BMKCloud Log in
banner-03

Mahsulotlar

Metagenomik ketma-ketlik -NGS

Metagenom organizmlarning aralash jamoasining umumiy genetik materiali to'plamini bildiradi, masalan, atrof-muhit metagenomi, inson metagenomi va boshqalar. Unda etishtiriladigan va etishtirilmaydigan mikroorganizmlarning genomlari mavjud.Metagenomik ketma-ketlik - bu atrof-muhit namunalaridan olingan aralash genomik materiallarni tahlil qilish uchun ishlatiladigan molekulyar vosita bo'lib, u turlarning xilma-xilligi va ko'pligi, populyatsiya tuzilishi, filogenetik munosabatlar, funktsional genlar va atrof-muhit omillari bilan korrelyatsiya tarmog'i haqida batafsil ma'lumot beradi.

Platforma:Illumina NovaSeq platformasi


Xizmat tafsilotlari

Namoyish natijalari

Case Study

Xizmat afzalliklari

● Mikroorganizmlar jamoasining profilini aniqlash uchun izolyatsiya va etishtirishsiz

● Atrof-muhit namunalarida kam ko'p turlarni aniqlashda yuqori aniqlik

● "Meta-" g'oyasi barcha biologik xususiyatlarni funktsional darajada, tur darajasida va gen darajasida birlashtiradi, bu haqiqatga yaqinroq bo'lgan dinamik ko'rinishni aks ettiradi.

● BMK 10 000 dan ortiq namunalar qayta ishlangan turli xil namunalar bo'yicha katta tajriba to'playdi.

Xizmat spetsifikatsiyalari

 Platforma

Ketma-ketlik

Tavsiya etilgan maʼlumotlar

Qaytish vaqti

Illumina NovaSeq platformasi

PE150

6 G/10 G/20 G

45 ish kuni

Bioinformatika tahlillari

● Xom ma'lumotlar sifatini nazorat qilish

● Metagenom yig'ilishi

● Ortiqcha bo'lmagan genlar to'plami va izoh

● Turlarning xilma-xilligini tahlil qilish

● Genetik funktsiyalarning xilma-xilligini tahlil qilish

● Guruhlararo tahlil

● Eksperimental omillarga nisbatan assotsiatsiya tahlili

liuchengtu11

Namuna talablari va yetkazib berish

Namuna talablari:

UchunDNK ekstraktlari:

Namuna turi

Miqdori

Diqqat

Tozalik

DNK ekstraktlari

> 30 ng

> 1 ng/ml

OD260/280= 1,6-2,5

Atrof-muhit namunalari uchun:

Namuna turi

Tavsiya etilgan namuna olish tartibi

Tuproq

Namuna miqdori: taxminan.5 g;Qolgan qurigan moddani sirtdan olib tashlash kerak;Katta bo'laklarni maydalang va 2 mm filtrdan o'ting;Saqlash uchun steril EP-naycha yoki cyrotubedagi alikot namunalari.

Najas

Namuna miqdori: taxminan.5 g;Namunalarni bron qilish uchun steril EP-naycha yoki kriotubeda to'plang va alikot qiling.

Ichak tarkibi

Namunalar aseptik sharoitda qayta ishlanishi kerak.Yig'ilgan to'qimalarni PBS bilan yuving;PBSni santrifüj qiling va cho'kmani EP-naychalarga to'plang.

Loy

Namuna miqdori: taxminan.5 g;Loy namunasini zahiraga olish uchun steril EP-naycha yoki kriotubeda to'plang va alikotlang.

Suv havzasi

Miqdori cheklangan mikroorganizmlarga ega boʻlgan namuna uchun, masalan, vodoprovod suvi, quduq suvi va boshqalar, kamida 1 litr suv toʻplang va membranadagi mikroblarni boyitish uchun 0,22 mkm filtrdan oʻtkazing.Membranani steril naychada saqlang.

Teri

Teri yuzasini steril paxta tampon yoki jarrohlik pichoq bilan ehtiyotkorlik bilan qirib tashlang va uni steril naychaga joylashtiring.

Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish

Namunalarni suyuq azotda 3-4 soat davomida muzlatib qo'ying va suyuq azotda yoki -80 darajadan uzoq muddatli saqlash uchun saqlang.Quruq muz bilan namuna jo'natish talab qilinadi.

Xizmat ish oqimi

namuna yetkazib berish

Namuna yetkazib berish

Kutubxonaga tayyorgarlik

Kutubxona qurilishi

Ketma-ketlik

Ketma-ketlik

Ma'lumotlarni tahlil qilish

Ma'lumotlarni tahlil qilish

Sotishdan keyingi xizmatlar

Sotishdan keyingi xizmatlar


  • Oldingi:
  • Keyingisi:

  • 1.Gistogramma: Turlarning tarqalishi

    3

    2.KEGG metabolik yo'llariga izohlangan funktsional genlar

    4

    3.Issiqlik xaritasi: nisbiy gen ko'pligiga asoslangan differentsial funktsiyalar54.CARD antibiotiklarga qarshilik genlarining sirkolari

    6

    BMK ishi

    Tuproq-mangrov ildizi uzluksizligi bo'ylab antibiotiklarga qarshilik genlari va bakterial patogenlarning tarqalishi

    Nashr etilgan:Xavfli moddalar jurnali, 2021

    Ketma-ketlik strategiyasi:

    Materiallar: Mangrov ildizining to'rtta bo'laklari bilan bog'liq namunalarning DNK ekstrakti: ekilmagan tuproq, rizosfera, episfera va endosfera bo'linmalari
    Platforma: Illumina HiSeq 2500
    Maqsadlar: Metagenom
    16S rRNK geni V3-V4 hududi

    Asosiy natijalar

    Tuproqdan o'simliklarga antibiotiklarga qarshilik genlarining (ARG) tarqalishini o'rganish uchun mangrov ko'chatlarining tuproq-ildiz kontinuumida metagenomik ketma-ketlik va metabarkodlash profili qayta ishlandi.Metagenomik ma'lumotlar shuni ko'rsatdiki, antibiotiklarga qarshilik genlarining 91,4% yuqorida aytib o'tilgan barcha to'rtta tuproq bo'linmalarida aniqlangan, bu doimiy modani ko'rsatdi.16S rRNK amplikon ketma-ketligi 346 turni ifodalovchi 29285 ta ketma-ketlikni hosil qildi.Amplikon ketma-ketligi bilan turlarni profillash bilan birlashganda, bu tarqalish ildiz bilan bog'liq mikrobiotadan mustaqil ekanligi aniqlandi, ammo bu genetik elementlarning harakatlanishi bilan osonlashtirilishi mumkin.Ushbu tadqiqot o'zaro bog'langan tuproq-ildiz uzluksizligi orqali tuproqdan o'simliklarga ARG va patogenlarning oqimini aniqladi.

    Malumot

    Vang, C., Xu, R., Strong, PJ, Zhuang, V., va Shu, L..(2020).Tuproq-mangrov ildizi uzluksizligi bo'ylab antibiotiklarga qarshilik genlari va bakterial patogenlarning tarqalishi.Xavfli moddalar jurnali, 408, 124985.

    taklif oling

    Xabaringizni shu yerga yozing va bizga yuboring

    Bizga xabaringizni yuboring: