BMKCloud Log in
banner-03

Mahsulotlar

Maxsus joylashuv kuchaytirilgan fragmentlar ketma-ketligi (SLAF-seq)

Yuqori o'tkazuvchanlik genotiplash, ayniqsa katta populyatsiyada, genetik assotsiatsiyani o'rganishda fundamental qadam bo'lib, u funktsional genlarni kashf qilish, evolyutsion tahlil va hokazolar uchun genetik asosni ta'minlaydi. Butun genomni chuqur qayta sekvensiyalash o'rniga, genomlar ketma-ketligini qisqartirish (RRGS) ) har bir namunadagi ketma-ketlik xarajatlarini minimallashtirish, shu bilan birga genetik markerni topishda oqilona samaradorlikni saqlash uchun joriy etilgan.Bunga odatda cheklangan vakillik kutubxonasi (RRL) deb ataladigan berilgan o'lcham oralig'ida cheklash fragmentini ajratib olish orqali erishiladi.Spesifik-lokusli kuchaytirilgan fragmentlar ketma-ketligi (SLAF-Seq) - mos yozuvlar genomi bo'lgan yoki bo'lmagan holda SNP genotiplash uchun o'z-o'zidan ishlab chiqilgan strategiya.
Platforma: Illumina NovaSeq platformasi


Xizmat tafsilotlari

Namoyish natijalari

Tanlangan nashrlar

Xizmat tafsilotlari

Texnik sxema

111

Ish oqimi

mēngjěng

Xizmat afzalliklari

Markerni topishning yuqori samaradorligi- Yuqori o'tkazuvchanlik sekvensiyasi texnologiyasi SLAF-Seq-ga butun genom ichidagi yuz minglab teglarni topishda yordam beradi.

Genomga past bog'liqlik- U mos yozuvlar genomi bo'lgan yoki bo'lmagan turlarga qo'llanilishi mumkin.

Moslashuvchan sxema dizayni- Yagona ferment, ikki ferment, ko'p fermentli hazm qilish va har xil turdagi fermentlar, barchasi turli tadqiqot maqsadlari yoki turlarini qondirish uchun tanlanishi mumkin.Optimal ferment dizaynini ta'minlash uchun kremniy tarkibidagi oldindan baholash qo'llaniladi.

Samarali fermentativ hazm qilish- Sharoitlarni optimallashtirish uchun eksperimentdan oldingi sinov o'tkazildi, bu rasmiy eksperimentni barqaror va ishonchli qiladi.Fragmanlarni yig'ish samaradorligi 95% dan oshishi mumkin.

Teng taqsimlangan SLAF teglari- SLAF teglari barcha xromosomalarda eng katta darajada teng taqsimlanadi va 4 kb uchun o'rtacha 1 SLAFga erishadi.

Takrorlashning samarali oldini olish- SLAF-Seq ma'lumotlaridagi takroriy ketma-ketlik 5% dan pastgacha kamayadi, ayniqsa bug'doy, makkajo'xori va boshqalar kabi takrorlanish darajasi yuqori bo'lgan turlarda.

Keng tajriba- O'simliklar, sutemizuvchilar, qushlar, hasharotlar, akvaorganizmlar va boshqalarni qamrab oluvchi yuzlab turlar bo'yicha 2000 dan ortiq yopiq SLAF-Seq loyihalari.

O'z-o'zidan ishlab chiqilgan bioinformatik ish oqimi- Yakuniy chiqishning ishonchliligi va aniqligini ta'minlash uchun BMKGENE tomonidan SLAF-Seq uchun integratsiyalangan bioinformatika ish oqimi ishlab chiqilgan.

 

Xizmat spetsifikatsiyalari

 

Platforma

Kons.(ng/gl)

Jami (ug)

OD260/280

Illumina NovaSeq

>35

>1.6(Jam>15μl)

1,6-2,5

Eslatma: Har birida uchta ferment sxemasi bo'lgan uchta namuna oldingi tajriba uchun bajariladi.

Tavsiya etilgan ketma-ketlik strategiyasi

Tartiblash chuqurligi: 10X / teg

Genom hajmi

Tavsiya etilgan SLAF teglari

< 500 Mb

100K yoki WGS

500 Mb - 1 Gb

100 K

1 Gb -2 Gb

200 K

Gigant yoki murakkab genomlar

300 - 400 ming

 

Ilovalar

 

Tavsiya etilgan

Aholi miqyosi

 

Ketma-ketlik strategiyasi va chuqurligi

 

Chuqurlik

 

Teg raqami

 

GWAS

 

Namuna raqami ≥ 200

 

10X

 

 

 

 

 

Ga binoan

genom hajmi

 

Genetik evolyutsiya

 

Har birining individuallari

kichik guruh ≥ 10;

jami namunalar ≥ 30

 

10X

 

Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish

Idish: 2 ml santrifüj naychasi

Ko'pgina namunalar uchun etanolda saqlamaslik tavsiya etiladi.

Namuna yorlig'i: Namunalar aniq etiketlangan bo'lishi va taqdim etilgan namunaviy ma'lumot shakli bilan bir xil bo'lishi kerak.

Yuk tashish: Quruq muz: namunalar avval qoplarga solib, quruq muzga ko'milishi kerak.

Xizmatning ish jarayoni

QC namunasi
Uchuvchi tajriba
SLAF tajribasi
Kutubxonaga tayyorgarlik
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar

QC namunasi

Uchuvchi tajriba

SLAF eksperimenti

Kutubxonaga tayyorgarlik

Ketma-ketlik

Ma'lumotlarni tahlil qilish

Sotishdan keyingi xizmatlar


  • Oldingi:
  • Keyingisi:

  • 1. Xarita natijalari statistikasi

    rasm 1

    A1

    2. SLAF markerini ishlab chiqish

    A2

    3. Variatsiya annotatsiyasi

    A3

    Yil

    Jurnal

    IF

    Sarlavha

    Ilovalar

    2022

    Tabiat aloqalari

    17.694

    Daraxt pionining giga-xromosomalari va giga-genomlarining genomik asoslari

    Paeonia ostii

    SLAF-GWAS

    2015 yil

    Yangi fitolog

    7.433

    Uy izlari agronomik ahamiyatga ega bo'lgan genomik hududlarni bog'laydi

    soya fasulyesi

    SLAF-GWAS

    2022

    Ilg'or tadqiqotlar jurnali

    12.822

    Gossypium barbadense ning G. hirsutumga genom boʻyicha sunʼiy introgressiyasi

    paxta tolasi sifati va hosildorligini bir vaqtning o'zida yaxshilash uchun ustun joylarni aniqlash

    xususiyatlar

    SLAF - evolyutsion genetika

    2019

    Molekulyar o'simlik

    10.81

    Populyatsiya genomik tahlili va De Novo Assambleyasi Weedy kelib chiqishini ochib beradi

    Guruch evolyutsion o'yin sifatida

    SLAF - evolyutsion genetika

    2019

    Tabiat genetikasi

    31.616

    Oddiy sazan, Cyprinus carpioning genom ketma-ketligi va genetik xilma-xilligi

    SLAF-Linkage xaritasi

    2014 yil

    Tabiat genetikasi

    25.455

    O'stiriladigan yeryong'oq genomi dukkakli karyotiplar, poliploidlar haqida ma'lumot beradi.

    evolyutsiya va ekinlarni xonakilashtirish.

    SLAF-Linkage xaritasi

    2022

    O'simliklar biotexnologiyasi jurnali

    9.803

    ST1 identifikatsiyasi urug' morfologiyasining avtostop bilan bog'liq tanlovini ko'rsatadi

    va soyani xonakilashtirish davrida yog' miqdori

    SLAF-Markerni ishlab chiqish

    2022

    Molekulyar fanlar xalqaro jurnali

    6.208

    Bug'doy-Leymus mollis 2Ns uchun identifikatsiya va DNK markerini ishlab chiqish (2D)

    Disomik xromosomalarni almashtirish

    SLAF-Markerni ishlab chiqish

    taklif oling

    Xabaringizni shu yerga yozing va bizga yuboring

    Bizga xabaringizni yuboring: