قابل اعتماد تجزیہ میں مزید تعاون کرتی ہے۔پلیٹ فارم: PacBio سیکوئل II
-
یوکریاٹک ایم آر این اے سیکوینسنگ-ایلومینا۔
mRNA کی ترتیب مخصوص حالات کے تحت خلیوں کے اندر تمام mRNA ٹرانسکرپٹس کی جامع پروفائلنگ کو تقویت دیتی ہے۔یہ جدید ٹیکنالوجی ایک طاقتور ٹول کے طور پر کام کرتی ہے، پیچیدہ جین ایکسپریشن پروفائلز، جین ڈھانچے، اور متنوع حیاتیاتی عمل سے وابستہ مالیکیولر میکانزم کی نقاب کشائی کرتی ہے۔بنیادی تحقیق، طبی تشخیص، اور منشیات کی نشوونما میں وسیع پیمانے پر اپنایا گیا، mRNA کی ترتیب سیلولر ڈائنامکس اور جینیاتی ضابطے کی پیچیدگیوں کے بارے میں بصیرت پیش کرتی ہے۔
پلیٹ فارم: Illumina NovaSeq X
-
غیر حوالہ پر مبنی mRNA تسلسل-Illumina
mRNA کی ترتیب مخصوص حالات کے تحت خلیوں کے اندر تمام mRNA ٹرانسکرپٹس کی جامع پروفائلنگ کو تقویت دیتی ہے۔یہ جدید ٹیکنالوجی ایک طاقتور ٹول کے طور پر کام کرتی ہے، پیچیدہ جین ایکسپریشن پروفائلز، جین ڈھانچے، اور متنوع حیاتیاتی عمل سے وابستہ مالیکیولر میکانزم کی نقاب کشائی کرتی ہے۔بنیادی تحقیق، طبی تشخیص، اور منشیات کی نشوونما میں وسیع پیمانے پر اپنایا گیا، mRNA کی ترتیب سیلولر ڈائنامکس اور جینیاتی ضابطے کی پیچیدگیوں کے بارے میں بصیرت پیش کرتی ہے۔
پلیٹ فارم: Illumina NovaSeq X
-
لمبی نان کوڈنگ سیکوینسنگ-ایلومینا۔
لانگ نان کوڈنگ RNAs (lncRNAs) 200 نیوکلیوٹائڈز سے زیادہ طویل RNAs ہیں جو کم سے کم کوڈنگ کی صلاحیت رکھتے ہیں اور نان کوڈنگ RNA کے اندر اہم عناصر ہیں۔نیوکلئس اور سائٹوپلازم میں پائے جانے والے، یہ آر این اے ایپی جینیٹک، ٹرانسکرپشن اور پوسٹ ٹرانسکرپشن ریگولیشن میں اہم کردار ادا کرتے ہیں، جو سیلولر اور سالماتی عمل کی تشکیل میں ان کی اہمیت کو واضح کرتے ہیں۔LncRNA کی ترتیب سیل کی تفریق، Ontogenesis، اور انسانی بیماریوں میں ایک طاقتور ٹول ہے۔
پلیٹ فارم: Illumina NovaSeq
-
چھوٹے آر این اے کی ترتیب - ایلومینا۔
چھوٹے RNA (sRNA) مالیکیولز، عام طور پر لمبائی میں 200 نیوکلیوٹائڈز سے کم، مائیکرو آر این اے (miRNAs)، چھوٹے مداخلت کرنے والے RNAs (siRNAs)، اور piwi-interacting RNAs (piRNAs) شامل ہیں۔ان میں سے، miRNAs، تقریباً 20-24 نیوکلیوٹائڈز لمبے، خاص طور پر مختلف سیلولر عمل میں ان کے اہم ریگولیٹری کرداروں کے لیے قابل ذکر ہیں۔ٹشو سے متعلق مخصوص اور مرحلے سے متعلق اظہار کے نمونوں کے ساتھ، miRNAs مختلف انواع میں اعلی تحفظ کی نمائش کرتے ہیں۔
پلیٹ فارم: Illumina NovaSeq
-
سرک آر این اے سیکوینسنگ-ایلومینا۔
سرکلر آر این اے سیکوینسنگ (سرکلر آر این اے سیک) سرکلر آر این اے کی پروفائل اور تجزیہ کرنا ہے، آر این اے مالیکیولز کی ایک کلاس جو غیر کینونیکل سپلائینگ واقعات کی وجہ سے بند لوپ بناتی ہے، ان آر این اے کو بڑھتی ہوئی استحکام فراہم کرتی ہے۔جب کہ کچھ سرک آر این اے کو مائیکرو آر این اے سپنج کے طور پر کام کرتے ہوئے دکھایا گیا ہے، مائیکرو آر این اے کو الگ کرتے ہیں اور انہیں اپنے ہدف کے ایم آر این اے کو منظم کرنے سے روکتے ہیں، دوسرے سرک این اے پروٹین کے ساتھ تعامل کرسکتے ہیں، جین کے اظہار کو ماڈیول کرسکتے ہیں، یا سیلولر عمل میں کردار ادا کرسکتے ہیں۔سرک آر این اے ایکسپریشن تجزیہ ان مالیکیولز کے ریگولیٹری کرداروں اور مختلف سیلولر پروسیسز، نشوونما کے مراحل، اور بیماری کے حالات میں ان کی اہمیت کے بارے میں بصیرت فراہم کرتا ہے، جو جین کے اظہار کے تناظر میں آر این اے ریگولیشن کی پیچیدگی کی گہرائی سے سمجھنے میں معاون ہے۔
-
مکمل ٹرانسکرپٹوم کی ترتیب - ایلومینا۔
مکمل ٹرانسکرپٹوم کی ترتیب متنوع RNA مالیکیولز کی پروفائلنگ کے لیے ایک جامع نقطہ نظر پیش کرتی ہے، جس میں کوڈنگ (mRNA) اور نان کوڈنگ RNAs (lncRNA، circRNA، اور miRNA) دونوں شامل ہیں۔یہ تکنیک ایک مخصوص لمحے میں مخصوص خلیوں کے مکمل ٹرانسکروم کو حاصل کرتی ہے، جس سے سیلولر عمل کی مکمل تفہیم ہوتی ہے۔اسے "ٹوٹل آر این اے سیکوینسنگ" کے نام سے بھی جانا جاتا ہے، اس کا مقصد ٹرانسکرپٹوم کی سطح پر پیچیدہ ریگولیٹری نیٹ ورکس کی نقاب کشائی کرنا ہے، جس سے گہرائی سے تجزیہ جیسے مسابقتی اینڈوجینس آر این اے (سی آر این اے) اور مشترکہ آر این اے تجزیہ کو قابل بنایا جائے۔یہ فنکشنل کریکٹرائزیشن کی طرف ابتدائی قدم کی نشاندہی کرتا ہے، خاص طور پر circRNA-miRNA-mRNA پر مبنی ceRNA تعاملات پر مشتمل ریگولیٹری نیٹ ورکس کو کھولنے میں۔
