16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Xizmat afzalliklari
● Atrof-muhit namunalarida mikrobial tarkibni izolyatsiyasiz va tezkor aniqlash
● Atrof-muhit namunalarida kam miqdorda komponentlarda yuqori aniqlik
● Ma'lumotlar bazasi, izohlar, OTU/ASV nuqtai nazaridan turli tahlillar bilan oqimni tahlil qiluvchi so'nggi QIIME2.
● Yuqori o'tkazuvchanlik, yuqori aniqlik
● Turli mikrobial hamjamiyat tadqiqotlari uchun qo'llaniladi
● BMK tuproq, suv, gaz, loy, najas, ichak, teri, fermentatsiya bulyoni, hasharotlar, o'simliklar va boshqalarni qoplaydigan 100 000 dan ortiq namunalar bilan katta tajribaga ega.
● BMKCloud 45 ta moslashtirilgan tahlil vositalarini o'z ichiga olgan ma'lumotlarni talqin qilishni osonlashtirdi
Xizmat spetsifikatsiyalari
| Ketma-ketlikPlatforma | Kutubxona | Tavsiya etilgan ma'lumotlar rentabelligi | Taxminiy aylanish vaqti |
| Illumina NovaSeq platformasi | PE250 | 50K/100K/300K teglar | 30 kun |
Bioinformatika tahlillari
● Xom ma'lumotlar sifatini nazorat qilish
● OTU klasterlash/De-shovqin (ASV)
● OTU izohi
● Alfa xilma-xilligi
● Beta xilma-xilligi
● Guruhlararo tahlil
● Eksperimental omillarga nisbatan assotsiatsiya tahlili
● Funksiya genini bashorat qilish
Namuna talablari va yetkazib berish
Namuna talablari:
UchunDNK ekstraktlari:
| Namuna turi | Miqdori | Diqqat | Tozalik |
| DNK ekstraktlari | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/ml | OD260/280= 1,6-2,5 |
Atrof-muhit namunalari uchun:
| Namuna turi | Tavsiya etilgan namuna olish tartibi |
| Tuproq | Namuna miqdori: taxminan.5 g;Qolgan qurigan moddani sirtdan olib tashlash kerak;Katta bo'laklarni maydalang va 2 mm filtrdan o'ting;Bronlash uchun steril EP-naycha yoki cyrotubedagi alikot namunalari. |
| Najas | Namuna miqdori: taxminan.5 g;Namunalarni bron qilish uchun steril EP-naycha yoki kriotubeda to'plang va alikot qiling. |
| Ichak tarkibi | Namunalar aseptik sharoitda qayta ishlanishi kerak.Yig'ilgan to'qimalarni PBS bilan yuving;PBSni santrifüj qiling va cho'kmani EP-naychalarga to'plang. |
| Loy | Namuna miqdori: taxminan.5 g;Loy namunasini zahiraga olish uchun steril EP-naycha yoki kriotubeda to'plang va alikotlang. |
| Suv havzasi | Miqdori cheklangan mikroorganizmlarga ega boʻlgan namuna uchun, masalan, vodoprovod suvi, quduq suvi va boshqalar, kamida 1 litr suv toʻplang va membranadagi mikroblarni boyitish uchun 0,22 mkm filtrdan oʻtkazing.Membranani steril naychada saqlang. |
| Teri | Teri yuzasini steril paxta tampon yoki jarrohlik pichoq bilan ehtiyotkorlik bilan qirib tashlang va uni steril naychaga joylashtiring. |
Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish
Namunalarni suyuq azotda 3-4 soat davomida muzlatib qo'ying va suyuq azotda yoki -80 darajadan uzoq muddatli saqlash uchun saqlang.Quruq muz bilan namuna jo'natish talab qilinadi.
Xizmat ish oqimi
Namuna yetkazib berish
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
1.Turlarning tarqalishi
2.Issiqlik xaritasi: Turlarning boyligi klasterlanishi
3.Rare fraktsiya egri chizig'i
4. NMDS tahlili
5. Lefse tahlili
BMK ishi
2-toifa qandli diabet bilan og'rigan va bo'lmagan semiz odamlar turli xil ichak mikrobial funktsional imkoniyatlari va tarkibiga ega.
Nashr etilgan:Hujayra xosti va mikrob, 2019
Ketma-ketlik strategiyasi:
Qandli diabet bo'lmagan yog'siz (n=633);Qandli diabet bo'lmagan semizlik (n=494);2-toifa semiz diabet (n=153);
Maqsadli hudud: 16S rDNA V1-V2
Platforma: Illumina Miseq (NGS asosidagi amplikon ketma-ketligi)
DNK ekstraktlarining quyi to'plami Illumina Hiseqda metagenomik ketma-ketlikka duchor bo'ldi
Asosiy natijalar
Ushbu metabolik kasalliklarning mikrobial profillari muvaffaqiyatli farqlandi.
16S sekvensiyasi natijasida hosil bo'lgan mikrobial xususiyatlarni solishtirganda, semirish mikrob tarkibidagi o'zgarishlar, individual xususiyatlar, ayniqsa Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes va boshqalarning sezilarli darajada pasayishi bilan bog'liqligi aniqlandi. Bundan tashqari, T2D Escherichia/shigella ko'payishi bilan bog'liqligi aniqlandi. .
Malumot
Thingholm, LB va boshqalar."2-toifa qandli diabet bilan og'rigan va bo'lmagan semiz odamlar turli xil ichak mikrobial funktsional imkoniyatlarini va tarkibini ko'rsatadilar."Hujayra xosti va mikrob26.2 (2019).
