-
Hi-C asosidagi xromatin o'zaro ta'siri
Hi-C - bu yaqinlikka asoslangan o'zaro ta'sirlar va yuqori o'tkazuvchanlikdagi ketma-ketlikni birlashtirish orqali genom konfiguratsiyasini aniqlash uchun mo'ljallangan usul. Usul xromatinning formaldegid bilan o'zaro bog'lanishiga, so'ngra faqat kovalent bog'langan fragmentlar bog'lash mahsulotlarini hosil qiladigan tarzda hazm qilish va qayta bog'lashga asoslangan. Ushbu bog'lash mahsulotlarini ketma-ketlashtirish orqali genomning 3D tashkil etilishini o'rganish mumkin. Hi-C genomning yengil joylashgan (A bo'linmalari, evromatin) va transkripsiya faol bo'lishi ehtimoli yuqori bo'lgan qismlarining va zichroq joylashgan (B bo'linmalari, geteroxromatin) mintaqalarning taqsimlanishini o'rganish imkonini beradi. Hi-C shuningdek, Topologik jihatdan bog'liq domenlarni (TAD), genomning buklangan tuzilishga ega va o'xshash ifoda naqshlariga ega bo'lishi mumkin bo'lgan mintaqalarini aniqlash va oqsillar bilan birlashtirilgan va ko'pincha tartibga soluvchi elementlarga boy bo'lgan DNK mintaqalarini, xromatin halqalarini aniqlash uchun ham ishlatilishi mumkin. BMKGene kompaniyasining Hi-C sekvenlash xizmati tadqiqotchilarga genomikaning fazoviy o'lchamlarini o'rganish imkonini beradi, bu esa genomni tartibga solish va uning sog'liq va kasalliklarga ta'sirini tushunish uchun yangi yo'llarni ochadi.
-
Xromatin immunoprecipitatsiyasi ketma-ketligi (ChIP-seq)
Xromatin immunoprecipitatsiyasi (CHIP) - bu DNK bilan bog'lanadigan oqsillarni va ularga mos keladigan genom nishonlarini tanlab boyitish uchun antitelalardan foydalanadigan usul. Uning NGS bilan integratsiyasi giston modifikatsiyasi, transkripsiya omillari va boshqa DNK bilan bog'lanadigan oqsillar bilan bog'liq DNK nishonlarining genom bo'ylab profilini yaratish imkonini beradi. Ushbu dinamik yondashuv turli xil hujayra turlari, to'qimalar yoki sharoitlar bo'yicha bog'lanish joylarini taqqoslash imkonini beradi. ChIP-Seq ning qo'llanilishi transkripsiya regulyatsiyasi va rivojlanish yo'llarini o'rganishdan tortib, kasallik mexanizmlarini aniqlashgacha bo'lgan sohalarni qamrab oladi, bu esa uni genomik regulyatsiya landshaftlarini tushunish va terapevtik tushunchalarni ilgari surish uchun ajralmas vositaga aylantiradi.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Butun genom bisulfit ketma-ketligi (WGBS)
Metillanmagan sitozinlarni uratsilga (C dan U gacha) aylantirishni rag'batlantirish uchun DNKni bisulfit bilan ishlov berishga asoslangan ushbu usul, metillangan sitozinlarni o'zgarishsiz qoldirib, DNK metillanishini, xususan, gen ekspressiyasi va hujayra faolligining asosiy regulyatori bo'lgan sitozinning beshinchi pozitsiyasini (5-mC) chuqur o'rganish uchun oltin standart metodologiya bo'lib xizmat qiladi.
Ushbu usul bitta asosli aniqlikni taklif qiladi, bu esa tadqiqotchilarga metilomani har tomonlama o'rganish va namunalar ichidagi g'ayritabiiy metillanish naqshlarini aniqlash imkonini beradi. WGBS dan foydalanish orqali olimlar genom bo'ylab metillanish landshaftlari haqida mislsiz ma'lumotlarga ega bo'lishlari va turli xil biologik jarayonlar va kasalliklar asosida yotgan epigenetik mexanizmlarni nozik tushunishlari mumkin.
-
Yuqori o'tkazuvchanlik ketma-ketligi (ATAC-seq) bilan transpozaza orqali kirish mumkin bo'lgan xromatin uchun tahlil
ATAC-seq - bu genom bo'ylab xromatinga kirish imkoniyatini tahlil qilish uchun ishlatiladigan yuqori o'tkazuvchanlikdagi sekvenlash texnikasi. Uning qo'llanilishi gen ekspressiyasi ustidan global epigenetik nazoratning murakkab mexanizmlarini chuqurroq tushunish imkonini beradi. Usul giperaktiv Tn5 transpozazasidan foydalanib, bir vaqtning o'zida sekvenlash adapterlarini kiritish orqali ochiq xromatin mintaqalarini parchalaydi va belgilaydi. Keyingi PCR amplifikatsiyasi sekvenlash kutubxonasini yaratishga olib keladi, bu esa ma'lum bir fazo-vaqt sharoitida ochiq xromatin mintaqalarini har tomonlama aniqlash imkonini beradi. ATAC-seq faqat transkripsiya faktori bog'lanish joylariga yoki ma'lum giston bilan modifikatsiyalangan mintaqalarga qaratilgan usullardan farqli o'laroq, kirish mumkin bo'lgan xromatin landshaftlarining yaxlit ko'rinishini taqdim etadi. Ushbu ochiq xromatin mintaqalarini sekvenlash orqali ATAC-seq faol tartibga soluvchi ketma-ketliklar va potentsial transkripsiya faktori bog'lanish joylariga ko'proq moyil bo'lgan mintaqalarni ochib beradi va genom bo'ylab gen ekspressiyasining dinamik modulyatsiyasi haqida qimmatli tushunchalarni taqdim etadi.
-
Kamaytirilgan vakillik bisulfit ketma-ketligi (RRBS)
Bisulfit ketma-ketligini kamaytirish (RRBS) CpG orollariga boy mintaqalarni MspI bo'linishi orqali boyitishga, so'ngra 200-500/600 bps fragmentlarning o'lchamini tanlashga asoslangan. Natijada, faqat CpG orollariga yaqin mintaqalar ketma-ketlashtiriladi, uzoqdagi CpG orollari bo'lgan mintaqalar esa tahlildan chiqarib tashlanadi. Bu jarayon bisulfit ketma-ketligi bilan birgalikda DNK metillanishini yuqori aniqlikda aniqlash imkonini beradi va ketma-ketlik yondashuvi, PE150, metillanish profilini yaratish samaradorligini oshirish uchun qo'shimchalarning o'rtasiga emas, balki uchlariga qaratilgan.
Ushbu usul DNK metilatsiyasi tadqiqotlarida butun genom bisulfit ketma-ketligini (WGBS) iqtisodiy jihatdan samarali va samarali alternativa sifatida paydo bo'ldi. WGBS butun genomni bitta asosli aniqlikda o'rganish orqali keng qamrovli tushunchalarni taqdim etsa-da, uning yuqori narxi cheklovchi omil bo'lishi mumkin, bu esa RRBS genomning vakillik qismini tanlab tahlil qilish orqali bu qiyinchilikni strategik jihatdan yumshatadi. Ushbu metodologiya DNK metilatsiyasi tadqiqotlarini iqtisodiy jihatdan samarali o'tkazish imkonini beruvchi va epigenetik mexanizmlar haqidagi bilimlarni rivojlantiruvchi bebaho vositadir.
