10x Genomics Visium Spatial Transscriptome
Xususiyatlari
● Ruxsat: 100 µM
● Spot diametri: 55 µM
● Dog'lar soni: 4992
● Rasmga olish maydoni: 6,5 x 6,5 mm
● Har bir shtrix-kodli nuqta 4 qismdan iborat primerlar bilan yuklanadi:
- mRNKni tayyorlash va cDNK sintezi uchun poli(dT) dum
- Noyob molekulyar identifikator (UMI).
- Fazoviy shtrix-kod
- qisman o'qilgan 1 ketma-ketlik primerining bog'lash ketma-ketligi
● Bo'limlarni H&E bo'yash
Afzalliklar
●Bir martalik xizmat: barcha tajriba va mahoratga asoslangan qadamlarni, jumladan, krio-kesimlash, bo'yash, to'qimalarni optimallashtirish, fazoviy shtrix kodlash, kutubxona tayyorlash, ketma-ketlik va bioinformatikani birlashtiradi.
● Yuqori malakali texnik jamoa: 250 dan ortiq to'qimalar turlari va 100 dan ortiq turlar, shu jumladan odam, sichqoncha, sutemizuvchilar, baliqlar va o'simliklar bo'yicha tajribaga ega.
●Butun loyiha bo'yicha real vaqtda yangilanish: eksperimental rivojlanishni to'liq nazorat qilish bilan.
●Keng qamrovli standart bioinformatika:Paket 29 ta tahlil va 100 dan ortiq yuqori sifatli raqamlarni o'z ichiga oladi.
●Shaxsiylashtirilgan ma'lumotlarni tahlil qilish va vizualizatsiya qilish: turli tadqiqot so'rovlari uchun mavjud.
●Yagona hujayrali mRNK ketma-ketligi bilan ixtiyoriy qo'shma tahlil
Texnik xususiyatlari
| Namuna talablari | Kutubxona | Ketma-ketlik strategiyasi | Ma'lumotlar tavsiya etiladi | Sifat nazorati |
| OCT-ko'milgan krio namunalari, FFPE namunalari (Optimal diametri: taxminan 6x6x6 mm3) Har bir namuna uchun 3 blok | 10X Visium cDNA kutubxonasi | Illumina PE150 | Har bir nuqta uchun 50K PE o'qishi (60 Gb) | RIN>7 |
Namuna tayyorlash bo'yicha ko'rsatmalar va xizmat ko'rsatish jarayoni haqida batafsil ma'lumot olish uchun iltimos, a bilan suhbatlashingBMKGENE mutaxassisi
Xizmatning ish jarayoni
Namuna tayyorlash bosqichida yuqori sifatli RNKni olishni ta'minlash uchun dastlabki ommaviy RNK ekstraktsiyasi sinovi o'tkaziladi.To'qimalarni optimallashtirish bosqichida bo'limlar bo'yaladi va vizualizatsiya qilinadi va to'qimalardan mRNKni chiqarish uchun o'tkazuvchanlik shartlari optimallashtiriladi.Keyinchalik optimallashtirilgan protokol kutubxonani qurishda qo'llaniladi, keyin ketma-ketlik va ma'lumotlarni tahlil qilish.
To'liq xizmat ish jarayoni loyihaning uzluksiz bajarilishini ta'minlab, javob qaytaruvchi teskari aloqa aylanishini ta'minlash uchun real vaqt rejimida yangilanishlar va mijozning tasdiqlashlarini o'z ichiga oladi.
Quyidagi tahlillarni o'z ichiga oladi:
Ma'lumotlar sifatini nazorat qilish:
o Ma'lumotlar chiqishi va sifat ko'rsatkichlarini taqsimlash
o Har bir nuqtada genni aniqlash
o To'qimalarni qoplash
Ichki namuna tahlili:
o Genlarning boyligi
o Spot klasterlash, shu jumladan qisqartirilgan o'lchamlarni tahlil qilish
o Klasterlar orasidagi differentsial ifoda tahlili: marker genlarini identifikatsiyalash
o Funktsional annotatsiya va marker genlarini boyitish
Guruhlararo tahlil
o Ikkala namunadagi dog'larni qayta birlashtirish (masalan, kasal va nazorat) va qayta klaster
o Har bir klaster uchun marker genlarini aniqlash
o Funktsional annotatsiya va marker genlarini boyitish
o Guruhlar orasidagi bir xil klasterning differentsial ifodasi
Ichki namuna tahlili
Spot klasterlash
Marker genlarini aniqlash va fazoviy taqsimlash
Guruhlararo tahlil
Ikkala guruh va qayta klasterdan ma'lumotlar kombinatsiyasi
Yangi klasterlarning marker genlari
10X Visium tomonidan BMKGene-ning fazoviy transkriptomika xizmati tomonidan taqdim etilgan yutuqlarni ushbu taniqli nashrlarda o'rganing:
Chen, D. va boshqalar.(2023) 'mthl1, sutemizuvchilarning adezyon GPCRlarining potentsial Drosophila gomologi, pashshalarda AOK qilingan onkogen hujayralarga qarshi o'sma reaktsiyalarida ishtirok etadi', Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. va boshqalar.(2023) 'STEEL fazoviy-vaqt transkriptomik ma'lumotlarini yuqori aniqlikdagi belgilash imkonini beradi', Bioinformatika bo'yicha brifinglar, 24(2), 1-10-betlar.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. va boshqalar.(2022) "Orkide gullari rivojlanishida organogenezning fazoviy-zamoniy atlasi", Nuklein kislotalar tadqiqoti, 50(17), 9724–9737-betlar.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Vang, J. va boshqalar.(2023) "Fazal transkriptomikani va bir yadroli RNK ketma-ketligini integratsiyalash bachadon leyomiyomasi uchun potentsial terapevtik strategiyalarni ochib beradi", Xalqaro biologik fanlar jurnali, 19(8), 2515–2530-betlar.doi: 10.7150/IJBS.83510.
