Metagenomik ketma-ketlik (NGS)
Xizmat afzalliklari
ØMikroorganizmlar jamoasining profilini aniqlash uchun izolyatsiya va etishtirishsiz
ØAtrof-muhit namunalarida kam ko'p turlarni aniqlashda yuqori aniqlik
Ø"Meta-" g'oyasi barcha biologik xususiyatlarni funktsional darajada, tur darajasida va gen darajasida birlashtiradi, bu haqiqatga yaqinroq bo'lgan dinamik ko'rinishni aks ettiradi.
ØBMK 10 000 dan ortiq namunalar qayta ishlangan turli xil namunalar bo'yicha katta tajriba to'playdi.
Xizmat spetsifikatsiyalari
| Ketma-ketlikPlatforma | Kutubxona | Tavsiya etilgan ma'lumotlar rentabelligi | Taxminiy aylanish vaqti |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K teglar | 30 kun |
Bioinformatika tahlillari
üXom ma'lumotlar sifatini nazorat qilish
üMetagenom yig'ilishi
üOrtiqcha bo'lmagan genlar to'plami va izohi
üTurlarning xilma-xilligini tahlil qilish
üGenetik funktsiyalarning xilma-xilligini tahlil qilish
üGuruhlararo tahlil
üEksperimental omillarga qarshi assotsiatsiya tahlili
Namuna talablari va yetkazib berish
Namuna talablari:
UchunDNK ekstraktlari:
| Namuna turi | Miqdori | Diqqat | Tozalik |
| DNK ekstraktlari | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/ml | OD260/280= 1,6-2,5 |
Atrof-muhit namunalari uchun:
| Namuna turi | Tavsiya etilgan namuna olish tartibi |
| Tuproq | Namuna miqdori: taxminan.5 g;Qolgan qurigan moddani sirtdan olib tashlash kerak;Katta bo'laklarni maydalang va 2 mm filtrdan o'ting;Saqlash uchun steril EP-naycha yoki cyrotubedagi alikot namunalari. |
| Najas | Namuna miqdori: taxminan.5 g;Namunalarni bron qilish uchun steril EP-naycha yoki kriotubeda to'plang va alikot qiling. |
| Ichak tarkibi | Namunalar aseptik sharoitda qayta ishlanishi kerak.Yig'ilgan to'qimalarni PBS bilan yuving;PBS ni santrifüj qiling va cho'kmani EP-naychalarga to'plang. |
| Loy | Namuna miqdori: taxminan.5 g;Loy namunasini zahiraga olish uchun steril EP-naycha yoki kriotubeda to'plang va qisman oling. |
| Suv havzasi | Quduq suvi, quduq suvi va boshqalar kabi mikrobial miqdori cheklangan namuna uchun kamida 1 l suv to'plang va membranadagi mikrobni boyitish uchun 0,22 mkm filtrdan o'tkazing.Membranani steril naychada saqlang. |
| Teri | Teri yuzasini steril paxta tampon yoki jarrohlik pichoq bilan ehtiyotkorlik bilan qirib tashlang va uni steril naychaga joylashtiring. |
Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish
Namunalarni suyuq azotda 3-4 soat davomida muzlatib qo'ying va suyuq azotda yoki -80 darajadan uzoq muddatli saqlash uchun saqlang.Quruq muz bilan namuna jo'natish talab qilinadi.
Xizmat ish oqimi
Namuna yetkazib berish
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
1.Gistogramma: Turlarning tarqalishi
2.KEGG metabolik yo'llariga izohlangan funktsional genlar
3.Issiqlik xaritasi: nisbiy gen ko'pligiga asoslangan differentsial funktsiyalar
4.CARD antibiotiklarga qarshilik genlarining sirkolari
BMK ishi
Tuproq-mangrov ildizi uzluksizligi bo'ylab antibiotiklarga qarshilik genlari va bakterial patogenlarning tarqalishi
Nashr etilgan:Xavfli moddalar jurnali, 2021
Ketma-ketlik strategiyasi:
Materiallar: mangrov ildizining to'rtta bo'lagi bilan bog'liq namunalarning DNK ekstrakti: ekilmagan tuproq, rizosfera, episfera va endosfera bo'linmalari
Platforma: Illumina HiSeq 2500
Maqsadlar: Metagenom
16S rRNK geni V3-V4 hududi
Asosiy natijalar
Tuproqdan o'simliklarga antibiotiklarga chidamlilik genlarining (ARG) tarqalishini o'rganish uchun mangrov ko'chatlarining tuproq-ildiz kontinuumida metagenomik ketma-ketlik va metabarkodlash profili qayta ishlandi.Metagenomik ma'lumotlar shuni ko'rsatdiki, antibiotiklarga qarshilik genlarining 91,4% yuqorida aytib o'tilgan barcha to'rtta tuproq bo'linmalarida aniqlangan, bu doimiy modani ko'rsatdi.16S rRNK amplikon ketma-ketligi 346 turni ifodalovchi 29285 ta ketma-ketlikni hosil qildi.Amplikon ketma-ketligi bilan turlarni profillash bilan birlashganda, bu tarqalish ildiz bilan bog'liq mikrobiotadan mustaqil ekanligi aniqlandi, ammo bu genetik elementlarning harakatlanishi bilan osonlashtirilishi mumkin.Ushbu tadqiqot o'zaro bog'langan tuproq-ildiz uzluksizligi orqali tuproqdan o'simliklarga ARG va patogenlarning oqimini aniqladi.
Malumot
Vang, C., Xu, R., Strong, PJ, Zhuang, V., va Shu, L..(2020).Tuproq-mangrov ildizi uzluksizligi bo'ylab antibiotiklarga qarshilik genlari va bakterial patogenlarning tarqalishi.Xavfli moddalar jurnali, 408, 124985.
