Hi-C asosidagi Genom Assambleyasi
Xizmat afzalliklari
Hi-C ga umumiy nuqtai
(Liberman-Aiden E va boshqalar,Fan, 2009)
● Kontig ankraj uchun genetik populyatsiyani tuzishning hojati yo'q;
● 90% dan yuqori kontigs ankraj nisbatiga olib keladigan yuqori marker zichligi;
● Mavjud genom birikmalarini baholash va tuzatish imkonini beradi;
● Genom yig'ishda yuqori aniqlik bilan qisqaroq aylanish vaqti;
● 500 dan ortiq turlar uchun qurilgan 1000 dan ortiq Hi-C kutubxonalari bilan boy tajriba;
● 760 dan ortiq jamlangan nashr etilgan ta'sir faktoriga ega 100 dan ortiq muvaffaqiyatli holatlar;
● Poliploid genom uchun Hi-C asosidagi genom yig'ilishi, oldingi loyihada 100% ankraj darajasiga erishildi;
● Hi-C tajribalari va ma'lumotlarni tahlil qilish uchun ichki patentlar va dasturiy ta'minot mualliflik huquqi;
● O'z-o'zidan ishlab chiqilgan vizuallashtirilgan ma'lumotlarni sozlash dasturi, blokni qo'lda ko'chirish, orqaga qaytarish, bekor qilish va qayta ishlash imkonini beradi.
Xizmat spetsifikatsiyalari
|
Kutubxona turi
|
Platforma | O'qish uzunligi | Strategiyani tavsiya eting |
| Salom C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformatika tahlillari
● Xom ma'lumotlar sifatini nazorat qilish
● Hi-C kutubxonasi sifatini nazorat qilish
● Hi-C asosidagi genom yig'ilishi
● O'rnatishdan keyingi baholash
Namuna talablari va yetkazib berish
Namuna talablari:
| Hayvon | Qo'ziqorin | O'simliklar
|
| Muzlatilgan to'qimalar: har bir kutubxona uchun 1-2 g Hujayralar: har bir kutubxonaga 1x 10^7 hujayra | Muzlatilgan to'qimalar: har bir kutubxona uchun 1 g | Muzlatilgan to'qimalar: har bir kutubxona uchun 1-2 g
|
| *Hi-C tajribasi uchun kamida 2 alikvot (har biri 1 g) yuborishni tavsiya qilamiz. | ||
Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish
Idish: 2 ml santrifüj naychasi (qalay folga tavsiya etilmaydi)
Ko'pgina namunalar uchun etanolda saqlamaslik tavsiya etiladi.
Namuna yorlig'i: Namunalar aniq etiketlangan bo'lishi va taqdim etilgan namunaviy ma'lumot shakli bilan bir xil bo'lishi kerak.
Yuk tashish: Quruq muz: namunalar avval qoplarga solib, quruq muzga ko'milishi kerak.
Xizmat ish oqimi
Tajriba dizayni
Namuna yetkazib berish
DNK ekstraktsiyasi
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
*Bu yerda koʻrsatilgan demo natijalari Biomarker Technologies tomonidan chop etilgan genomlardan olingan
1.Hi-C shovqin issiqlik xaritasiCamptotheca acuminatagenom.Xaritada ko'rsatilganidek, o'zaro ta'sirlarning intensivligi chiziqli masofa bilan salbiy bog'liq bo'lib, bu yuqori aniqlikdagi xromosoma darajasidagi yig'ilishni ko'rsatadi.(Ankraj nisbati: 96,03%)
Kang M va boshqalar,Tabiat bilan aloqa, 2021 yil
2.Hi-C o'rtasidagi inversiyalarni tekshirishni osonlashtirdiGossypium hirsutumL. TM-1 A06 vaG. daraxtzorChr06
Yang Z va boshqalar,Tabiat bilan aloqalar, 2019
3.Kassava genomining SC205 yig'ilishi va biallelik differentsiatsiyasi.Hi-C issiqlik xaritasi gomologik xromosomalarning aniq bo'linishini ko'rsatdi.
Xu V va boshqalar,Molekulyar o'simlik, 2021 yil
4.Hi-C issiqlik xaritasi ikkita Ficus turining genom birikmasi:F.microcarpa(Ankraj nisbati: 99,3%) vaF.hispida (ankor nisbati: 99,7%)
Chjan X va boshqalar,Hujayra, 2020
BMK ishi
Banyan daraxti va changlatuvchi ari genomlari anjir-ari evolyutsiyasi haqida tushuncha beradi.
Nashr etilgan: Hujayra, 2020
Ketma-ketlik strategiyasi:
F. mikrokarpa genom: taxminan.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenom: taxminan.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenom: taxminan.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Asosiy natijalar
1. Ikkita banyan daraxti genomi va bitta changlatuvchi ari genomi PacBio sekvensiyasi, Hi-C va bog'lanish xaritasi yordamida tuzilgan.
(1)F. mikrokarpagenom: 426 Mb (taxminiy genom hajmining 97,7%) yig'indisi N50 908 Kb, BUSCO balli 95,6% bo'lgan holda o'rnatildi.Hammasi bo'lib 423 Mb ketma-ketliklar Hi-C tomonidan 13 xromosomaga bog'langan.Genom izohi 29 416 ta protein kodlovchi genni berdi.
(2)F. Hispidagenom: 360 Mb (taxminiy genom hajmining 97,3%) yig'indisi 492 Kb kontig N50 va 97,4% BUSCO ball bilan hosil bo'ldi.Jami 359 Mb ketma-ketliklar Hi-C tomonidan 14 xromosomaga biriktirilgan va yuqori zichlikdagi bog'lanish xaritasiga juda o'xshash.
(3)Eupristina verticillatagenom: 387 Mb (taxminiy genom hajmi: 382 Mb) yig'indi N50 3,1 Mb va BUSCO balli 97,7% bilan tashkil etilgan.
2. Qiyosiy genomika tahlili ikkita o'rtasida juda ko'p tuzilish o'zgarishlarini aniqladiFikusadaptiv evolyutsiyani o'rganish uchun bebaho genetik manbani taqdim etgan genomlar.Ushbu tadqiqot, birinchi marta, genomik darajadagi anjir-ari koevolyutsiyasi haqida tushuncha berdi.
 Ikkining genomik xususiyatlari bo'yicha sirkos diagrammasiFikusgenomlar, shu jumladan xromosomalar, segmental duplikatsiyalar (SD), transpozonlar (LTR, TE, DNK TE), gen ekspressiyasi va sinteniyasi |  Y xromosomasining identifikatsiyasi va jinsni aniqlashga nomzod gen |
Zhang, X. va boshqalar."Banyan daraxti va changlatuvchi ari genomlari anjir-ari koevolyutsiyasi haqida ma'lumot beradi."183.4-uya (2020).
