Metagenomik ketma-ketlik -NGS
Xizmat afzalliklari
● Mikroorganizmlar jamoasining profilini aniqlash uchun izolyatsiya va etishtirishsiz
● Atrof-muhit namunalarida kam ko'p turlarni aniqlashda yuqori aniqlik
● "Meta-" g'oyasi barcha biologik xususiyatlarni funktsional darajada, tur darajasida va gen darajasida birlashtiradi, bu haqiqatga yaqinroq bo'lgan dinamik ko'rinishni aks ettiradi.
● BMK 10 000 dan ortiq namunalar qayta ishlangan turli xil namunalar bo'yicha katta tajriba to'playdi.
Xizmat spetsifikatsiyalari
| Platforma | Ketma-ketlik | Tavsiya etilgan maʼlumotlar | Qaytish vaqti |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 ish kuni |
Bioinformatika tahlillari
● Xom ma'lumotlar sifatini nazorat qilish
● Metagenom yig'ilishi
● Ortiqcha bo'lmagan genlar to'plami va izoh
● Turlarning xilma-xilligini tahlil qilish
● Genetik funktsiyalarning xilma-xilligini tahlil qilish
● Guruhlararo tahlil
● Eksperimental omillarga nisbatan assotsiatsiya tahlili
Namuna talablari va yetkazib berish
Namuna talablari:
UchunDNK ekstraktlari:
| Namuna turi | Miqdori | Diqqat | Tozalik |
| DNK ekstraktlari | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/ml | OD260/280= 1,6-2,5 |
Atrof-muhit namunalari uchun:
| Namuna turi | Tavsiya etilgan namuna olish tartibi |
| Tuproq | Namuna miqdori: taxminan.5 g;Qolgan qurigan moddani sirtdan olib tashlash kerak;Katta bo'laklarni maydalang va 2 mm filtrdan o'ting;Saqlash uchun steril EP-naycha yoki cyrotubedagi alikot namunalari. |
| Najas | Namuna miqdori: taxminan.5 g;Namunalarni bron qilish uchun steril EP-naycha yoki kriotubeda to'plang va alikot qiling. |
| Ichak tarkibi | Namunalar aseptik sharoitda qayta ishlanishi kerak.Yig'ilgan to'qimalarni PBS bilan yuving;PBSni santrifüj qiling va cho'kmani EP-naychalarga to'plang. |
| Loy | Namuna miqdori: taxminan.5 g;Loy namunasini zahiraga olish uchun steril EP-naycha yoki kriotubeda to'plang va alikotlang. |
| Suv havzasi | Miqdori cheklangan mikroorganizmlarga ega boʻlgan namuna uchun, masalan, vodoprovod suvi, quduq suvi va boshqalar, kamida 1 litr suv toʻplang va membranadagi mikroblarni boyitish uchun 0,22 mkm filtrdan oʻtkazing.Membranani steril naychada saqlang. |
| Teri | Teri yuzasini steril paxta tampon yoki jarrohlik pichoq bilan ehtiyotkorlik bilan qirib tashlang va uni steril naychaga joylashtiring. |
Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish
Namunalarni suyuq azotda 3-4 soat davomida muzlatib qo'ying va suyuq azotda yoki -80 darajadan uzoq muddatli saqlash uchun saqlang.Quruq muz bilan namuna jo'natish talab qilinadi.
Xizmat ish oqimi
Namuna yetkazib berish
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
1.Gistogramma: Turlarning tarqalishi
2.KEGG metabolik yo'llariga izohlangan funktsional genlar
3.Issiqlik xaritasi: nisbiy gen ko'pligiga asoslangan differentsial funktsiyalar
4.CARD antibiotiklarga qarshilik genlarining sirkolari
BMK ishi
Tuproq-mangrov ildizi uzluksizligi bo'ylab antibiotiklarga qarshilik genlari va bakterial patogenlarning tarqalishi
Nashr etilgan:Xavfli moddalar jurnali, 2021
Ketma-ketlik strategiyasi:
Materiallar: Mangrov ildizining to'rtta bo'laklari bilan bog'liq namunalarning DNK ekstrakti: ekilmagan tuproq, rizosfera, episfera va endosfera bo'linmalari
Platforma: Illumina HiSeq 2500
Maqsadlar: Metagenom
16S rRNK geni V3-V4 hududi
Asosiy natijalar
Tuproqdan o'simliklarga antibiotiklarga qarshilik genlarining (ARG) tarqalishini o'rganish uchun mangrov ko'chatlarining tuproq-ildiz kontinuumida metagenomik ketma-ketlik va metabarkodlash profili qayta ishlandi.Metagenomik ma'lumotlar shuni ko'rsatdiki, antibiotiklarga qarshilik genlarining 91,4% yuqorida aytib o'tilgan barcha to'rtta tuproq bo'linmalarida aniqlangan, bu doimiy modani ko'rsatdi.16S rRNK amplikon ketma-ketligi 346 turni ifodalovchi 29285 ta ketma-ketlikni hosil qildi.Amplikon ketma-ketligi bilan turlarni profillash bilan birlashganda, bu tarqalish ildiz bilan bog'liq mikrobiotadan mustaqil ekanligi aniqlandi, ammo bu genetik elementlarning harakatlanishi bilan osonlashtirilishi mumkin.Ushbu tadqiqot o'zaro bog'langan tuproq-ildiz uzluksizligi orqali tuproqdan o'simliklarga ARG va patogenlarning oqimini aniqladi.
Malumot
Vang, C., Xu, R., Strong, PJ, Zhuang, V., va Shu, L..(2020).Tuproq-mangrov ildizi uzluksizligi bo'ylab antibiotiklarga qarshilik genlari va bakterial patogenlarning tarqalishi.Xavfli moddalar jurnali, 408, 124985.
