To'liq uzunlikdagi mRNA ketma-ketligi-Nanopore
Xususiyatlari
● Poli-A mRNKni ushlash, keyin esa kDNK sintezi va kutubxona tayyorlash
● To'liq transkriptlarning ketma-ketligi
● Malumot genomiga moslashtirishga asoslangan bioinformatik tahlil
● Bioinformatik tahlil nafaqat gen va izoform darajasida ifodalanishni, balki lncRNA, genlarning birikishi, poliadenillanish va gen tuzilishini tahlil qilishni ham o'z ichiga oladi.
Xizmat ko'rsatishning afzalliklari
●Izoform darajasida ifoda miqdorini aniqlash: batafsil va aniq ifoda tahlilini amalga oshirish imkonini beradi, butun gen ifodasini tahlil qilishda niqoblanishi mumkin bo'lgan o'zgarishlarni ochib beradi
●Ma'lumotlarga talabning kamayishi:Keyingi avlod ketma-ketligi (NGS) bilan taqqoslaganda, Nanopore ketma-ketligi pastroq ma'lumotlar talablarini namoyish etadi, bu esa kichikroq ma'lumotlar bilan gen ekspressiyasi miqdorini to'yintirishning ekvivalent darajalarini ta'minlaydi.
●Ifoda miqdorini aniqlashning yuqori aniqligi: ham gen, ham izoform darajasida
●Qo'shimcha transkriptomik ma'lumotlarni aniqlashmuqobil poliadenillanish, termoyadroviy genlar va lcnRNK hamda ularning maqsadli genlari
●Keng qamrovli ekspertizaBizning jamoamiz har bir loyihaga boy tajriba olib keladi, 850 dan ortiq Nanopore to'liq metrajli transkriptom loyihalarini yakunladi va 8000 dan ortiq namunalarni qayta ishladi.
●Sotishdan keyingi qo'llab-quvvatlashBizning majburiyatimiz loyihani yakunlashdan tashqari, 3 oylik sotishdan keyingi xizmat ko'rsatish muddatini ham o'z ichiga oladi. Shu vaqt ichida biz loyihani kuzatib borish, muammolarni bartaraf etishda yordam berish va natijalar bilan bog'liq har qanday savollarga javob berish uchun savol-javob sessiyalarini taklif etamiz.
Namuna talablari va yetkazib berish
| Kutubxona | Ketma-ketlik strategiyasi | Tavsiya etilgan ma'lumotlar | Sifat nazorati |
| Poli A bilan boyitilgan | Nanopore PromethION 48 | 6/12 Gb | O'rtacha sifat balli: Q10 |
Namuna talablari:
Nukleotidlar:
| Konsentratsiya (ng/mkl) | Miqdori (mkg) | Poklik | Halollik |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Gelda oqsil yoki DNK ifloslanishi cheklangan yoki umuman ko'rsatilmagan. | O'simliklar uchun: RIN≥7.0; Hayvonlar uchun: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; cheklangan yoki bazaviy balandlik yo'q |
● O'simliklar:
Ildiz, poya yoki gulbarg: 450 mg
Barg yoki urug': 300 mg
Meva: 1,2 g
● Hayvon:
Yurak yoki ichak: 300 mg
Ichki organlar yoki miya: 240 mg
Mushak: 450 mg
Suyaklar, sochlar yoki teri: 1 g
● Bo'g'imayaklar:
Hasharotlar: 6 g
Qisqichbaqasimonlar: 300 mg
● To'liq qon: 1 naycha
● Hujayralar: 106 hujayralar
Tavsiya etilgan namunaviy yetkazib berish
Idish: 2 ml santrifuga naychasi (qalay folga tavsiya etilmaydi)
Namunaviy yorliqlash: Guruh+replikatsiya, masalan, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Yuk tashish:
1. Quruq muz: Namunalar paketlarga solinishi va quruq muzga ko'milishi kerak.
2. RNKga barqaror naychalar: RNK namunalari RNK stabilizatsiya naychasida (masalan, RNKstabil®) quritilishi va xona haroratida jo'natilishi mumkin.
Xizmat ko'rsatish ish oqimi
Nukleotidlar:
Namuna yetkazib berish
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlar tahlili
Sotishdan keyingi xizmatlar
Xizmat ko'rsatish ish oqimi
To'qima:
Tajriba dizayni
Namuna yetkazib berish
RNK ekstrakti
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlar tahlili
Sotishdan keyingi xizmatlar
● Xom ma'lumotlarni qayta ishlash
● Transkriptni identifikatsiya qilish
● Muqobil splaysing
● Gen darajasida va izoform darajasida ifoda miqdorini aniqlash
● Differensial ifoda tahlili
● Funksiyalarni annotatsiya qilish va boyitish (DEG va DET)
Muqobil splaysing tahlili
Muqobil poliadenilatsiya tahlili (APA)
lncRNA bashorati
Yangi genlarning izohi
DETlarni klasterlash
DEGlardagi oqsil-oqsil tarmoqlari
BMKGene'ning Nanopore to'liq metrajli mRNA sekvenlash xizmatlari tomonidan taqdim etilgan yutuqlarni tanlangan nashrlar to'plami orqali o'rganing.
Gong, B. va boshqalar. (2023) 'Gliomada onkogen sifatida sekretor kinaz FAM20C ning epigenetik va transkripsiyaviy faollashuvi', Genetika va Genomika jurnali, 50(6), 422–433-betlar. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. va boshqalar. (2023) 'IFN-γ ga javob beradigan limfotsitlarning to'liq uzunlikdagi transkriptom ketma-ketligi kambala (Paralichthys olivaceus) da Th1 ga o'xshash immun javobni ochib beradi', Fish & Mollfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. va boshqalar. (2023) 'Nemopilema Nomurai zaharini aniqlash uchun PacBio va ONT RNK ketma-ketlik usullarining qiyosiy tahlili', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. va boshqalar. (2023) 'Nano-seq tahlili hUMSC dan olingan ekzosomalar va mikrovezikulalar o'rtasidagi turli funktsional tendentsiyani aniqlaydi', Ildiz hujayralari tadqiqotlari va terapiyasi, 14(1), 1–13-betlar. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
