Mahsulotlar

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

16S va 18S rRNKning yuqori darajada saqlanib qolgan va oʻta oʻzgaruvchan hududlarni oʻz ichiga olgan subunit prokaryotik va eukaryotik organizmlarni aniqlash uchun mukammal molekulyar barmoq izi hisoblanadi.Sekvensiyadan foydalangan holda, bu amplikonlarni saqlangan qismlarga asoslangan holda nishonga olish mumkin va giper o'zgaruvchan hududlar mikrobial identifikatsiya qilish uchun to'liq tavsiflanishi mumkin, bu mikrobial xilma-xillikni tahlil qilish, taksonomiya, filogeniya va boshqalarni qamrab oladigan tadqiqotlarga hissa qo'shadi. Yagona molekulali real vaqt rejimi (SMRT) ) PacBio platformasining ketma-ketligi to'liq uzunlikdagi amplikonlarni (taxminan 1,5 Kb) qamrab oladigan yuqori aniqlikdagi uzoq o'qishlarni olish imkonini beradi.Genetik maydonning keng ko'rinishi bakteriyalar yoki zamburug'lar jamoasida turlar annotatsiyasining aniqligini sezilarli darajada oshirdi.

Platforma:PacBio davomi II

Biz bilan bog'lanish

Xizmat tafsilotlari

Namoyish natijalari

Case Study

Xizmat afzalliklari

● 16S/18S/ITS toʻliq uzunlikdagi ketma-ketlikni koʻrsatadigan uzoq oʻqishlar

● PacBio CCS rejimi ketma-ketligi bilan yuqori aniqlikdagi asosiy chaqiruv

● OTU/ASV izohida tur darajasidagi ruxsat

● Ma'lumotlar bazasi, izohlar, OTU/ASV nuqtai nazaridan turli tahlillar bilan oqimni tahlil qiluvchi so'nggi QIIME2.

● Turli mikrobial hamjamiyat tadqiqotlari uchun qo'llaniladi

● BMK tuproq, suv, gaz, loy, najas, ichak, teri, fermentatsiya bulyoni, hasharotlar, o'simliklar va boshqalarni qoplaydigan 100 000 dan ortiq namunalar bilan katta tajribaga ega.

● BMKCloud 45 ta moslashtirilgan tahlil vositalarini o'z ichiga olgan ma'lumotlarni talqin qilishni osonlashtirdi

Xizmat spetsifikatsiyalari

Ketma-ketlikPlatforma	Kutubxona	Tavsiya etilgan maʼlumotlar	Qaytish vaqti
PacBio davomi II	SMRT-qo'ng'iroq	5K/10K/20K teglar	44 ish kuni

Bioinformatika tahlillari

● Xom ma'lumotlar sifatini nazorat qilish

● OTU klasterlash/De-shovqin (ASV)

● OTU izohi

● Alfa xilma-xilligi

● Beta xilma-xilligi

● Guruhlararo tahlil

● Eksperimental omillarga nisbatan assotsiatsiya tahlili

● Funksiya genini bashorat qilish

Namuna talablari va yetkazib berish

Namuna talablari:

UchunDNK ekstraktlari:

Namuna turi	Miqdori	Diqqat	Tozalik
DNK ekstraktlari	＞ 1 mkg	＞ 20 ng/ml	OD260/280= 1,6-2,5

Atrof-muhit namunalari uchun:

Namuna turi	Tavsiya etilgan namuna olish tartibi
Tuproq	Namuna miqdori: taxminan.5 g;Qolgan qurigan moddani sirtdan olib tashlash kerak;Katta bo'laklarni maydalang va 2 mm filtrdan o'ting;Bronlash uchun steril EP-naycha yoki cyrotubedagi alikot namunalari.
Najas	Namuna miqdori: taxminan.5 g;Namunalarni bron qilish uchun steril EP-naycha yoki kriotubeda to'plang va alikot qiling.
Ichak tarkibi	Namunalar aseptik sharoitda qayta ishlanishi kerak.Yig'ilgan to'qimalarni PBS bilan yuving;PBSni santrifüj qiling va cho'kmani EP-naychalarga to'plang.
Loy	Namuna miqdori: taxminan.5 g;Loy namunasini zahiraga olish uchun steril EP-naycha yoki kriotubeda to'plang va alikotlang.
Suv havzasi	Miqdori cheklangan mikroorganizmlarga ega boʻlgan namuna uchun, masalan, vodoprovod suvi, quduq suvi va boshqalar, kamida 1 litr suv toʻplang va membranadagi mikroblarni boyitish uchun 0,22 mkm filtrdan oʻtkazing.Membranani steril naychada saqlang.
Teri	Teri yuzasini steril paxta tampon yoki jarrohlik pichoq bilan ehtiyotkorlik bilan qirib tashlang va uni steril naychaga joylashtiring.

Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish

Namunalarni suyuq azotda 3-4 soat davomida muzlatib qo'ying va suyuq azotda yoki -80 darajadan uzoq muddatli saqlash uchun saqlang.Quruq muz bilan namuna jo'natish talab qilinadi.

Xizmat ish oqimi

Namuna yetkazib berish

Kutubxona qurilishi

Ketma-ketlik

Ma'lumotlarni tahlil qilish

Sotishdan keyingi xizmatlar

Oldingi: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Keyingisi: Yuqori o'tkazuvchanlik ketma-ketligi bilan transpozazadan foydalanish mumkin bo'lgan xromatinni tahlil qilish (ATAC-seq)

1.V3+V4(Illumina) asosidagi mikrobial hamjamiyat profilining izohlash tezligi va toʻliq uzunlikdagi (PacBio) asosidagi profillash.
(Statistikaga tasodifiy tanlangan 30 ta loyiha ma'lumotlari qo'llanildi)

2.Har xil namuna turlarida turlar darajasida toʻliq uzunlikdagi amplikon ketma-ketligining izohlash tezligi

3.Turlarning tarqalishi

4. Filogenetik daraxt

BMK ishi

Arsenik ta'siri ichak to'sig'ining shikastlanishiga olib keladi va natijada o'rdaklarda jigarning yallig'lanishi va piroptoziga olib keladigan ichak-jigar o'qi faollashadi.

Nashr etilgan:Umumiy atrof-muhit haqidagi fan,2021 yil

Ketma-ketlik strategiyasi:

Namunalar: 8 mg/kg ATO taʼsir etuvchi guruhga qarshi nazorat
Ketma-ketlik ma'lumotlari: jami 102 583 ta CCS ketma-ketligi
Nazorat: 54,518 ± 747 samarali CCS
ATO ta'sirida: 45,050 ± 1675 samarali CCS

Asosiy natijalar

Alfa xilma-xilligi:ATO ta'siri o'rdaklardagi ichak mikrobial boyligi va xilma-xilligini sezilarli darajada o'zgartirdi.

Metastatlarni tahlil qilish:
Filum darajasida: 2 bakteriya filasi faqat nazorat guruhlarida aniqlanadi
Jins darajasida: 6 avlod nisbatan ko'pligi bo'yicha sezilarli darajada farq qilgan
Turlar darajasida: jami 36 tur aniqlangan, ulardan 6 tasi relaviv ko'pligi bo'yicha sezilarli darajada farq qiladi.

Malumot

Thingholm, LB va boshqalar."2-toifa qandli diabet bilan og'rigan va bo'lmagan semiz odamlar turli xil ichak mikrobial funktsional imkoniyatlarini va tarkibini ko'rsatadilar."Hujayra xosti va mikrob26.2 (2019).