Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
ورک فلو
لائبریری کی تیاری پر بہترین انزائم کے انتخاب کی ضمانت دینے کے لیے سروس میں سلیکو میں کچھ پہلے سے ڈیزائن کیا گیا ہے۔
تکنیکی اسکیم
سروس کی خصوصیات
● PE150 کے ساتھ NovaSeq پر ترتیب۔
● ڈبل بار کوڈنگ کے ساتھ لائبریری کی تیاری، 1000 سے زیادہ نمونوں کو جمع کرنے کے قابل بنانا۔
● حوالہ جینوم سے آزاد:
حوالہ جینوم کے ساتھ: SNP اور InDel دریافت
حوالہ جینوم کے بغیر: نمونہ کلسٹرنگ اور SNP دریافت
● میںسلیکو میںپہلے سے ڈیزائن کے مرحلے میں متعدد پابندی والے انزائم کے امتزاج کو تلاش کیا جاتا ہے جو جینوم کے ساتھ SLAF ٹیگز کی یکساں تقسیم پیدا کرتے ہیں۔
● پری تجربے کے دوران، 9 SLAF لائبریریوں کو بنانے کے لیے 3 نمونوں میں تین انزائم کے امتزاج کی جانچ کی جاتی ہے، اور اس معلومات کو پروجیکٹ کے لیے بہترین پابندی والے انزائم کے امتزاج کو منتخب کرنے کے لیے استعمال کیا جاتا ہے۔
سروس کے فوائد
●اعلی جینیاتی مارکر کی دریافت: ہم ایک اعلی تھرو پٹ ڈبل بار کوڈ سسٹم کو مربوط کرتے ہیں جس سے بڑی آبادیوں کی بیک وقت ترتیب، اور لوکس کے مخصوص ایمپلیفیکیشن کی کارکردگی میں اضافہ ہوتا ہے، اس بات کو یقینی بناتے ہوئے کہ ٹیگ نمبر مختلف تحقیقی سوالات کی متنوع ضروریات کو پورا کرتے ہیں۔
● جینوم پر کم انحصار: یہ حوالہ جینوم کے ساتھ یا اس کے بغیر پرجاتیوں پر لاگو کیا جا سکتا ہے۔
●لچکدار اسکیم ڈیزائن: سنگل انزائم، ڈوئل انزائم، ملٹی اینزائم ہاضمہ، اور مختلف قسم کے انزائمز کو مختلف تحقیقی اہداف یا پرجاتیوں کو پورا کرنے کے لیے منتخب کیا جا سکتا ہے۔
● انزیمیٹک عمل انہضام میں اعلی کارکردگی: ایک کی ترسیلسلیکو میںپہلے سے ڈیزائن اور پہلے سے تجربہ کروموسوم (1 SLAF ٹیگ/4Kb) پر SLAF ٹیگز کی تقسیم کے ساتھ بہترین ڈیزائن کی یقین دہانی کراتے ہیں اور تکراری ترتیب کو کم کرتے ہیں (<5%)۔
●وسیع مہارت: ہم ہر پروجیکٹ میں تجربے کا خزانہ لاتے ہیں، جس میں پودوں، ستنداریوں، پرندوں، کیڑے مکوڑوں اور آبی جانداروں سمیت سینکڑوں انواع پر 5000 SLAF-Seq پروجیکٹس کو بند کرنے کا ٹریک ریکارڈ ہے۔
● خود تیار شدہ بایو انفارمیٹک ورک فلو: ہم نے حتمی آؤٹ پٹ کی وشوسنییتا اور درستگی کو یقینی بنانے کے لیے SLAF-Seq کے لیے ایک مربوط بایو انفارمیٹک ورک فلو تیار کیا ہے۔
سروس کی وضاحتیں
| تجزیہ کی قسم | تجویز کردہ آبادی کا پیمانہ | ترتیب کی حکمت عملی | |
| ٹیگ کی ترتیب کی گہرائی | ٹیگ نمبر | ||
| جینیاتی نقشے | 2 والدین اور> 150 اولاد | والدین: 20x WGS اولاد: 10x | جینوم سائز: <400 Mb: WGS کی سفارش کی جاتی ہے۔ <1Gb: 100K ٹیگز 1-2Gb:: 200K ٹیگز >2Gb: 300K ٹیگز زیادہ سے زیادہ 500k ٹیگز |
| جینوم وائیڈ ایسوسی ایشن اسٹڈیز (GWAS) | ≥200 نمونے | 10x | |
| جینیاتی ارتقاء | ≥30 نمونے، ہر ذیلی گروپ سے>10 نمونوں کے ساتھ | 10x | |
سروس کے تقاضے
ارتکاز ≥ 5 ng/µL
کل رقم ≥ 80 این جی
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Agarose جیل: کوئی یا محدود ہراس یا آلودگی
تجویز کردہ نمونے کی ترسیل
کنٹینر: 2 ملی لیٹر سینٹرفیوج ٹیوب
(زیادہ تر نمونوں کے لیے، ہم تجویز کرتے ہیں کہ ایتھنول میں محفوظ نہ کریں)
نمونہ لیبلنگ: نمونے کو واضح طور پر لیبل لگا ہوا ہونا ضروری ہے اور جمع کرائے گئے نمونے کی معلومات کے فارم سے یکساں ہونا ضروری ہے۔
کھیپ: خشک برف: نمونوں کو پہلے تھیلے میں پیک کرنے اور خشک برف میں دفن کرنے کی ضرورت ہے۔
سروس ورک فلو
نمونہ QC
پائلٹ تجربہ
SLAF - تجربہ
لائبریری کی تیاری
ترتیب دینا
ڈیٹا تجزیہ
فروخت کے بعد کی خدمات
ہمارے بایو انفارمیٹیکل تجزیہ پر مشتمل ہے:
ڈیٹا QC اور ڈیٹا کو تراشنا N-rich ریڈز، اڈاپٹر ریڈز یا کم کوالٹی ریڈز کو ہٹانے کے لیے۔
کلین ریڈ کا دوسرا کوالٹی کنٹرول بیس ڈسٹری بیوشن، سیکونس کوالٹی اور ڈیٹا اسسمنٹ کو چیک کرنے کے لیے پڑھتا ہے، بلکہ ہاضمہ کی کارکردگی اور حاصل کردہ داخلوں کو بھی چیک کرتا ہے۔
ایک بار پڑھنے کی جانچ پڑتال کے بعد، دو اختیارات ہیں:
- حوالہ جینوم کی نقشہ سازی۔
- حوالہ جینوم کے بغیر: کلسٹرنگ
اس کے بعد، SLAF ٹیگز کا تجزیہ مارکر کی دریافت میں مدد کے لیے کچھ مختلف کالنگ کرنے کے لیے استعمال کیا جاتا ہے: SNP، InDel، SNV، CV کالنگ اور تشریح
کروموسوم پر SLAF ٹیگز کی تقسیم:
کروموسوم پر SNPs کی تقسیم:
SNP تشریح
جیانگ ایس، لی ایس، لوو جے، وانگ ایکس اور شی سی (2023) پھلوں کے پکنے کے دوران چینی کے مواد کا QTL میپنگ اور ٹرانسکرپٹوم تجزیہپائرس پائری فولیا.سامنے والا۔ پلانٹ سائنس14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022)۔ st1 کی شناخت ایک انتخاب کو ظاہر کرتی ہے جس میں سویا بین پالنے کے دوران بیجوں کی شکل اور تیل کے مواد کی ہچکنگ شامل ہے۔پلانٹ بائیو ٹیکنالوجی جرنل، 20(6)، 1110-1121۔ https://doi.org/10.1111/pbi.13791
سو، پی، ژانگ، ایکس، وانگ، ایکس۔وغیرہجینوم کی ترتیب اور عام کارپ کی جینیاتی تنوع،سائپرنس کارپیو.نیٹ جینیٹ 46، 1212–1219 (2014)۔ https://doi.org/10.1038/ng.3098
زوانگ، ڈبلیو، چن، ایچ، یانگ، ایم.وغیرہکاشت شدہ مونگ پھلی کا جینوم پھلی کیریوٹائپس، پولی پلائیڈ ارتقاء اور فصلوں کے پالنے کے بارے میں بصیرت فراہم کرتا ہے۔نیٹ جینیٹ 51، 865–876 (2019)۔ https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| سال | جرنل | IF | عنوان | ایپلی کیشنز |
| 2022 | فطرت مواصلات | 17.694 | ٹری پیونی کے گیگا کروموسوم اور گیگا جینوم کی جینومک بنیاد Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | نیا Phytologist | 7.433 | میں زرعی اہمیت کے حامل جینومک علاقوں میں گھریلو قدموں کے نشانات سویابین | SLAF-GWAS |
| 2022 | جرنل آف ایڈوانسڈ ریسرچ | 12.822 | G. hirsutum میں Gossypium barbadense کی جینوم وسیع مصنوعی مداخلت کپاس کے ریشے کے معیار اور پیداوار میں بیک وقت بہتری کے لیے اعلیٰ مقام ظاہر کریں۔ خصلتیں | SLAF - ارتقائی جینیات |
| 2019 | مالیکیولر پلانٹ | 10.81 | آبادی کا جینومک تجزیہ اور ڈی نوو اسمبلی ویڈی کی اصلیت کو ظاہر کرتی ہے۔ ایک ارتقائی کھیل کے طور پر چاول | SLAF - ارتقائی جینیات |
| 2019 | نیچر جینیٹکس | 31.616 | عام کارپ، سائپرنس کارپیو کی جینوم کی ترتیب اور جینیاتی تنوع | SLAF-لنکیج کا نقشہ |
| 2014 | نیچر جینیٹکس | 25.455 | کاشت شدہ مونگ پھلی کا جینوم پھلی کیریوٹائپس، پولی پلائیڈ کے بارے میں بصیرت فراہم کرتا ہے ارتقاء اور فصل پالنے. | SLAF-لنکیج کا نقشہ |
| 2022 | پلانٹ بائیو ٹیکنالوجی جرنل | 9.803 | ST1 کی شناخت سے ایک انتخاب کا پتہ چلتا ہے جس میں بیجوں کی شکل میں تبدیلی شامل ہے۔ اور سویا بین پالنے کے دوران تیل کا مواد | SLAF-مارکر کی ترقی |
| 2022 | بین الاقوامی جرنل آف مالیکیولر سائنسز | 6.208 | گندم-Leymus mollis 2Ns (2D) کے لیے شناخت اور ڈی این اے مارکر کی ترقی ڈسوومک کروموسوم متبادل | SLAF-مارکر کی ترقی |
| سال | جرنل | IF | عنوان | ایپلی کیشنز |
| 2023 | پلانٹ سائنس میں فرنٹیئرز | 6.735 | Pyrus pyrifolia کے پھلوں کے پکنے کے دوران چینی کے مواد کا QTL میپنگ اور ٹرانسکرپٹوم تجزیہ | جینیاتی نقشہ |
| 2022 | پلانٹ بائیو ٹیکنالوجی جرنل | 8.154 | ST1 کی شناخت ایک انتخاب کو ظاہر کرتی ہے جس میں سویا بین پالنے کے دوران بیج کی شکل اور تیل کے مواد کو روکنا شامل ہے۔
| SNP کالنگ |
| 2022 | پلانٹ سائنس میں فرنٹیئرز | 6.623 | خشک سالی کے ماحول میں ہل لیس بریلی فینوٹائپس کی جینوم وائیڈ ایسوسی ایشن میپنگ۔
| جی ڈبلیو اے ایس |
