-
O'simlik/Hayvon De novo genom ketma-ketligi
De novosekvensiya deganda sekvensiya texnologiyalaridan foydalangan holda turning butun genomini qurish tushuniladi, masalan, PacBio, Nanopore, NGS va boshqalar, referent genom bo'lmaganda.Uchinchi avlod sekvensiyasi texnologiyalarining o'qish uzunligining sezilarli yaxshilanishi murakkab genomlarni yig'ishda yangi imkoniyatlar yaratdi, masalan, yuqori heterozigotlik, takrorlanuvchi hududlarning yuqori nisbati, poliploidlar va boshqalar. O'qish uzunligi o'nlab kilobazalar darajasida, bu ketma-ketlikni o'qish imkonini beradi takrorlanuvchi elementlarni, g'ayritabiiy GC tarkibiga ega bo'lgan hududlarni va boshqa juda murakkab hududlarni hal qilish.
Platforma: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C asosidagi Genom Assambleyasi
Hi-C - yaqinlikka asoslangan o'zaro ta'sirlarni tekshirish va yuqori o'tkazuvchanlik ketma-ketligini birlashtirish orqali xromosoma konfiguratsiyasini olish uchun mo'ljallangan usul.Ushbu o'zaro ta'sirlarning intensivligi xromosomalardagi jismoniy masofa bilan salbiy bog'liq deb ishoniladi.Shuning uchun, Hi-C ma'lumotlari qoralama genomda yig'ilgan ketma-ketliklarni klasterlash, tartibga solish va yo'naltirish va ularni ma'lum miqdordagi xromosomalarga bog'lashda yordam berishi mumkin.Ushbu texnologiya populyatsiyaga asoslangan genetik xarita bo'lmaganda xromosoma darajasidagi genom yig'ilishini kuchaytiradi.Har bir genomga Hi-C kerak.
Platforma: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evolyutsion genetika
Evolyutsion genetika - bu SNP, InDels, SV va CNVlarni o'z ichiga olgan genetik o'zgarishlarga asoslangan berilgan materiallarning evolyutsion ma'lumotlarini keng qamrovli talqin qilish uchun mo'ljallangan to'plangan ketma-ketlik xizmati.Unda populyatsiyalar tuzilishi, genetik xilma-xillik, filogenez munosabatlari va boshqalar kabi evolyutsion oʻzgarishlar va irsiy xususiyatlarni tavsiflash uchun zarur boʻlgan barcha fundamental tahlillar mavjud. Unda shuningdek, populyatsiyaning samarali hajmini, divergentsiya vaqtini baholash imkonini beruvchi genlar oqimi boʻyicha tadqiqotlar ham mavjud.
-
Qiyosiy genomika
Qiyosiy genomika tom ma'noda turli turlarning to'liq genom ketma-ketligi va tuzilmalarini solishtirishni anglatadi.Ushbu intizom turli turlarda saqlanib qolgan yoki farqlanadigan ketma-ketlik tuzilmalari va elementlarni aniqlash orqali genom darajasida turlar evolyutsiyasini, gen funktsiyasini, genlarni tartibga solish mexanizmini ochib berishga qaratilgan.Odatda qiyosiy genomik tadqiqotlar genlar oilasi, evolyutsion rivojlanish, butun genomning ko'payishi, selektiv bosim va boshqalardagi tahlillarni o'z ichiga oladi.
-
Ommaviy Segregant tahlili
Ommaviy segregant tahlili (BSA) fenotip bilan bog'liq genetik belgilarni tezda aniqlash uchun qo'llaniladigan usuldir.BSA ning asosiy ish jarayoni juda qarama-qarshi fenotiplarga ega bo'lgan ikki guruh shaxslarni tanlashni, DNKning ikkita asosiy qismini hosil qilish uchun barcha shaxslarning DNKsini birlashtirishni, ikkita hovuz orasidagi differentsial ketma-ketlikni aniqlashni o'z ichiga oladi.Ushbu usul o'simlik/hayvon genomlaridagi maqsadli genlar bilan kuchli bog'langan genetik belgilarni aniqlashda keng qo'llanilgan.
