● Zondlar bilan maqsadli boyitish asosida ikkita ekzome paneli mavjud: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) va xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Illumina NovaSeq-da ketma-ketlik.
● Kasallik yoki o'sma tahliliga yo'naltirilgan bioinformatik quvur liniyasi.
●Protein kodlash hududini maqsad qiladi: Protein kodlash hududlarini qo'lga kiritish va tartiblash orqali hWES oqsil tuzilishi bilan bog'liq variantlarni aniqlash uchun ishlatiladi.
●Tejamkorlik:hWES inson genomining 1% dan inson kasalliklari bilan bog'liq mutatsiyalarning taxminan 85% ni beradi.
●Yuqori aniqlik: Yuqori ketma-ketlik chuqurligi bilan hWES ham keng tarqalgan variantlarni, ham 1% dan past chastotali noyob variantlarni aniqlashni osonlashtiradi.
●Qattiq sifat nazorati: Biz namuna va kutubxonani tayyorlashdan tortib ketma-ketlik va bioinformatikagacha bo'lgan barcha bosqichlarda beshta asosiy nazorat nuqtasini amalga oshiramiz. Ushbu sinchkovlik bilan monitoring doimiy ravishda yuqori sifatli natijalarni taqdim etishni ta'minlaydi.
●Kompleks bioinformatika tahlili: bizning quvurimiz mos yozuvlar genomidagi o'zgarishlarni aniqlashdan tashqariga chiqadi, chunki u kasalliklarning genetik jihatlari yoki o'smalarni tahlil qilish bilan bog'liq tadqiqot savollariga maxsus javob berishga mo'ljallangan ilg'or tahlillarni o'z ichiga oladi.
●Sotishdan keyingi yordam:Bizning majburiyatimiz sotuvdan keyingi 3 oylik xizmat muddati bilan loyihani yakunlashdan tashqariga chiqadi. Shu vaqt ichida biz natijalar bilan bog'liq har qanday so'rovlarni hal qilish uchun loyihani kuzatish, muammolarni bartaraf etish bo'yicha yordam va savol-javob seanslarini taklif qilamiz.
Exon Capture strategiyasi | Ketma-ketlik strategiyasi | Tavsiya etilgan ma'lumotlar chiqishi |
Albatta tanlang Human All Exon v6 (Agilent) yoki xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5-10 Gb Mendeliya kasalliklari / kam uchraydigan kasalliklar uchun: > 50x O'simta namunalari uchun: ≥ 100x |
Namuna turi
| Miqdori(Qubit®)
| Konsentratsiya | Ovoz balandligi
| Soflik (NanoDrop™) |
Genomik DNK
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/mkl | ≥ 15 mkl | OD260/280=1,8-2,0 buzilish, ifloslanish yo'q
|
hWES-kasalligi namunalarining bioinformatik tahlili quyidagilarni o'z ichiga oladi:
● QC ma'lumotlarini ketma-ketlashtirish
● Reference Genom Alignment
● SNP va InDels identifikatsiyasi
● SNP va InDelsning funktsional izohi
O'simta namunalarini bioinformatik tahlil qilish quyidagilarni o'z ichiga oladi:
● QC ma'lumotlarini ketma-ketlashtirish
● Reference Genom Alignment
● SNP, InDels va somatik o'zgarishlarni aniqlash
● Germline variantlarini aniqlash
● Mutatsion imzolarni tahlil qilish
● Funktsiyani oshirish mutatsiyalari asosida qo'zg'atuvchi genlarni aniqlash
● Doriga sezuvchanlik darajasidagi mutatsiya annotatsiyasi
● Heterojenlik tahlili – tozalik va ploidlikni hisoblash
Ma'lumotlar QC - Exome qo'lga olish statistikasi
Variantlarni aniqlash - InDels
Kengaytirilgan tahlil: zararli SNP / InDels ni aniqlash va tarqatish - Circos uchastkasi
O'simta tahlili: somatik mutatsiyalarni aniqlash va taqsimlash - Circos uchastkasi
O'simta tahlili: klonal nasl