Eukaryotik mRNK ketma-ketligi - Illumina
Afzalliklar
ØYuqori tajribaga ega: BMKda 200 000 dan ortiq namunalar, jumladan, hujayra madaniyati, to'qimalar, tana suyuqliklari va boshqalarni o'z ichiga olgan turli xil namunalarni qamrab olgan va 7 000 dan ortiq mRNK-Seq loyihalari turli tadqiqot sohalarini qamrab olgan holda qayta ishlandi.
ØQattiq sifat nazorati tizimi: Yuqori sifatli natijalarga erishish uchun namuna tayyorlash, kutubxona tayyorlash, ketma-ketlik va bioinformatika kabi barcha bosqichlar orqali asosiy sifat nazorati punktlari yaqin nazorat ostida.
ØTurli tadqiqot maqsadlariga erishish uchun funktsiyalarni izohlash va boyitish bo'yicha tadqiqotlar uchun bir nechta ma'lumotlar bazalari mavjud.
ØSotishdan keyingi xizmatlar: Sotishdan keyingi xizmatlar loyiha tugagandan so'ng 3 oy davomida amal qiladi, jumladan, loyihalarni kuzatish, muammolarni bartaraf etish, savollar va javoblar va boshqalar.
Namuna talablari va yetkazib berish
| Kutubxona | Ketma-ketlik strategiyasi | Ma'lumotlar tavsiya etiladi | Sifat nazorati |
| Poli A boyitilgan | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Namuna talablari:
Nukleotidlar:
| Tozalik | Butunlik | Miqdori |
| OD260/280≥1,7-2,5 OD260/230≥0,5-2,5Jelda ko'rsatilgan oqsil yoki DNK ifloslanishi cheklangan yoki yo'q. | O'simliklar uchun: RIN≥6,5; Hayvonlar uchun: RIN≥7;28S/18S≥1,0; chegaralangan yoki boshlang'ich balandligi yo'q | Kons.≥30 ng/mkl;Hajmi ≥ 10 mkl;Jami ≥ 1,5 mkg |
To'qima: Og'irligi (quruq):≥1 g
*5 mg dan kichik to'qimalar uchun muzlatilgan (suyuq azotda) to'qimalar namunasini yuborish tavsiya etiladi.
Hujayra suspenziyasi:Hujayralar soni = 3×106- 1×107
* Muzlatilgan hujayra lizatini jo'natishni tavsiya qilamiz.Agar hujayralar soni 5 × 105 dan kichik bo'lsa, suyuq azotda muzlatilgan flesh tavsiya etiladi, bu mikro ekstraktsiya uchun afzalroqdir.
Qon namunalari:Hajmi≥1 ml
Mikroorganizm:Massasi ≥ 1 g
Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish
Idish: 2 ml santrifüj naychasi (qalay folga tavsiya etilmaydi)
Namuna belgilari: Guruh+takrorlash, masalan, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Yuk tashish:
- Quruq muz: namunalar qoplarga solib, quruq muzga ko'milishi kerak.
- RNK barqaror naychalari: RNK namunalari RNK stabilizatsiya trubkasida (masalan, RNAstable®) quritilishi va xona haroratida jo'natilishi mumkin.
Xizmat ish oqimi
Tajriba dizayni
Namuna yetkazib berish
RNK ekstraktsiyasi
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
Bioinformatika
Eukaryotik mRNK ketma-ketligini tahlil qilish ish jarayoni
Bioinformatika
ØXom ma'lumotlar sifatini nazorat qilish
ØYo'naltiruvchi genomning moslashuvi
ØTranskript tuzilishi tahlili
ØIfoda miqdorini aniqlash
ØDifferensial ifoda tahlili
ØFunktsiyani izohlash va boyitish
1.mRNK ma'lumotlarining to'yinganligi egri chizig'i
2.Differensial ifoda tahlili-Vulkan syujeti
3.DEGs bo'yicha KEGG annotatsiyasi
4.DEGlar bo'yicha GO tasnifi
