To'liq uzunlikdagi mRNK ketma-ketligi - PacBio
Xizmat afzalliklari
● 3'-uchidan 5'-uchgacha to'liq uzunlikdagi cDNK molekulasini to'g'ridan-to'g'ri o'qish
● ketma-ketlik strukturasidagi izo-forma darajasidagi ruxsat
● Yuqori aniqlik va yaxlitlikka ega transkriptlar
● Vaiours turlariga juda mos keladi
● 4 ta PacBio Sequel II sekvensiya platformasi bilan jihozlangan katta sekvensiya sig‘imi
● 700 dan ortiq Pacbio asosidagi RNK sekvensiyasi loyihalarida yuqori tajribaga ega
● BMKCloud asosidagi natijalarni yetkazib berish: Platformada moslashtirilgan ma'lumotlarni qidirish mavjud.
● Sotishdan keyingi xizmatlar loyiha tugagandan keyin 3 oy davomida amal qiladi
Xizmat spetsifikatsiyalari
Platforma: PacBio Sequel II
Sekvensiya kutubxonasi: Poly A bilan boyitilgan mRNK kutubxonasi
Tavsiya etilgan maʼlumotlar hajmi: 20 Gb/namuna (turlarga qarab)
FLNC（%）: ≥75%
*FLNC: To'liq uzunlikdagi kimerik bo'lmagan transkriptlar
Bioinformatika tahlillari
● Xom ma'lumotlarni qayta ishlash
● Transkriptni aniqlash
● Ketma-ketlik tuzilishi
● Ifoda miqdorini aniqlash
● Funktsiya izohi
Namuna talablari va yetkazib berish
Namuna talablari:
Nukleotidlar:
| Kons.(ng/ml) | Miqdori (mkg) | Tozalik | Butunlik |
| ≥ 120 | ≥ 0,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Jelda ko'rsatilgan protein yoki DNK ifloslanishi cheklangan yoki yo'q. | O'simliklar uchun: RIN≥7,5; Hayvonlar uchun: RIN≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; cheklangan yoki asosiy balandlikning yo'qligi |
To'qima: Og'irligi (quruq):≥1 g
*5 mg dan kichik to'qimalar uchun muzlatilgan (suyuq azotda) to'qima namunasini yuborish tavsiya etiladi.
Hujayra suspenziyasi:Hujayralar soni = 3×106- 1×107
* Muzlatilgan hujayra lizatini jo'natishni tavsiya qilamiz.Agar bu hujayra 5×10 dan kichik bo'lsa5, suyuq azotda muzlatilgan flesh tavsiya etiladi, bu mikro ekstraktsiya uchun afzaldir.
Qon namunalari:Hajmi≥1 ml
Mikroorganizm:Massasi ≥ 1 g
Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish
Idish:
2 ml santrifüj naychasi (qalay folga tavsiya etilmaydi)
Namuna belgilari: Guruh+takrorlash, masalan, A1, A2, A3;B1, B2, B3 ......
Yuk tashish:
1. Quruq muz: namunalar qoplarga solib, quruq muzga ko'milishi kerak.
2. RNK barqaror naychalar: RNK namunalari RNK stabilizatsiya trubkasida (masalan, RNAstable®) quritilishi va xona haroratida yuborilishi mumkin.
Xizmat ish oqimi
Tajriba dizayni
Namuna yetkazib berish
RNK ekstraktsiyasi
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
1.FLNC uzunligi taqsimoti
To'liq uzunlikdagi ximerik bo'lmagan o'qish (FLNC) uzunligi kutubxona qurilishidagi cDNK uzunligini ko'rsatadi.FLNC uzunligi taqsimoti kutubxona qurilishi sifatini baholashda hal qiluvchi ko'rsatkichdir.
FLNC o'qish uzunligi taqsimoti
2.ORF mintaqasi uzunligini to'liq taqsimlash
Biz TransDecoder-dan barcha namunalarda to'liq ortiqcha bo'lmagan transkript ma'lumotlarini o'z ichiga olgan unigen to'plamlarini yaratish uchun oqsillarni kodlash hududlarini va tegishli aminokislotalar ketma-ketligini bashorat qilish uchun foydalanamiz.
ORF mintaqasi uzunligini to'liq taqsimlash
3.KEGG yo'lini boyitish tahlili
Differentsial ifodalangan transkriptlarni (DET) NGS asosidagi RNK ketma-ketligi ma'lumotlarini PacBio sekvensiyasi ma'lumotlari tomonidan yaratilgan to'liq uzunlikdagi transkript to'plamlarida tekislash orqali aniqlash mumkin.Ushbu DETlar turli funktsional tahlillar uchun, masalan, KEGG yo'lini boyitish tahlili uchun qayta ishlanishi mumkin.
DET KEGG yo'lini boyitish -Nuqta syujeti
BMK ishi
Populus poyasi transkriptomining rivojlanish dinamikasi
Nashr etilgan: O'simliklar biotexnologiyasi jurnali, 2019 yil
Ketma-ketlik strategiyasi:
Namuna to'plami:ildiz hududlari: Nanlin895 dan cho'qqi, birinchi tugunlararo (IN1), ikkinchi tugunlararo (IN2), uchinchi internod (IN3), internod (IN4) va internode (IN5)
NGS ketma-ketligi:15 kishining RNKsi bitta biologik namuna sifatida birlashtirildi.Har bir nuqtaning uchta biologik nusxasi NGS ketma-ketligi uchun ishlangan
TGS ketma-ketligi:Poya hududlari uchta hududga bo'lingan, ya'ni apeks, IN1-IN3 va IN4-IN5.Har bir mintaqa to'rt turdagi kutubxonalar bilan PacBio sekvensiyasi uchun qayta ishlandi: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb va 3-10 kb.
Asosiy natijalar
1. Jami 87150 ta toʻliq metrajli transkriptlar aniqlandi, ularda 2081 ta yangi izoformlar va 62058 ta yangi muqobil qoʻshilgan izoformlar aniqlandi.
2.1187 lncRNA va 356 termoyadroviy genlar aniqlandi.
3.Birlamchi o'sishdan ikkilamchi o'sishga qadar 995 ta differensial ifodalangan genlardan 15838 ta differentsial ifodalangan transkript aniqlandi.Barcha DEGlarda 1216 ta transkripsiya omillari bo'lib, ularning aksariyati hali xabar qilinmagan.
4.GO boyitish tahlili birlamchi va ikkilamchi o'sishda hujayra bo'linishi va oksidlanish-qaytarilish jarayonining ahamiyatini aniqladi.
Muqobil birlashma hodisalari va turli izoformlar
Transkripsiya omillari bo'yicha WGCNA tahlili
Malumot
Chao Q, Gao ZF, Zhang D va boshqalar.Populus poyasi transkriptomining rivojlanish dinamikasi.Plant Biotechnol J. 2019;17(1):206-219.doi: 10.1111/pbi.12958
