-
To'liq uzunlikdagi mRNK ketma-ketligi - Nanopora
RNK ketma-ketligi keng qamrovli transkriptom tahlili uchun bebaho vosita bo'ldi.Shubhasiz, an'anaviy qisqa o'qish ketma-ketligi bu erda juda ko'p muhim rivojlanishga erishdi.Shunga qaramay, u ko'pincha to'liq uzunlikdagi izoformani identifikatsiyalashda, miqdoriy aniqlashda, PCR tarafkashliklarida cheklovlarga duch keladi.
Nanopor sekvensiyasi o'zini boshqa ketma-ketlik platformalaridan ajratib turadi, chunki nukleotidlar to'g'ridan-to'g'ri DNK sintezisiz o'qiladi va o'nlab kilobazalarda uzoq o'qish hosil qiladi.Bu to'liq metrajli transkriptlarni to'g'ridan-to'g'ri o'qish va izoform darajasidagi tadqiqotlardagi muammolarni hal qilish imkonini beradi.
Platforma:Nanopor promethION
Kutubxona:cDNK-PCR
-
De novo To'liq uzunlikdagi transkriptomlar ketma-ketligi -PacBio
De novodeb ham ataladigan to'liq uzunlikdagi transkriptomlar ketma-ketligiDe novoIso-Seq o'qish uzunligi bo'yicha PacBio sekvenserining afzalliklaridan foydalanadi, bu esa to'liq uzunlikdagi cDNK molekulalarini uzilishlarsiz ketma-ketlashtirish imkonini beradi.Bu transkriptni yig'ish bosqichlarida yuzaga keladigan har qanday xatolardan butunlay qochadi va izoform darajasidagi ruxsatga ega unigen to'plamlarini yaratadi.Ushbu unigen to'plamlari transkriptom darajasida "mos yozuvlar genomi" sifatida kuchli genetik ma'lumotni beradi.Bundan tashqari, keyingi avlod ketma-ketlik ma'lumotlari bilan birlashtirib, ushbu xizmat izoform darajasidagi ifodaning aniq miqdorini aniqlash imkonini beradi.
Platforma: PacBio Sequel IIKutubxona: SMRT qo'ng'iroq kutubxonasi -
Eukaryotik mRNK ketma-ketligi - Illumina
mRNK ketma-ketligi muayyan sharoitlarda hujayralardan transkripsiyalangan barcha mRNKlarning profilini yaratishga imkon beradi.Bu genlarni ifodalash profilini, gen tuzilmalarini va ma'lum biologik jarayonlarning molekulyar mexanizmlarini ochib beradigan kuchli texnologiya.Bugungi kunga qadar mRNK ketma-ketligi fundamental tadqiqotlar, klinik diagnostika, dori vositalarini ishlab chiqish va hokazolarda keng qo'llanilgan.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Yo'naltiruvchi bo'lmagan mRNK sekvensiyasi-Illumina
mRNK ketma-ketligi ba'zi maxsus funktsiyalar faollashadigan ma'lum bir davrda Eukaryot shaklidagi xabarchi RNK (mRNK) ni olish uchun keyingi avlod sekvensiyasi texnikasini (NGS) qo'llaydi.Birlashtirilgan eng uzun transkript "Unigene" deb nomlandi va keyingi tahlillar uchun mos yozuvlar ketma-ketligi sifatida foydalanildi, bu turning molekulyar mexanizmi va tartibga soluvchi tarmog'ini havolasiz o'rganish uchun samarali vositadir.
Transkriptom ma'lumotlarini yig'ish va unigen funktsional izohlashdan keyin
(1) SNP tahlili, SSR tahlili, CDS prognozi va gen tuzilishi oldindan tuziladi.
(2) Har bir namunadagi unigen ifodasining miqdorini aniqlash amalga oshiriladi.
(3) Namunalar (yoki guruhlar) o'rtasida differentsial tarzda ifodalangan unigenlar unigen ifodasi asosida aniqlanadi.
(4) Differensial ifodalangan unigenlarni klasterlash, funktsional izohlash va boyitish tahlili amalga oshiriladi.
-
Uzoq kodlanmagan ketma-ketlik-Illumina
Uzoq kodlanmagan RNKlar (lncRNA) uzunligi 200 nt dan ortiq bo'lgan RNK molekulalarining bir turi bo'lib, ular juda past kodlash potentsiali bilan ajralib turadi.LncRNA kodlanmaydigan RNKlarning asosiy a'zosi sifatida asosan yadro va plazmada joylashgan.Sekvensiya texnologiyasi va bioinformatikaning rivojlanishi ko'plab yangi lncRNKlarni aniqlash va ularni biologik funktsiyalar bilan bog'lash imkonini beradi.To'plangan dalillar shuni ko'rsatadiki, lncRNK epigenetik tartibga solish, transkripsiyani tartibga solish va transkripsiyadan keyingi tartibga solishda keng ishtirok etadi.
-
Kichik RNK ketma-ketligi - Illumina
Kichik RNK odatda uzunligi 200 nt dan kam bo'lgan kodlanmaydigan RNK molekulalarining sinfiga ishora qiladi, shu jumladan mikro RNK (miRNK), kichik interferent RNK (siRNK) va piwi bilan o'zaro ta'sir qiluvchi RNK (piRNK).
MicroRNK (miRNK) - uzunligi taxminan 20-24 nt bo'lgan endogen kichik RNK sinfi bo'lib, hujayralarda turli xil muhim tartibga soluvchi rollarni bajaradi.miRNK ko'plab hayotiy jarayonlarda ishtirok etadi, ular to'qimalarni - o'ziga xos va bosqichli - o'ziga xos ifodani aniqlaydi va turli turlarda yuqori darajada saqlanib qoladi.
-
circRNK ketma-ketligi - Illumina
Butun transkriptoma ketma-ketligi RNK molekulalarining barcha turlarini, shu jumladan kodlovchi (mRNK) va kodlanmaydigan RNKlarni (jumladan, ma'lum bir vaqtda ma'lum hujayralar tomonidan transkripsiyalangan lncRNA, circRNA va miRNK) profillash uchun mo'ljallangan.Butun transkriptoma ketma-ketligi, shuningdek, "jami RNK ketma-ketligi" sifatida ham tanilgan, transkriptom darajasida keng qamrovli tartibga soluvchi tarmoqlarni ochishga qaratilgan.NGS texnologiyasidan foydalangan holda, butun transkriptoma mahsulotlarining ketma-ketligi ceRNK tahlili va qo'shma RNK tahlili uchun mavjud bo'lib, bu funktsional xarakteristikaga birinchi qadamni beradi.circRNA-miRNA-mRNK asosidagi ceRNKning tartibga soluvchi tarmog'ini ochish.
-
Butun transkriptoma ketma-ketligi - Illumina
Butun transkriptoma ketma-ketligi RNK molekulalarining barcha turlarini, shu jumladan kodlovchi (mRNK) va kodlanmaydigan RNKlarni (jumladan, ma'lum bir vaqtda ma'lum hujayralar tomonidan transkripsiyalangan lncRNA, circRNA va miRNK) profillash uchun mo'ljallangan.Butun transkriptoma ketma-ketligi, shuningdek, "jami RNK ketma-ketligi" sifatida ham tanilgan, transkriptom darajasida keng qamrovli tartibga soluvchi tarmoqlarni ochishga qaratilgan.NGS texnologiyasidan foydalangan holda, butun transkriptoma mahsulotlarining ketma-ketligi ceRNK tahlili va qo'shma RNK tahlili uchun mavjud bo'lib, bu funktsional xarakteristikaga birinchi qadamni beradi.circRNA-miRNA-mRNK asosidagi ceRNKning tartibga soluvchi tarmog'ini ochish.
-
Prokaryotik RNK ketma-ketligi
Prokaryotik RNK ketma-ketligi o'zgaruvchan hujayra transkriptomini tahlil qilish orqali ma'lum bir vaqtda RNKning mavjudligi va miqdorini aniqlash uchun keyingi avlod sekvensiyasidan (NGS) foydalanadi.Kompaniyamizning prokaryotik RNK ketma-ketligi, xususan, mos yozuvlar genomlari bo'lgan prokariotlarga qaratilgan bo'lib, sizga transkriptoma profilini aniqlash, gen strukturasini tahlil qilish va hokazolarni taqdim etadi. U fundamental fan tadqiqotlari, dori-darmonlarni tadqiq qilish va ishlab chiqishda va boshqalarda keng qo'llaniladi.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Metatranskriptomlar ketma-ketligi
Metatranskriptomlar ketma-ketligi tabiiy muhitda (ya'ni, tuproq, suv, dengiz, najas va ichaklarda) mikroblarning (eukariotlar va prokaryotlar) gen ekspressiyasini aniqlaydi. Xususan, bu xizmatlar murakkab mikrobial jamoalarning butun gen ifodasi profilini olish, taksonomik tahlil qilish imkonini beradi. turlari, turli ifodalangan genlarning funktsional boyitish tahlili va boshqalar.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
