Hi-C asosidagi genom yig'ilishi
Hi-C - bu yaqinlikka asoslangan o'zaro ta'sirlar va yuqori o'tkazuvchanlik ketma-ketligini birlashtirish orqali xromosoma konfiguratsiyasini aniqlash uchun mo'ljallangan usul. Ushbu o'zaro ta'sirlarning intensivligi xromosomalardagi jismoniy masofa bilan salbiy bog'liq deb ishoniladi. Shuning uchun, Hi-C ma'lumotlari loyiha genomida yig'ilgan ketma-ketliklarni klasterlash, tartiblash va yo'naltirishni boshqarish va ularni ma'lum miqdordagi xromosomalarga mahkamlash uchun ishlatiladi. Ushbu texnologiya populyatsiyaga asoslangan genetik xarita bo'lmagan taqdirda xromosoma darajasidagi genom yig'ilishini ta'minlaydi. Har bir genom Hi-C ga muhtoj.
Xizmat xususiyatlari
● Illumina NovaSeq da PE150 bilan ketma-ketlikni aniqlash.
● Xizmat formaldegid bilan o'zaro bog'lanish va DNK-oqsil o'zaro ta'sirini saqlab qolish uchun ekstraktsiyalangan nuklein kislotalar o'rniga to'qima namunalarini talab qiladi.
● Hi-C tajribasi yopishqoq uchlarini biotin bilan cheklash va ta'mirlashni, so'ngra o'zaro ta'sirlarni saqlab qolgan holda hosil bo'lgan to'mtoq uchlarini aylana shaklida shakllantirishni o'z ichiga oladi. Keyin DNK streptavidin boncuklari bilan tortib olinadi va keyingi kutubxona tayyorlash uchun tozalanadi.
Xizmat ko'rsatishning afzalliklari
Hi-C ga umumiy nuqtai nazar
(Lieberman-Aiden E va boshqalar,Fan, 2009)
●Genetik populyatsiya ma'lumotlariga bo'lgan ehtiyojni bartaraf etish:Hi-C contig langarlash uchun zarur bo'lgan asosiy ma'lumotlarni almashtiradi.
●Yuqori marker zichligi:bu 90% dan yuqori yuqori kontig ankraj nisbatiga olib keladi.
●Keng qamrovli ekspertiza va nashr yozuvlari:BMKGene 1000 xil turdan olingan 2000 dan ortiq Hi-C genom yig'ish holatlari va turli patentlar bilan katta tajribaga ega. Nashr qilingan 200 dan ortiq holatlarning to'planish ta'sir koeffitsienti 2000 dan ortiq.
●Yuqori malakali bioinformatika jamoasi:Hi-C tajribalari va ma'lumotlarni tahlil qilish uchun ichki patentlar va dasturiy ta'minot mualliflik huquqlariga ega bo'lgan holda, o'z-o'zidan ishlab chiqilgan vizualizatsiya ma'lumotlari dasturi bloklarni qo'lda ko'chirish, orqaga qaytarish, bekor qilish va qayta bajarish imkonini beradi.
●Sotishdan keyingi qo'llab-quvvatlash:Bizning majburiyatimiz loyihani yakunlashdan tashqari, 3 oylik sotishdan keyingi xizmat ko'rsatish muddatini ham o'z ichiga oladi. Shu vaqt ichida biz loyihani kuzatib borish, muammolarni bartaraf etishda yordam berish va natijalar bilan bog'liq har qanday savollarga javob berish uchun savol-javob sessiyalarini taklif etamiz.
●Keng qamrovli izoh: biz aniqlangan o'zgarishlarga ega genlarni funktsional ravishda izohlash va tegishli boyitish tahlilini o'tkazish uchun bir nechta ma'lumotlar bazalaridan foydalanamiz, bu esa bir nechta tadqiqot loyihalari bo'yicha tushunchalar beradi.
Xizmat ko'rsatish xususiyatlari
| Kutubxonaga tayyorgarlik | Ketma-ketlik strategiyasi | Tavsiya etilgan ma'lumotlar chiqishi | Sifat nazorati |
| Hi-C kutubxonasi | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Namuna talablari
| To'qima | Kerakli miqdor |
| Hayvonlarning ichki a'zolari | ≥ 2 g |
| Hayvon mushaklari | |
| Sutemizuvchilar qoni | ≥ 2 ml |
| Parranda/Baliq qoni | |
| O'simlik - yangi barg | ≥ 3 g |
| Madaniy hujayralar | ≥ 1x107 |
| Hasharot | ≥ 2 g |
Xizmat ko'rsatish ish oqimi
Tajriba dizayni
Namuna yetkazib berish
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlar tahlili
Sotishdan keyingi xizmatlar
1) Xom ma'lumotlar sifatini nazorat qilish
2) Hi-C kutubxonasi QC: haqiqiy Hi-C o'zaro ta'sirlarini baholash
3) Hi-C yig'ish: guruhlarga kontiglarni klasterlash, so'ngra har bir guruh ichida kontig tartiblash va kontig yo'nalishini belgilash
4) Yuqori darajadagi baholash
Hi-C kutubxonasi QC – Hi-C haqiqiy o'zaro ta'sir juftliklarini baholash
Hi-C Assambleyasi – statistika
Yig'ishdan keyingi baholash – qutilar orasidagi signal intensivligining issiqlik xaritasi
BMKGene'ning Hi-C yig'ish xizmatlari tomonidan taqdim etilgan yutuqlarni tanlangan nashrlar to'plami orqali o'rganing.
Tian, T. va boshqalar. (2023) 'Qurg'oqchilikka chidamli makkajo'xori gerplazmasining genom yig'ilishi va genetik dissektsiyasi', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), 496–506-betlar. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL va boshqalar. (2020) 'Osiyo asalari Apis cerana genomining xromosoma miqyosidagi yig'ilishi', Genetika chegaralari, 11, 524140-bet. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. va boshqalar. (2023) 'Solanaceae oilasidagi ikkita genomni tahlil qilish orqali tropan alkaloid biosintezining evolyutsiyasini ochib berish', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), 1–18-betlar. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. va boshqalar. (2020) 'Banyan daraxti va changlatuvchi ari genomlari anjir-ari qo'shma evolyutsiyasi haqida tushuncha beradi', Cell, 183(4), 875-889.e17 betlar. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
