BMKCloud Log in
banner-03

Mahsulotlar

Non-reference asoslangan mRNK Sequencing-Illumina

mRNK ketma-ketligi ba'zi maxsus funktsiyalar faollashadigan ma'lum bir davrda Eukaryot shaklidagi xabarchi RNKni (mRNK) olish uchun keyingi avlod sekvensiya texnikasini (NGS) qo'llaydi.Birlashtirilgan eng uzun transkript "Unigene" deb nomlangan va keyingi tahlillar uchun mos yozuvlar ketma-ketligi sifatida ishlatilgan, bu turning molekulyar mexanizmi va tartibga soluvchi tarmog'ini havolasiz o'rganish uchun samarali vositadir.

Transkriptom ma'lumotlarini yig'ish va unigen funktsional izohlashdan keyin

(1) SSR tahlili, CDS prognozi va gen tuzilishi oldindan tuziladi.

(2) Har bir namunadagi unigen ifodasi miqdorini aniqlash amalga oshiriladi.

(3) Namunalar (yoki guruhlar) o'rtasida differentsial tarzda ifodalangan unigenlar unigen ifodasi asosida aniqlanadi.

(4) Differensial ifodalangan unigenlarni klasterlash, funktsional izohlash va boyitish tahlili amalga oshiriladi.


Xizmat tafsilotlari

Bioinformatika

Namoyish natijalari

Case Study

Xususiyatlari

● Har qanday referent genomdan mustaqil,

● Ma'lumotlardan transkriptlarning tuzilishi va ifodasini tahlil qilish uchun foydalanish mumkin

● O'zgaruvchan kesish saytlarini aniqlang

Xizmat afzalliklari

● BMKCloud asosidagi natijalarni yetkazib berish: Natijalar BMKCloud platformasi orqali maʼlumotlar fayli va interaktiv hisobot sifatida taqdim etiladi, bu esa standart bioinformatika tahlili asosida murakkab tahlil natijalarini foydalanuvchilarga qulay oʻqish va moslashtirilgan maʼlumotlarni qazib olish imkonini beradi.

● Sotishdan keyingi xizmatlar: Sotishdan keyingi xizmatlar loyiha tugaganidan keyin 3 oy davomida amal qiladi, jumladan, loyihalarni kuzatish, muammolarni bartaraf etish, savollar va javoblar va boshqalar.

Namuna talablari va yetkazib berish

Namuna talablari:

Nukleotidlar:

Kons.(ng/ml)

Miqdori (mkg)

Tozalik

Butunlik

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Jelda ko'rsatilgan protein yoki DNK ifloslanishi cheklangan yoki yo'q.

O'simliklar uchun: RIN≥6,5;

Hayvonlar uchun: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

cheklangan yoki asosiy balandlikning yo'qligi

To'qima: Og'irligi (quruq): ≥1 g
*5 mg dan kichik to'qimalar uchun muzlatilgan (suyuq azotda) to'qima namunasini yuborish tavsiya etiladi.

Hujayra suspenziyasi: hujayralar soni = 3×107
* Muzlatilgan hujayra lizatini jo'natishni tavsiya qilamiz.Agar bu hujayra 5×10 dan kichik bo'lsa5, suyuq azotda muzlatilgan flesh tavsiya etiladi.

Qon namunalari:
PA × genBloodRNATube;
6 ml LTRIzol va 2 ml qon (TRIzol: Qon = 3: 1)

Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish

Idish:
2 ml santrifüj naychasi (qalay folga tavsiya etilmaydi)
Namuna belgilari: Guruh+takrorlash, masalan, A1, A2, A3;B1, B2, B3 ......

Yuk tashish:
1.Quruq muz: namunalar qoplarga solib, quruq muzga ko'milishi kerak.
2.RNK barqaror naychalar: RNK namunalari RNK stabilizatsiya trubkasida (masalan, RNAstable®) quritilishi va xona haroratida yuborilishi mumkin.

Xizmat ish oqimi

QC namunasi

Tajriba dizayni

namuna yetkazib berish

Namuna yetkazib berish

Uchuvchi tajriba

RNK ekstraktsiyasi

Kutubxonaga tayyorgarlik

Kutubxona qurilishi

Ketma-ketlik

Ketma-ketlik

Ma'lumotlarni tahlil qilish

Ma'lumotlarni tahlil qilish

Sotishdan keyingi xizmatlar

Sotishdan keyingi xizmatlar


  • Oldingi:
  • Keyingisi:

  • Bioinformatika

    wps_doc_11

    1.mRNK(denovo) Yig'ilish printsipi

    Trinity tomonidan o'qishlar K-mer deb nomlanuvchi kichikroq bo'laklarga bo'linadi.Keyinchalik bu K-merlar kontiglarga kengaytiriladigan urug'lar sifatida ishlatiladi, so'ngra kontig qoplamalariga asoslangan komponentlar.Nihoyat, De Bruijn bu erda komponentlardagi transkriptlarni tanib olish uchun qo'llanildi.

    mRNK-(De-novo)-Uchlik haqida umumiy ko'rinish

    mRNK (De novo) Uchbirlikning umumiy ko'rinishi

    2.mRNK (De novo) Genlarni ifodalash darajasining taqsimlanishi

    RNK-Seq gen ifodasini yuqori sezgir baholashga erisha oladi.Odatda, FPKM ifodasi transkriptlarining aniqlanadigan diapazoni 10^-2 dan 10^6 gacha o'zgarib turadi.

    mRNK-(De-novo)-har bir namunada FPKM zichligining taqsimlanishi

    mRNK (De novo) Har bir namunada FPKM zichligini taqsimlash

    3.mRNK (De novo) GO DEGlarni boyitish tahlili

    GO (Gene Ontology) ma'lumotlar bazasi - bu gen va gen mahsulotlari funktsiyalarining standart lug'atini o'z ichiga olgan tuzilgan biologik izoh tizimi.U bir nechta darajalarni o'z ichiga oladi, bu erda daraja qanchalik past bo'lsa, funktsiyalar shunchalik aniqroq bo'ladi.

    mRNK-(De-novo)-DEGlarning ikkinchi darajali tasnifi

    Ikkinchi darajadagi DEGlarning mRNK (De novo) GO tasnifi

    BMK ishi

    Piyozda (Allium cepa L.) lampochkaning shishishi va rivojlanishi davrida saxaroza almashinuvining transkriptom tahlili

    Nashr etilgan: o'simlikshunoslikdagi chegaralar, 2016

    Ketma-ketlik strategiyasi

    Illumina HiSeq2500

    Namuna yig'ish

    Ushbu tadqiqotda Utah Yellow Sweet Spain navi "Y1351" ishlatilgan.To'plangan namunalar soni
    Lampochka shishishidan (DAS) 15-kun (diametri 2 sm va og'irligi 3-4 g), 30-DAS (diametri 5 sm va og'irligi 100-110 g) va 40-chi DASda ~ 3 (diametri 7 sm va). 260-300 gramm).

    Asosiy natijalar

    1. Venn diagrammasida barcha uch juft rivojlanish bosqichida jami 146 DEG aniqlangan.
    2. "Uglevodlarni tashish va metabolizm" faqat 585 unigen bilan ifodalangan (ya'ni, izohlangan COG ning 7%).
    3. GO ma'lumotlar bazasiga muvaffaqiyatli izohlangan unigenlar lampochkaning rivojlanishining uch xil bosqichi uchun uchta asosiy toifaga bo'lingan."Biologik jarayon" asosiy toifasida eng ko'p ifodalanganlar "metabolik jarayon", keyin esa "hujayra jarayoni" edi."Molekulyar funktsiya" ning asosiy toifasida eng ko'p ifodalangan ikkita toifa "bog'lanish" va "katalitik faollik" edi.

    PB-to'liq metrajli-RNK-ketma-ketlik-holati-tadqiqi

    Ortologik guruhlar klasterlarining gistogrammasi (COG) tasnifi

    PB-to'liq metrajli-RNK-ketma-ketlik-holati-tadqiqi

    Uchta rivojlanish bosqichida lampochkalardan olingan unigenlar uchun gen ontologiyasi (GO) tasnifi gistogrammasi

    PB-to'liq metrajli-RNK-ketma-ketlik-holati-tadqiqi

    Venn diagrammasi piyoz piyozi rivojlanishining har qanday ikki bosqichida differentsial tarzda ifodalangan genlarni ko'rsatadi

    Malumot

    Chjan C, Zhang H, Zhan Z va boshqalar.Piyoz (Allium cepa L.) [J] da lampochkaning shishishi va rivojlanishi davrida saxaroza metabolizmining transkriptom tahlili.O'simliklar fanidagi chegaralar, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425

    taklif oling

    Xabaringizni shu yerga yozing va bizga yuboring

    Bizga xabaringizni yuboring: