16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Xizmat xususiyatlari
● Sequencing platformasi: Illumina NovaSeq.
● 16S, 18S va ITS qisqa hududlarini kuchaytirish, boshqa kuchaytirish maqsadlari qatorida.
● Amplikonning moslashuvchan tanlovlari.
● Bir nechta kuchaytirish maqsadlari bilan oldingi loyiha tajribasi.
Xizmat afzalliklari
●Izolyatsiyasiz:Atrof-muhit namunalarida mikrob tarkibini tezkor aniqlash.
●Yuqori aniqlik: Atrof-muhit namunalarida kam miqdorda komponentlarda.
●Keng qo'llanilishi: Turli mikroblar jamiyatini o'rganish.
●Keng qamrovli bioinformatik tahlil: Ma'lumotlar bazasi, izohlar, OTU/ASV nuqtai nazaridan turli tahlillarga ega so'nggi QIIME2 to'plami (mikrobial ekologiya bo'yicha miqdoriy tushuncha).
●Keng ekspertiza: Har yili o'tkaziladigan 150 ming amplikon ketma-ketligi loyihalari bilan BMKGENE o'n yillik tajriba, yuqori malakali tahlil guruhi, keng qamrovli tarkib va sotuvdan keyingi mukammal yordamni olib keladi.
Xizmat spetsifikatsiyalari
| Kutubxona | Ketma-ketlik strategiyasi | Ma'lumotlar tavsiya etiladi |
| Amplikon | Illumina PE250 | 50/100/300K teglar (juftlarni o'qish) |
Xizmatga qo'yiladigan talablar
| Konsentratsiya (ng/µL) | Jami miqdor (ng) | Hajmi (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Tuproq/loy: 1-2g
● Ichak tarkibi-hayvon: 0,5-2g
● Ichak tarkibi-hasharotlar: 0,1-0,25g
● O'simlik yuzasi (boyitilgan cho'kindi): 0,1-0,5 g
● Fermentatsiya bulyoni boyitilgan cho'kma): 0,1-0,5 g
● Najas (yirik hayvonlar): 0,5-2 g
● Najas (sichqoncha): 3-5 dona
● O'pka alveolyar yuvish suyuqligi: filtr qog'ozi
● Vaginal tampon: 5-6 tampon
● Teri/genital tampon/so‘lak/og‘iz bo‘shlig‘i yumshoq to‘qimasi/faringeal tampon/rektal tampon: 2-3 tampon
● Yuzaki mikroorganizmlar: filtr qog'ozi
● Suv tanasi/havo/biofilm: filtr qog'ozi
● Endofitlar: 1-2 g
● Tish plastinkasi: 0,5-1 g
Xizmat ish oqimi
Namuna yetkazib berish
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
Quyidagi tahlillarni o'z ichiga oladi:
- Xom ma'lumotlar sifatini nazorat qilish
- OTU klasterlash / De-shovqin (ASV)
- OTU izohi
- Alfa xilma-xilligini tahlil qilish: bir nechta indekslar, jumladan, Shannon, Simpson va ACE.
- Beta xilma-xillik tahlili
- Guruhlararo tahlil
- Korrelyatsiya tahlili: atrof-muhit omillari va OUT tarkibi va xilma-xilligi o'rtasidagi
- 16S funktsional genini bashorat qilish
Taksonomik taqsimotning gistogrammasi
taksonomik mo'llik klasterlash issiqlik xaritasi
Alfa xilma-xilligini tahlil qilish: kamdan-kam uchraydigan egri chiziq
beta xilma-xillik tahlili: NMDS
Guruhlararo tahlil: LEFSE biomarkerining kashfiyoti
BMKGene kompaniyasining Illumina bilan amplikonlarni ketma-ketlashtirish xizmatlari tomonidan yaratilgan yutuqlarni saralangan nashrlar to'plami orqali o'rganing.
Dong, C. va boshqalar. (2022) 'Eucommia ulmoidesda rizosfera tuproq va qobig'i mikrobiotalarining yig'ilishi, asosiy mikrobiotasi va funktsiyasi', Mikrobiologiyadagi chegaralar, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. va boshqalar. (2023) "Sichqonlarda Gardnerella vaginalis tomonidan qo'zg'atilgan bakterial vaginozni davolash uchun sintetik bakterial konsortsium transplantatsiyasi", Microbiome, 11(1), 1-14-betlar. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. va Liu, H. (2022) "Oy saroyi 365" yerga asoslangan yopiq bioregenerativ hayotni qo'llab-quvvatlash tajribasi davomida to'plangan havo changining mikrobiomalari', Atrof-muhit mikrobiomlari, 17(1), 1-20-betlar. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. va boshqalar. (2022) "Azot transformatsiyasi bilan bog'liq funktsional genlarning xom ashyoga bog'liq ko'pligi kompostlashda azot yo'qotilishini nazorat qiladi", Bioresurs texnologiyasi, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
